低频单独列出来是为了方便用户自行考察低频的影响
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2015.10.28 16:14:45
Q:
@Sobereva 老师[图片]，我在一篇早期的文献（chem. phy.lett,261,57-65）看到这句话。请问“the
derivatives with respect to the normal coordinate of
the dipole moment and polarizability”对应的是高斯输出文件中的[图片]这个矩阵吗？
A:
@中豆 freq任务最末尾有偶极矩、极化率对每个原子笛卡尔坐标的导数信息，即DipoleDeriv、PolarDeriv后面的。你用正则坐标对导数进行变换，就能变换成偶极矩、极化率对正则坐标的导数。
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2015.10.28 16:25:20
Q:
老师，我对优化好的产物构型再进行NMR分析，可以得到产物的核磁图吗？再与实验中的核磁图形对比，说明我计算的正确性（考虑产物有不同构象）@Sobereva
A:
@sunflower 可
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2015.10.28 16:32:09
Q:
[图片]为什么啊，我认为我的命令行没有输错啊，为什么会提示错误呢，高斯09.c01版本
恩，d01为什么会出现顺势能得到正确结果，反式反而就不停的这样报错Number 0
Base 40448
End 65536
End1 65536
Wr Pntr 40448
Rd Pntr 40448
Length 25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
(END)
EmpiricalDispersion=GD3就在这个关键词的等于号下面
但是用d，出现这个，老师还可以想什么办法 [Emoticon][Emoticon]Base 40448
End 65536
End1 65536
Wr Pntr 40448
Rd Pntr 40448
Length 25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
A:
用D.01
C.01不支持D3色散校正
这些信息毫无用处
看前面的自行分析
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2015.10.28 16:47:42
Q:
@Sobereva 老师，频率矫正因子和零点能矫正因子，是为了修正误差，为什么会有误差？
A:
1 用的谐振模型和实际势能面不符
2 计算级别本身有误差
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2015.10.28 16:48:05
Q:
请问有谁做过过渡态的动图吗？就是可以在ppt中更加生动一些
A:
@Unlock gv看IRC动画，保存成gif插入ppt
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2015.10.28 16:48:50
Q:
[图片]
我见到一个这样的轨道，dyz的朝向怎么这么怪啊
A:
没什么怪的，算出来该是这样就是这样
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2015.10.28 16:52:33
Q:
sob 招人吗
A:
以后可能招
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2015.10.28 16:53:15
Q:
给解决北京户口不？
A:
不
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2015.10.28 16:53:57
Q:
招兼职不
A:
暂不
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2015.10.28 17:35:12
Q:
http://emuch.net/html/201403/7134644.html@巴拉巴拉
http://sobereva.com/224
[图片]你为何老撮我
[表情]一样的
A:
不一样。小木虫上的都是老版本（要是能删，我把小木虫上发过的全都删了），sob的文章一律在sobereva.com或者计算化学公社上看
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2015.10.28 17:11:17
Q:
@Sobereva
sob老师，谢谢您的回复。
关于红外光谱的纵坐标单位问题，一直困惑我，老板让修改为km/mol,可是我们得到强度展宽之后就变论文epsilon了，而不是红外强度。
我看到用multiwfn得到的红外光谱中，右侧的强度单位是km/mol，是否可以把展宽的曲线按照multiwfn中红外图右侧纵坐标(强度)来标记。如下
[Image]
我看别人的文献里面，有诸如用红外强度（单位km/mol）标记的纵坐标。
[Image]
不知道您是否知道该怎么做？麻烦sob老师了。
[图片]
不知道您是否知道该怎么做？麻烦sob老师了。
sob老师，你是给我说么，是不是压根就没有用红外强度做纵坐标的。
群里大牛们，你们在做红外光谱时，如何做出来红外强度作为纵坐标的展宽图，非常感谢。
就是计算的红外光谱
谢谢sob老师，关键是看好多文章里面都是用的km/mol
那再麻烦问下，除了用epsilon （L/mol/cm）之外，用relative intensities (arb.u.)，这个是否可以呢
我看发表的文章中，从来没看到有人用epsilon （L/mol/cm），真是很纳闷。
那再问下sob老师，不同的展宽数值得到同一个峰的epsilon值不同，是可以理解的吧。
