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楼主 Author: sherry3116
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[Gaussian/gview] 用ONIOM进行QMMM计算时对QM区添加dispersion出错

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发表于 Post on 2015-11-9 18:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-8 19:46
自己弄一个就行了。没有连接原子的话两层之间肯定得是非共价相互作用,比如你算个分子包在几个水分子中 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-7-26 17:56:32 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-8 16:19
如果不加embedcharge的话,直接是101错误,输入文件的问题,我觉得是我分层没有链接原子,但是加入embedc ...

G09 manual上推荐的就是先用mechanical embeding优化了再继续用electronic embeding(额外关键词embedcharge)优化。

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发表于 Post on 2018-7-30 04:00:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 laoman 于 2018-7-30 04:23 编辑
sobereva 发表于 2015-11-6 15:29
你就直接用本身自带色散校正的泛函,诸如wB97XD、B97D,或者用M062X这样本身描述色散作用好的泛函,这样绝 ...

我今天算单点能的时候也遇到类似的问题了,但我的geometry和freq是用b3lyp算的,换一个自带色散校正的泛函来算单点的话感觉不大妥(看到一些文献说的就是b3lyp优化的geometry,b3lyp+D3算的SP)。

一开始试的下面这个链接提供了加external关键词的方法:
https://www.researchgate.net/pos ... rsiongd3_Gaussian09
然而怎么试都不成功。(提示缺少中间的什么xch文件,还有QM区域的中间文件(Gau-job.EIn)根本就吓死人,键长全都被放大了好几倍)

后来才想起那个TAO工具有个oniomresp的命令可以提取带有link原子的QM区域,拿出来用DFT(#p b3lyp/genecp int=ultrafine nosymm scf(novaracc,noincfock)
Integral=(Acc2e=12))算了一下,不加D3的SP和原来ONIOM SP(#p oniom(b3lyp/genecp:amber=hardfirst) int=ultrafine nosymm
scf(novaracc,noincfock) Integral=(Acc2e=12) geom=connectivity)的model energy是一样的(小数点第八位才不同)。感觉可以拿这个提取出来的QM区做一个加了色散校正的SP计算,得到的能量替换没有校正的ONIOM model能量再去推算总的ONIOM energy,似乎就搞定了往ONIOM的QM区域加色散校正的问题。

说了那么多废话,要是一开始就用的M062X之类的泛函做优化就不用那么麻烦了。。。

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