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[辅助/分析程序] 可视化的最低能量路径绘制程序MEPplot测试版本发布

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发表于 Post on 2020-11-27 09:24:07 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 chenxin199261 于 2020-11-27 09:41 编辑

各位同仁,大家好。
最近我开发了一个能量最低路径绘制的可视化程序,它叫MEPplot。
该程序能在势能面(自由能面)上绘制最低能量路径。
程序包已经编译好,下载rar解压后就可以运行。

绘制能量最低路径在计算化学与分子动力学模拟领域有一定的需求。截至目前(2020年11月26),我暂时没发现一个集成的软件包可以处理。
该程序基于 string method。在几年前我发布过一个指令行版本,该版本难用而且不稳健。因此将几年前的程序做可视化并且对算法稳定性进行修改。

他还在测试过程中,可能有一些bug和设计缺陷。恳请各位同行在本贴下方提出问题,或者在项目的GitHub issue区提交问题。

程序发布网页:
https://github.com/chenxin199261/MEPplot




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发表于 Post on 2020-11-27 09:37:36 | 显示全部楼层 Show all
string容易收敛到局部极小值,您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html
穷了,试试接论文润色+修改建议,直接私信

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 09:39:59 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2020-11-27 09:37
string容易收敛到局部极小值,您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html

谢谢提醒,我做的是有可视化界面的,而且我不是找极小值点

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发表于 Post on 2020-11-27 09:43:15 | 显示全部楼层 Show all
mega被wall了, github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use the following address:
https://mega.nz/folder/hsVzVSKT#3IEzoJZzkmEQZJACTAEcMQ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 09:45:17 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-11-27 09:43
mega被wall了, github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use th ...

唉,测试下,真的被wall了。

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发表于 Post on 2020-11-27 10:23:03 | 显示全部楼层 Show all
chenxin199261 发表于 2020-11-27 09:39
谢谢提醒,我做的是有可视化界面的,而且我不是找极小值点

路径的局部极小值
穷了,试试接论文润色+修改建议,直接私信

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-27 10:34:18 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2020-11-27 10:23
路径的局部极小值

我的程序对着图像把初猜做好,弦就不会落入minima.

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发表于 Post on 2020-11-28 02:47:55 | 显示全部楼层 Show all
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角,程序的输出中用的是弧度制。我用MEPSearcher时就报错了。我当时觉得可能是出现了数值不稳定,就自己写了个awk脚本把弧度制转成角度制,再使用MEPSearcher,才没有报错的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-29 18:32:34 | 显示全部楼层 Show all
Daniel_Arndt 发表于 2020-11-28 02:47
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角,程序的输出中用的是弧度 ...

我师弟也是同样问题,他用的是极坐标。后来在excel里面转成直角坐标。
不建议再用MEPsearcher了。直接用这个可视化程序就好了。
如果用的人多,我后续会添加极坐标、左边转换等功能。

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发表于 Post on 2022-9-8 11:27:12 | 显示全部楼层 Show all
chenxin199261 发表于 2020-11-29 18:32
我师弟也是同样问题,他用的是极坐标。后来在excel里面转成直角坐标。
不建议再用MEPsearcher了。直接用 ...

老师,MEPplot打算支持周期性反应坐标么?比如角度之类的CVs需要跨越边界来寻找MEP
自由发挥,野蛮生长

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