A:
不能，那样根本就不对
可不
反复说啦，展宽完了就是epsilon，根本不能用红外强度！
不要学文献里错误的东西
连gview画IR给出的都是epsilon
@巴拉巴拉 FWHM越大，峰位置epsilon越小，因为积分面积是固定的，正比于跃迁强度值
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2015.10.28 17:41:50
Q:
可以在小木虫上修改内容删掉原来的然后贴一个sobereva.com的连接[Emoticon]
贴一个bbs.keinsci的链接，第二天小木虫量子版空了
A:
没法修改。超过一定时间的帖子就不让改，很讨厌，所以以前发的帖子都没法更新
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2015.10.28 18:39:54
Q:
问一个很低级的问题，SCF Done对应的能量应该是基态的能量是吗？[图片]那这个是什么能量？谢谢谢谢
A:
激发态能量，即基态能量加上激发能
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2015.10.29 02:09:19
Q:
[Image]Multiwfn内容不能全部显示是什么原因呢？大家有知道吗？谢谢
A:
@_sky 看Multiwfn手册5.5节
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2015.10.29 02:09:19
Q:
@Sobereva [Image]
为什么有个洞？
谢谢、
@Elaine settings是multiwfn里面的还是VMD里面的？？
没找到
A:
@天堂鸟 当然是multiwfn的，解压后直接就能看见。好好阅读此文
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2015.10.29 02:09:19
Q:
我有一个开壳层结构，51对应的HOMO,50对应的HOMO-1，
51 HOMO
50 HOMO-1
请问各位老师，如果我想把HOMO和HOMO-1的轨道交换一下，是不是该这样写
坐标
50 51
50 51
？（这样写交换轨道可以吗）
A:
@幸运星happy1314 写一次50 51就够了
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2015.10.29 02:09:19
Q:
就是例如这些[图片]，在origin里面，请问怎样做出[图片]酱紫的图呀
A:
@猫王 Multiwfn按照手册4.100.1节算完了得到sigm(lambda2)rho vs RDG的散点数据txt文件，导入origin里作散点图
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2015.10.29 07:40:46
Q:
请教sob老师，用g09算了一个体系，其中Li原子的Hirshfeld charge用M06L算是1.2，而用PBE算是0.27，这个差别怎么这么大。Li只有一个价电子，M06L的电荷怎么会大于1？不知道哪里出问题？
A:
BLYP或TPSS也试试
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2015.10.29 08:27:49
Q:
@Sobereva [图片]老师，这个错误该怎么解决呢？
计算的gamma
[图片]这个是关键词
A:
@乖娃娃恶意卖萌 bug，问客服，或者乱试
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2015.10.29 08:34:03
Q:
咨询一下，multiwfn哪个功能能够计算片段电荷量？就是把我想要的原子的电荷加起来。谢谢
同时咨询一下老师，计算NPA电荷，是不是就是加上pop=nbo？
A:
自己手动加就行了
恩，实际上加上pop=NPA就够了，比pop=nbo可以少输出你不需要的NBO成键分析的信息
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2015.10.29 09:29:44
Q:
[图片]老师，按照手册上的说明我修改了布局高度，从开始的300调到3000，确是可以看到更多的显示，但是不能看全，我然后继续增加，但是显示就不会增多了，是什么原因呢？
A:
增大到9999。
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2015.10.29 09:33:15
Q:
Multiwfn里的输出图片可以调分辨率吗
嗯，那我去试一下看是在哪里调的。
A:
没有分辨率这一说，可以调像素大小
@乐乐 手册2.8节
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2015.10.29 09:35:55
Q:
老师，我想计算一下一些溶剂对自由基反应的影响，哪一种反应场模型比较适合自由基反应呢？
A:
没有哪种专门为此考虑
常用的SMD就行
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2015.10.29 09:37:44
Q:
@Sobereva 老师，昨天我问您的那个问题，我下来又看了一些材料。我在一个文献上看到the derivative of the dipole moment vector with respect to the mass-weighted normal coordinate 1 (first normal mode) in units of km^(1/2)*mol^(-1/2).这个单位好像有问题。正确的是不是应该是Cm^(1/2）*mol^(-1/2)？
A:
[图片]
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2015.10.29 09:38:51
