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[Gaussian/gview] 运用gaussian 程序计算多聚甲醛形成的过渡态问题

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本帖最后由 zyj19831206 于 2015-11-6 17:14 编辑

一直用dmol3,最近开始尝试gaussian程序,结果还是算的过渡态有问题,gjf文件已经附在附件里,计算最终结果显示:



THERE IS NOTHING NOBLE IN BEING SUPERIOR TO SOME OTHER MAN.
TRUE NOBILITY IS BEING SUPERIOR TO YOUR FORMER SELF.

                                                   -- HINDU PROVERB
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l9999.exe at Fri Nov 06 03:21:12 2015.
Job cpu time:  0 days  2 hours 22 minutes  7.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     36 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1


请高手帮忙,搜索网络显示的可能是noeigen和收敛问题,尝试修改了初始构象,貌似还是解决不了问题。

ts1xin.gjf

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发表于 Post on 2015-11-6 15:32:33 | 只看该作者 Only view this author
这是多聚甲醛?输入文件上看不是啊。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 17:15:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 15:32
这是多聚甲醛?输入文件上看不是啊。

抱歉,可能输入文件建的有问题,已经重新上传。

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发表于 Post on 2015-11-6 18:09:52 | 只看该作者 Only view this author
确信反应是这样进行的么?看结构,这样的反应不像是有过渡态的样子...
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 18:37:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 18:09
确信反应是这样进行的么?看结构,这样的反应不像是有过渡态的样子...

需要酸催化剂,根据实验也就是估计后期加入一些氢原子,但是暂时我想先这么算算,但是dmol 貌似能算出来啊?为啥同样的gaussian 反而还不行?泛函多应该可选性强,更容易收敛啊?

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发表于 Post on 2015-11-6 19:24:38 | 只看该作者 Only view this author
如果dmol3确实能找到过渡态,拿它的过渡态作为初猜用opt(ts,calcfc,noeigen)来找
能用TS解决的就不建议用QST2
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 19:29:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 19:24
如果dmol3确实能找到过渡态,拿它的过渡态作为初猜用opt(ts,calcfc,noeigen)来找
能用TS解决的就不建议用Q ...

这个办法好,看来小卒那个用dmol3预先优化是对的,问题是dmol3优化出来的虚频太多了,不知道该怎么办?

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发表于 Post on 2015-11-6 19:32:03 | 只看该作者 Only view this author
zyj19831206 发表于 2015-11-6 19:29
这个办法好,看来小卒那个用dmol3预先优化是对的,问题是dmol3优化出来的虚频太多了,不知道该怎么办?

至于dmol3能优化出来这个反应的过渡态我还是有一定质疑的。

如果以它为初始结构用高斯能找到过渡态,一般只有一个虚频,如果虚频不止一个,再用int=ultrafine结合tight的opt收敛限,还不行再用calcall。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 19:51:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 19:32
至于dmol3能优化出来这个反应的过渡态我还是有一定质疑的。

如果以它为初始结构用高斯能找到过渡态, ...

这个计算所得的虚频,用dmol3的,但是经过优化后,虚频都没了,我才想到用gaussian计算的。

1.jpg (110.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

ts寻找的过渡态频率

ts寻找的过渡态频率

2.jpg (108.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

ts opt后的过渡态频率

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