xtb-python独立版编译指南及在ASE中调用实例

ghifi37

冰释之川 发表于 2020-12-4 13:28
我这边还是用回了xtb-6.3.0.pre2版对应的python接口了，xtb-6.3.3版跑PBC体系有问题。

你这边其实可以 ...

主要是想初始结构好一点，省点DFT的计算量。
那我再试试6.3.0吧，之前弄过下，好像结果也不太理想，我再确认下。

tjuptz

ghifi37 发表于 2020-12-4 13:38
主要是想初始结构好一点，省点DFT的计算量。
那我再试试6.3.0吧，之前弄过下，好像结果也不太理想，我再 ...

可以试试DFTB

get-it

ghifi37 发表于 2020-12-4 13:38
主要是想初始结构好一点，省点DFT的计算量。
那我再试试6.3.0吧，之前弄过下，好像结果也不太理想，我再 ...

xtb的精度和体系有很大关系，我试过用xtb搜索固体二氧化钛，和dft完全不一样

adong

冰释之川 发表于 2020-11-18 09:08
另外如果想要在ASE中尝试最新版xtb-6.3.3，必须得要装独立版xtb-python了

老师，这个脚本在运行的时候是用几个cpu核啊？是单核运行吗？

冰释之川

adong 发表于 2021-3-9 14:44
老师，这个脚本在运行的时候是用几个cpu核啊？是单核运行吗？

export OMP_NUM_THREADS=32     # CPU cores
export MKL_NUM_THREADS=32     # CPU cores

PBS作业提交脚本里设置

adong

冰释之川 发表于 2021-3-9 14:49
PBS作业提交脚本里设置

好的，谢谢老师

zzp

请问下大神，我按照你的方法装了可还是出这个问题Traceback (most recent call last):
  File "diamond.py", line 29, in <module>
    mol = read(name+".xyz", format='xyz')
  File "/root/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/formats.py", line 737, in read
    parallel=parallel, **kwargs))
  File "/root/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/parallel.py", line 275, in new_generator
    for result in generator(*args, **kwargs):
  File "/root/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/formats.py", line 803, in _iread
    for dct in io.read(fd, *args, **kwargs):
  File "/root/.local/lib/python3.6/site-packages/ase/io/xyz.py", line 21, in read_xyz
    natoms = int(lines.pop(0))
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '

冰释之川

zzp 发表于 2021-7-23 00:33
请问下大神，我按照你的方法装了可还是出这个问题Traceback (most recent call last):
  File "diamond.py ...

我不知道你用的xtb-python是什么版本的？我这边正常运行，注意装xtb-6.3.3版本，因为xtb-python只是一个壳程序（P.s.最新的xtb版本不一定能够支持，具体的得要去xtb官网看python接口的说明书了）

lcdamoy

zzp 发表于 2021-7-23 00:33
请问下大神，我按照你的方法装了可还是出这个问题Traceback (most recent call last):
  File "diamond.py ...

作者提供的diamond.xyz文件末尾多了一行空行

喵星大佬

话说gfnff支持周期性嘛

zzp

请问下ase-xtb联用可以实现输出波函数文件吗

冰释之川

zzp 发表于 2021-11-30 21:06
请问下ase-xtb联用可以实现输出波函数文件吗

这你得查阅xtb官网里的说明书了，应该有的

JiangZiya

请教老师，根据帖子安装完后，pip list显示xtb-python 20.1，应该是安装完成了，但是从帖子里下载的测试文件运行报错，不清楚原因在哪里，应该怎么处理
ModuleNotFoundError: No module named 'xtb._libxtb'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "diamond.py", line 23, in <module>
    from xtb.ase.calculator import XTB     ##from xtb import GFN1
  File "/SoftwareInstall/xtb-python-20.2/xtb/ase/calculator.py", line 60, in <module>
    from ..utils import get_method, get_solvent
  File "/SoftwareInstall/xtb-python-20.2/xtb/utils.py", line 20, in <module>
    from .interface import Solvent, Param
  File "/SoftwareInstall/xtb-python-20.2/xtb/interface.py", line 24, in <module>
    from .libxtb import (
  File "/SoftwareInstall/xtb-python-20.2/xtb/libxtb.py", line 34, in <module>
    raise ImportError("xtb C extension unimportable, cannot use C-API")
ImportError: xtb C extension unimportable, cannot use C-API

冰释之川

JiangZiya 发表于 2021-12-21 21:40
请教老师，根据帖子安装完后，pip list显示xtb-python 20.1，应该是安装完成了，但是从帖子里下载的测试文 ...

看报错似乎是xtb动态库没有设置正确：/mnt/d/xtb_Linux/xtb-6.3.3/lib64
请检查xtb本体的动态库有没有在编译xtb-python前事先设置好

JiangZiya

冰释之川 发表于 2021-12-22 08:27
看报错似乎是xtb动态库没有设置正确：/mnt/d/xtb_Linux/xtb-6.3.3/lib64
请检查xtb本体的动态库有没有在 ...

我这边 xtb 动态库的路径和帖子里不一样，我是按照我这边实际路径来设置的，应该没错。另外，我这边之前因为要装vasp，就装了intel oneAPI，不知道这个有没有冲突