Q:
[图片]@Sobereva 再求教老师一个问题，这是我用Lanl2dz对W的基组描叙，后来我想想绘制w的5d轨道，对于所出现的Shell，我不会判断那是是属于5d的，对于Type D 0，D+1什么的对应是什么意思呢
A:
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
30和31号壳层一起描述5d
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2015.10.29 09:41:25
Q:
求助一个问题，我知道了原子的位置，知道了每个电子的位置，这种情况下如何计算水分子的偶极矩？
然后这个单位是Debye？
我知道了电子位置那是不是就是所有的质子*距离-所有的电子*距离
@Sobereva
A:
坐标和电荷都用原子单位得到的就是a.u.单位的偶极矩
根本就没有什么“电子位置“这样的概念，这是违背量子力学的
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2015.10.29 09:42:51
Q:
sob老师，如何得到有机小分子的初始结构，进而通过几何优化得到稳定结构。由于我是用Gview软件直接画的，结果opt之后用不同的方法计算得到的偶极矩与文献中查到的都相差很大，不知道是怎么回事？
直接用Gview画出来的结构用吗？我是随手画的，没有什么参考依据
A:
有机小分子，B3LYP/def2SVP优化，B3LYP/def2TZVPD计算偶极矩，足够可靠
总得有点最基本的化学直觉
没学过化学和学过化学的人肯定画出来的初始结构不一样。
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2015.10.29 09:43:32
Q:
什么叫nonoptimal orientation
A:
看语境
非最理想朝向
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2015.10.29 09:45:52
Q:
--------Markdown Markdown--------
sob,老师,我做这个图怎么可以把它横过来
[图片]
通过改坐标不可以吗
调整坐标轴
以前没遇到过 这类的意见，有点摸不到头脑
A:
--------Markdown Markdown--------
ps
要么你自行输入原点和平移矢量
要么量化计算的时候你就把分子转一下
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2015.10.29 09:55:26
Q:
想问下算NBO时用“pop=saveNBO”关键词，输出结果出错了
[图片]，请问这个怎么解决呢？谢谢！
A:
尝试换基组、换方法
或者尝试更新的NBO版本
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2015.10.29 10:05:58
Q:
然后还有个问题，在用AIM计算积分atomic charge时，不同的计算方法和基组对这个结果有影响吗？
A:
有一定影响，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
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2015.10.29 10:10:37
Q:
[Image]请问这个里面的第（2）是什么意思？我用windows版本的molclus的时候说找不到traj.xyz。这一步应该是产生xyz格式的，应该如何操作才能让gjf文件执行？谢谢
A:
仔细follow文中的例子。
自己做动力学计算，诸如gromacs，把gro连同xtc轨迹载入VMD，保存成xyz格式的轨迹traj.xyz，然后有了traj.xyz文件后molclus才能读取其中的结构依次调用量化程序优化计算
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2015.10.29 10:12:57
Q:
[Image]这个图是怎么做出来的，怎么没找到章节嘞？是multiwfn手册里面的4.4 Plot properties in a plane 一节吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.29 10:13:50
Q:
老师，搜索分子构型用什么软件
不做动力学
A:
如果你指搜索构象，spartan、hyperchem、MS的conformer等等
molclus结合分子动力学本身就能搜索分子构象
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2015.10.29 10:16:58
Q:
谁有Molcas8.0manual的pdf
A:
molcas开发者不把手册放在官网还能藏在哪？
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2015.10.29 10:49:39
Q:
咨询一下：对D-A体系，基态做NPA电荷，为什么计算出来之后，计算A上面的净电荷是正值？谢谢指点
对，我这里的D和A指的是激发过程中的给体和受体。
我的意思是：我想比较一下D-A和D'-A 这两个D和D'的强度，昨天sob老师指点说比较片段电荷，所以，我就是在基态下计算了NPA电荷，难道是看计算电荷的绝对值？谢谢指点
A:
如果D、A你是指电子激发过程的给体受体，这和基团吸电子能力是两码事，这不意外
你得看电子激发前后D、D'电荷的变化量
看基态的没用
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2015.10.29 11:02:57
Q:
MOLCAS&UU和MOLCAS功能上是不是没有区别
A:
是
