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[辅助/分析程序] 可视化的最低能量路径绘制程序MEPplot测试版本发布

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发表于 2020-11-27 09:24:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 chenxin199261 于 2020-11-27 09:41 编辑

各位同仁,大家好。
最近我开发了一个能量最低路径绘制的可视化程序,它叫MEPplot。
该程序能在势能面(自由能面)上绘制最低能量路径。
程序包已经编译好,下载rar解压后就可以运行。

绘制能量最低路径在计算化学与分子动力学模拟领域有一定的需求。截至目前(2020年11月26),我暂时没发现一个集成的软件包可以处理。
该程序基于 string method。在几年前我发布过一个指令行版本,该版本难用而且不稳健。因此将几年前的程序做可视化并且对算法稳定性进行修改。

他还在测试过程中,可能有一些bug和设计缺陷。恳请各位同行在本贴下方提出问题,或者在项目的GitHub issue区提交问题。

程序发布网页:
https://github.com/chenxin199261/MEPplot




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发表于 2020-11-27 09:37:36 | 显示全部楼层
string容易收敛到局部极小值,您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html

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 楼主| 发表于 2020-11-27 09:39:59 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2020-11-27 09:37
string容易收敛到局部极小值,您可以考虑调用MULE试试
http://bbs.keinsci.com/thread-17796-1-1.html

谢谢提醒,我做的是有可视化界面的,而且我不是找极小值点

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管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-11-27 09:43:15 | 显示全部楼层
mega被wall了, github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use the following address:
https://mega.nz/folder/hsVzVSKT#3IEzoJZzkmEQZJACTAEcMQ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2020-11-27 09:45:17 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-27 09:43
mega被wall了, github上这句建议改一下

For users in mainland China (GitHub is slow), please use th ...

唉,测试下,真的被wall了。

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发表于 2020-11-27 10:23:03 | 显示全部楼层
chenxin199261 发表于 2020-11-27 09:39
谢谢提醒,我做的是有可视化界面的,而且我不是找极小值点

路径的局部极小值

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 楼主| 发表于 2020-11-27 10:34:18 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2020-11-27 10:23
路径的局部极小值

我的程序对着图像把初猜做好,弦就不会落入minima.

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发表于 2020-11-28 02:47:55 | 显示全部楼层
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角,程序的输出中用的是弧度制。我用MEPSearcher时就报错了。我当时觉得可能是出现了数值不稳定,就自己写了个awk脚本把弧度制转成角度制,再使用MEPSearcher,才没有报错的。

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 楼主| 发表于 2020-11-29 18:32:34 | 显示全部楼层
Daniel_Arndt 发表于 2020-11-28 02:47
我之前用MEPSearcher时有一个小问题。我当时用的collective variable是两个二面角,程序的输出中用的是弧度 ...

我师弟也是同样问题,他用的是极坐标。后来在excel里面转成直角坐标。
不建议再用MEPsearcher了。直接用这个可视化程序就好了。
如果用的人多,我后续会添加极坐标、左边转换等功能。
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