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2015.10.29 11:17:34
Q:
[图片]大家帮我看一下，我的输入哪儿错啦，谢谢
老师doublet为什么要去掉
A:
去掉doublet
不要写手册里没有的关键词！
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2015.10.29 11:17:53
Q:
@Sobereva 大神，振子强度的高低能通过homo和lumo看出来吗？如果不能，什么能看出振子强度的高低？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
@Sobereva 大神，我想解释计算出来的振子强度不同的原因，就是峰的高度变低了，不知道怎么解释？/呲牙/呲牙/握手
A:
@Barcelona 激发态计算直接就给出电子态之间的振子强度
振子强度和跃迁偶极矩的平方成正比，可以用Multiwfn绘制跃迁偶极矩密度，由此考察不同区域对跃迁偶极矩的贡献量
Multiwfn也可以把基态到激发态的跃迁偶极矩分解为轨道对儿跃迁的贡献，由此可以提供deeper insight
详见multiwfn手册4.18.1节的例子
也可以用Multiwfn考察电子激发过程的电荷转移距离、电子-空穴重叠程度等量，找找和振子强度的关系。往往CT大振子强度越小，因为跃迁偶极矩越小。
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2015.10.29 11:47:09
Q:
[图片]@Inner peace 1234怎么来的
[图片]1的强度时不是大于2？？
但是我发现这个结果与键长分析的不一致
键长短的反而氢键强度弱了
那键长短的氢键强度弱是不是需要给出理由？？
@Sobereva
A:
是
具体问题具体分析
具体看结构，光凭这么点信息什么也说不了
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2015.10.29 15:01:39
Q:
请问HOMO–LUMO energy gap可以说明什么，和物质稳定有什么联系吗[Image]
你好，那这个可以分析什么呢
和物质的=什么性质有关系呢
sob老师你好，可以具体一点吗
sob老师 那么极化率homo lumo怎么看啊 不做NPA吗？
如果gap很小，是否较有可能有NLO性质？
A:
最低激发能、极化率、反应活性等等
gap越小，极化率倾向于越大
NPA和那八竿子打不着
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2015.10.29 15:12:13
Q:
老师，双杂化泛函计算量大约是个什么级别？比普通泛函高一个数量级左右吗？大概跟哪种后HF方法计算量和精度类似呢？
A:
双杂化泛函计算量=MP2计算量
----------------------------------------------------
2015.10.29 15:12:22
Q:
有人知道dmol3结构优化，怎么设置温度吗。好像用脚本可以添加温度，但是我不知道关键字，我用temperature，dmol3识别不了
A:
优化跟温度无关
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2015.10.29 15:13:05
Q:
老师那gap越小最低激发能，、反应活性等，是怎么影响的呢
A:
gap越小，最低激发能越小，活性越高
但这都只是很粗糙的关系，特别是跟活性/稳定性
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2015.10.29 15:14:16
Q:
谢谢。温度只影响能量吗
A:
温度只影响热力学量，以及AIMD
----------------------------------------------------
2015.10.29 15:14:36
Q:
跃迁偶极矩 是不是和 跃迁能量有挂钩啊？ 反相关？
A:
可以报道一下，但意义不大
跃迁偶极矩和跃迁能量没有任何关系
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2015.10.29 15:15:54
Q:
那双杂化泛函精度通常能达到哪个后HF方法级别呢
话说回来，提到多体微扰方法，一般都是MP2，难道MP2.5以上已经完全没有实用价值？
这下对各类微扰方法也总体了解了[表情]结论：除了算NMR和极化率考虑之，其余问题几乎不考虑微扰方法了
A:
和具体问题有关
一般问题，大概在MP2与CCSD之间的程度，好的时候能赶上CCSD，但肯定不及CCSD(T)
加上D3后弱相互作用完胜CCSD
MP2已经被普通DFT干掉了，除了NMR、（超）极化率等优势明显
MP2.5计算量等于MP3，也只是弱相互作用很赞，其它不灵
MP3巨恶心
SCS-MP2还不赖，但是有长有短，弱相互作用、势垒都不咋地
MP4计算量很大，算个弱相互作用还不错，但其它地方没那么可靠，还不如咬紧牙关上CCSD(T)
MP5都没什么程序支持，只有高斯等极少数程序才支持，实用价值被耦合簇完爆
从low到high，如今主流态势就是：
力场-半经验-普通杂化泛函-双杂化泛函-CCSD(T)
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2015.10.29 15:25:48
Q:
请问TD计算的偶极矩与CIS计算的偶极矩有什么区别
A:
@水 方法不同所得偶极矩当然不同。CIS的偶极矩只是相当于基态的HF级别的，要算好点就用TDDFT算激发态偶极矩
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2015.10.29 16:22:58
Q:
[图片]
老师，为什么我的电子密度等高线图只有半个呀
/呲牙那个我不太熟呀
GV中这个没法完整吗老师
A:
用Multiwfn绘制就完了
不会就学，multiwnf手册4.4节全是作平面图的例子
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
我根本不用gv作这种图，multiwfn方便得多效果也更好
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2015.10.29 18:17:26
Q:
请教：计算含频极化率时，外加电场的方向默认是~~~？
算极化率时的输入[图片]，没有field关键词，坐标最后写0.07，
算极化率密度时的输入[图片]，
我想问的是：不用field关键词时，外加电场的方向该怎么理解？
那 如果用POLAR关键词时，能否同时用上field呢？
那该怎么考量分子在某一方向上加上电场时你极化率呢？
是先用field关键词加电场优化，再用POLAR计算么？
极化率不是会随外场变化么？
怎么算在X方向上加一个0.07a.u.电场时分子的极化率？
只用POLAR关键词的话，那外加电场的方向该怎么判断？
还是说默认是在三个方向加一个均匀电场？
然后用极化率张量来分别考量？
A:
算出来的是极化率张量，极化率的各向异性（即依赖于外场方向）的这点已经由此体现出来了。
否
极化率是分子自身的属性，是能量对外场为0时对外场矢量的二阶导数矩阵，不是外场强度/方向的函数
对基本概念理解不对
都说了，作为张量，已经把方向问题体现了
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2015.10.29 18:49:44
Q:
不好意思，还是不太理解
照您这样说，该怎么理解计算极化率密度时field关键词的意义呢？
A:
那个是为了通过有限差分计算外场为0时的数值导数，field设的是外场的有限差分步长，而不是为了最终获得某个field下的什么值
----------------------------------------------------
2015.10.29 18:52:27
Q:
[Image]，这该怎么理解呢？
A:
就是字面的意思
----------------------------------------------------
2015.10.29 19:01:10
Q:
那么我要想知道给分子的X方向上加0.001au电场时它的极化率是多少，只用POLAR关键词，然后根据极化率张量算出来的对么？
加电场分子会变形吧，这样会不会影响极化率的计算
那样的话要加上field吧？
变形是肯定的，所以才要考量极化率密度呀
可是sob老师刚才说 polar不能加field啊
A:
考虑电场引起的形变，先在field下优化，然后单独用polar计算极化率
极化率仅是结构、外场频率的函数
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2015.10.29 19:05:31
Q:
加field 优化后，单独用polar计算时还加电场么？
A:
不
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2015.10.29 19:13:14
Q:
[图片]这个图b应该是用《使用Multiwfn计算（超）极化率密度》文章中所述的方法做出来的，我很想知道图b所述的情况下，分子的极化率该怎么得到？
是不是就是刚才您说的先field加电场优化，再polar计算极化率——不加电场？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.29 19:19:53
Q:
[图片]怎么可以将右边的那些数字画到图上，像这个这样[图片]
A:
自行ps
虽然不少程序能自动标出数值，但位置也没那么合适
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2015.10.29 19:41:42
Q:
请问如果我用matlab调用multiwfn，此时matlab显示busy，等待我输入fch文件路径。此时我可以手动输入fch文件路径继续进行下一步。那么，该如何在matlab里通过一连串命令，而非手动将fch文件导入呢？谢谢大家~
A:
重定向方式运行，看multiwfn手册5.2、5.3节
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2015.10.30 04:59:54
Q:
老师， 高斯画出的vcd光谱强度和您的软件强度不一样是为什么不一样，高斯的强度不是detal epsilon吧
A:
@Nicole delta epsilon不叫光谱强度
半高宽设定会影响峰的高度
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2015.10.30 04:59:54
Q:
@Sobereva 老师，我想探究A+B的反应，但是，A+B 并不是一步反应是多步的，请教别人说先得到势能面去研究分析，势能面不是一个特别复杂多维的面吗，我怎么可以得到的？而且我这个反应是多步的，要怎么去研究？没有思路不知从何下手，请求老师指点
通过PES来研究反应路径，但是这个路径又是你得提前分析出来的，我既然分析出来了，还干嘛要去绘制这个东西？我还是不太明白
A:
@玛塔 “得到势能面去研究分析”这种话完全不确切，你要研究的只不过是势能面上的一部分驻点而已，即过渡态和极小点，以及势能面上的一部分一维子空间，即IRC
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2015.10.30 04:59:54
Q:
买个AIM2000多少钱？？？
有人知道AIM2000的价格吗？
有的，有笔财政的钱，不花白不花，不知道能不能拿到
A:
@joe 甭用AIM2000。Multiwfn比AIM2000更方便，速度快一个数量级还免费
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
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2015.10.30 05:01:21
Q:
老师们，我想请教一下如果不是从事理论计算化学研究的，量子化学的初学者需要深层的学习量子力学知识吗？
A:
@静 不需要，如果只是短期、进行较浅的研究，把量化程序当黑箱用就可以
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2015.10.30 05:01:21
Q:
scf=novaracc int=ultrafine请问这个命令有什么作用来着？我自己用的都忘记了呀
A:
@宇轩 解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.10.30 09:02:47
Q:
S3O有许多低能量的构像，需要12个活化空间。（12个活性空间共有16个电子）这个为什么会是16个电子呢 ？谢谢啦
A:
每个原子有4个p电子，4*4=16
当然怎么取是人为的，若把s价电子算进去就更多了。
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2015.10.30 09:05:03
Q:
直接在基态结构优化的基础上直接用OPT+TD的方法计算荧光可否？请大家指导，谢谢啦
A:
可
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2015.10.30 09:06:28
Q:
老师[图片]
这错了，怎么改呢
A:
normal
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2015.10.30 09:12:48
Q:
再请教sob老师，计算出来的荧光是选择振动频率最大的那个电子态还是选择最接近实验值的那个电子态？
也就是说不管s1是不是最大，只要不是特别小就应该选它？
BTW,您的s1要是f等于0，就重新找root，跃迁禁阻
不等于0，就必须用，是吧？猫王/呲牙
那就是说，荧光计算值并不是以振动频率最大作为选择标准咯？
就是f值啊
A:
一般选S1。振子强度若特别小再适当考虑更高的
你先了解下kasha's rule
此问题群里以前讨论过，群聊记录里搜kasha
哪来的什么振动频率
先google了解下基本知识
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2015.10.30 09:13:33
Q:
[图片]
MD跑成这样，是不是数据不能用？
之前在300K下跑跑得挺好的现在只是温度升到330K，结果变成这样。图中黑色是一个酶的RMSD，红色是突变一个位点的结果
A:
再跑50ns看看
没前提没法说
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2015.10.30 09:14:56
Q:
sob老师，我在用您写的那个把ms中的xtd文件转换为xyz文件的脚本时，出现Global symbol "$Natoms" requires explicit package name at -e line 47.
Execution of -e aborted due to compilation errors.这样的错误该如何处理呢
A:
不知道
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2015.10.30 09:37:46
Q:
请问跑IRC，产物和反应物得到一样的结构怎么办？
A:
[图片]
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2015.10.30 10:10:11
Q:
@Sobereva 老师，记得你好像说过能垒小于21kcal/mol的反应是自发反应，是吧？我有两个反应，算出来能垒一个是28，一个是47，这两个反应在常温常压下的难以程度如何呢，47的是否也能比较容易的发生？
A:
47的没戏，28的难
没有是否能自发反应的坎，只不过一些人凭经验觉得常温时21以下反应速度说得过去。
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2015.10.30 10:19:10
Q:
选择性是没问题的
Sob老师，如果我的反应第一步就是决速步，那么整成一篇文章是不是很困难啊，
@206 很难，估计只能投JOC了
@猫王 你说的是JOMC吧
[表情]我扯淡了，还是请sob老师斧正吧@206
A:
JPOC
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2015.10.30 10:23:54
Q:
@Sobereva 老师，还有个问题，我算出来C42H16的石墨烯用um062x guess=mix算的能量与m062x不加guess=mix的能量一样，multiwfn分析也看不到自旋密度分布，这样是不是就说明体系没有自旋极化？但按您帖子中的文献，当簇达到一定程度石墨烯会出现自旋极化的现象，那怎么统一解释这个问题呢?是我得簇取得太小不能代表真实体系吗？那问题可严重了[表情]
A:
用stable关键词测测波函数是否稳定，如果稳定，说明你当前结构基态就是闭壳层
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2015.10.30 11:17:40
Q:
sob老师好，我想问下用您的sobMECP教程搜索MECP构型时，可以后台运行吗？我加了&这个后台运行符号后，不能后台运行。
老师您的意思是肯定可以后台运行，但是后台运行符号是哪个您忘了，对吧
老师，您的教程中没有用到nohup xxxx &这个命令交作业，您用的直接是./runMECP.sh
我们算的体系比较大，我试算了一下，我的一个体系要跑40多不才收敛，每一步需要快10分钟，如果不后台运行的话，需要等很久
但是我不知道怎么后台运行
我加了&，不可以的
A:
@烟雨 肯定行，以前这么跑过，具体想不起来了
y
记得就是nohup xxxx &，和普通情况没区别
因为任务小啊，我等着就完了
这不属于文章内容范畴
所以啊，你就提交到后台运行就完了
这种事情不值得在文章里面说
我印象中没有任何特殊性
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2015.10.30 11:17:40
Q:
将PDB中的蛋白质晶体结构（约800原子）拿来用gaussian做半经验计算，关键词是[图片]，要使用的基函数是[图片]。 最后总是报一些非L型的错误。 请教做过类似体系的计算经验 是否蛋白质中的原子要一一加氢配平才行？
A:
@天涯思情 该加的氢必须加，否则没法跑
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2015.10.30 11:30:17
Q:
我想做两个轨道单独的电荷密度差图，以8→9轨道为例。我是这样子的思路：用multiwfn算出8和9轨道的cub文件，然后放到高斯09里面去减。但是用multiwfn生成cub文件时会出现“input the orbital number,should within 1-8"，然后9轨道的cub文件出不来[Emoticon]向老师求助
我看了一些帖子，做的都是整个分子的密度差图
没有两个轨道差图的
所以过来请教
我第二个9.cub出不来
我用的是wfn，是不是wfn的空轨道multiwfn都出不来呢
还是需要用fchk文件？
A:
干嘛用g09去减啊，这点事multiwfn全都做了
cubman已经完全没有存在意义了
举一反三
multiwfn超级灵活
[图片]
例：得到第9条轨道电子密度的cube文件
6
26
0
0 //清空所有轨道占据数
9
2 //第9条轨道占据数恢复为2.0
q
-1
然后照常用主功能5产生电子密度格点数据，导出成为cube文件。对另一条轨道也这么做
然后用主功能13对两个格点数据求差值。
.fch、.molden才包含空轨道
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2015.10.30 11:37:51
Q:
老师，我在寻找一些小分子有机物的oplsaa力场参数时，有些参数不能在Gromacs数据库中找到，比如一些dihedrals 参数，应该怎样处理呢？
老师，Antechamber也可以产生oplsaa力场参数吗
我之前用MKtop但是产生的top文件中没有dihedrals参数
A:
尝试MKTOP工具，还不灵自己想办法拟合参数，或者换力场
或尝试ATB、antechamber+acpye工具处理
不能，产生的是gaff的
dihedral参数在top里没有，是根据原子类型自动到opls力场库文件里找匹配的
见此文
gromacs决定力场参数的方式
http://sobereva.com/4
不能，起码找个差不多的凑合用
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2015.10.30 14:02:39
Q:
@Sobereva [图片]老师，里面的CDD功能怎么实现呢？我查了手册，只看到18选项才有实现
娃娃最近在帮老师做审稿的验证
娃娃忘记了怎么用了
[图片]老师，这个是激发态的轨道还是基态的轨道？老师就给我了这么个图
感觉有点儿想等值面图
但是老师，下面的文字分明是激发态的数据
老师就说给我这么个图，说是CDD，我先好好看看老师的帖子，谢谢老师
A:
就是密度差啊
培训班都讲了
主功能18也不是干这个的
看讲义嘛，例子都有
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
根本没激发态轨道这东西
这也未必是轨道，不看文字解释没法说
本来就是等值面图
所以说，看文章，光看这个图什么也不知道
那就是激发态与基态密度差的等值面图呗
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2015.10.30 14:24:43
Q:
@Sobereva 老师，在Multiwfn中绘制DOS的时候可不可以不让图像出现OPDOS啊，而且垂直与横坐标的能级线有没有办法去掉呢
[图片]就是绘制完之后出现的这个窗口吧
@Sobereva 老师按照Multiwfn界面的提示我拿掉了OPDOS，但是能级线还是没找到在哪？
[图片]
情况是这样如上所示，老师
A:
后处理界面都可以设
y
10
8
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2015.10.30 15:01:51
Q:
@Sobereva sob老师好，你不是说过HOMO-LUMO enery gap不是和物质的的稳定性没有关系吗，这个文献写的能隙越大越稳定[Image]
这是错误的是吗
稳定性要在具体条件下讨论吧
A:
瞎讨论
根本就没直接道理
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
然
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2015.10.30 15:13:08
Q:
求Gaussian 出版的白皮书
Visualizing Results from Gaussian电子版
SOB老师，给个网页链接吧
A:
没有这书
顶多是某个网页而已
[图片]
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2015.10.30 15:23:35
Q:
咨询一个问题：三重态的NTO计算，是不是这样写： b3lyp/6-31g* td（triplet，root=1） pop=nto density=transition=1 ？谢谢指点
A:
y
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2015.10.30 15:50:58
Q:
[图片]求教：在GV里面显示的a1,a2,b1,b2是什么意思呢？
A:
轨道的不可约表示
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2015.10.30 15:50:58
Q:
前辈们，请问考虑溶剂之后，log文件中会出现3个NPA电荷，一个是优化之前出现的，另外两个数值一样，为什么会出现两次一样的数值？
输入：#p M062X/def2TZVP Opt=(maxcyc=300) SCF=(maxcyc=200,Xqc)
pop=(no,nbo) SCRF=(smd,solvent=Acetonitrile) Freq Nosymm acetonitrile
高斯view打开后的NBO电荷数值一样，请问也可以用高斯view直接看NPA电荷吗？
[Image]
A:
跟溶剂没关系
取最后一次输出的
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2015.10.30 15:55:52
Q:
什么情况下，在研究激发态性质（归属）的时候，NTO可以提供比Multiwfn的空穴-电子功能的电子密度差图（以及空穴和电子图）更好或更准确的效果？
考虑相位是否与光化学反应更相关？如果普通的光物理过程，印象中似乎不太需要考虑相位。
A:
仅当需要考虑相位的时候更适合NTO
指认跃迁类型有时候有相位会有好处，比如跃迁到某个里德堡p轨道，NTO会显示一个瓣正一个瓣负，看起来更清楚
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2015.10.30 16:10:56
Q:
请教一下各位老师，我用半经验pm6方法跑IRC的时候提示这样子的错误：Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
而我的关键词是这样的：pm6 Int(Grid=120974) IRC(RCFC,internal,maxpoint=100,stepsize=5,forward) ，请问一下各位老师这个应该怎样改错，谢谢了。
A:
RCFC改成calcfc或calcall
Int(Grid=120974) 毫无意义
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2015.10.30 16:30:31
Q:
sob老师，我想问一下MD模拟的文章中“bond angle and torsional
flexibilities were allowed”的意思是需要考虑键角和扭转势能吗？但是我为什么感觉不大对劲
意思就是要写出键角和二面角的势能参数对吗
可是他文章中模拟的分子，其中一些二面角参数我在Gromacs自带的oplsaa力场参数文件中确实找不见
对于oplsaa力场，mktop生成的TOP文件中没有二面角的详细参数，那Gromacs在运算过程中会有一些文件显示了这些二面角势能参数吗？（我在用lammps计算，想从gromacs这里获得力场参数）
对于oplsaa.ff/ffbonded.itp里面的东西，有些我比较疑惑，在哪有这个文件的详细解释说明呢？
A:
说得太抽象。就是说模拟过程中不冻结键角、二面角
此时你得明确提供键角、二面角的力场参数
自己想办法搞
PS：字号小点
都在oplsaa.ff/ffbonded.itp里面
文件格式在gmx手册里都有
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2015.10.30 17:50:24
Q:
咨询一下：我用如下的命令对三重态做NTO分析：#p b3lyp/6-31g(d) td(triplet,root=1) pop=NTO density=transition=1
计算的输出文件：[图片]
这样的怎么看T1的跃迁轨道？谢谢指点
A:
写pop(NTO,saveNTO)
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2015.10.30 17:51:08
Q:
有个问题一直不明白。在集群上，一个节点有多个CPU，而一个CPU有2个或4个核。所谓跨节点，是指使用不同的节点呢，还是，使用一个节点内的多个CPU就算跨节点？
那，在单节点上使用多个CPU计算，不需要用MPI吗？
A:
使用不同的节点
看你用什么程序
单CPU 8核和2CPU各4核从程序运行角度来说完全一样
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2015.10.30 18:53:25
Q:
@Sobereva 老师我发现我的弱作用体系用def2TZVPD算不动，而用defTZVP能算动，您觉得是用def2TZVP算单点能好还是用6-311+G**算好？
好的，谢谢老师
您说的“普通DFT”指的是非双杂化泛函吗？我用的是m062x
A:
对于弱相互作用，在普通DFT级别，6-311+G**够了
是
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2015.10.30 19:09:05
Q:
@Sobereva 大神，分子有互变异构体，一个能量大，一个能量小，计算了玻尔兹曼分布值，值大的是不是代表分布多？实验上合成出来的占的比重大？/呲牙/握手
A:
值大只是在热力学平衡状态下分布多，但如果有很高势垒，是达不到这种理想分布的，这还取决于合成反应过程中不同路径的势垒（动力学因素）
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2015.10.30 19:15:02
Q:
用VMD画RDG等值面图图时，如何改变原子颜色？不好意思，之前问过，但是忘了。抱歉。
A:
[Image]
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发表于 Post on 2015-11-6 23:49:28
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