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楼主 Author: din5g
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[新手求助] 用什么软件可以计算有机溶剂环境中晶体表面吸附的氢质子的吉布斯自由能

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-4 09:43:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-4 08:46
你把你的反应搞清楚,按你画的基元反应那个质子到底应该在哪,然后在基底上合适的位置放一个超氧自由基和 ...

麻烦老师了,实在是很感谢老师的回复!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 20:23:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-4 08:46
你把你的反应搞清楚,按你画的基元反应那个质子到底应该在哪,然后在基底上合适的位置放一个超氧自由基和 ...

老师,您好,我有一个做法不知道可不可行,想请教一下您:
我在求反应的吉布斯能变时,可以在一个反应中,对中性分子用隐式溶剂模型而对阴离子用显式溶剂模型吗

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发表于 Post on 2020-12-7 21:23:06 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-7 20:23
老师,您好,我有一个做法不知道可不可行,想请教一下您:
我在求反应的吉布斯能变时,可以在一个反应中 ...

不能,理论级别必须严格统一,不然相减的时候误差不能抵消。
对于显式溶剂和隐式溶剂的情况,问题还更大一些,因为如果你加显式溶剂,那么只能算出来溶质和溶剂分子的总能量,而没法得到溶质本身的能量,但是隐式溶剂算出来的是溶质的能量,所以两者根本减都没法减,都谈不上误差抵消的问题。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 21:52:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-7 21:23
不能,理论级别必须严格统一,不然相减的时候误差不能抵消。
对于显式溶剂和隐式溶剂的情况,问题还更大 ...

多谢老师,超氧自由基在乙腈中的吉布斯自由能我打算这么求:=气相的G(自己算)+溶解自由能。而其中溶解自由能有两种选择:1,查文献(超氧自由基在乙腈中的溶解自由能);2,利用杂化溶剂模型。用超氧自由基结合一定量乙腈分子。自由基结合乙腈分子的能量减去乙腈分子的能量再减去气相超氧自由基的能量就是自由基的溶解自由能。

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发表于 Post on 2020-12-7 22:26:32 | 只看该作者 Only view this author
din5g 发表于 2020-12-7 21:52
多谢老师,超氧自由基在乙腈中的吉布斯自由能我打算这么求:=气相的G(自己算)+溶解自由能。而其中溶解 ...

超氧自由基可能用隐式溶剂就够了,虽然超氧自由基是离子,但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也用显式溶剂算一下,对比一下
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-8 00:19:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-7 22:26
超氧自由基可能用隐式溶剂就够了,虽然超氧自由基是离子,但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也 ...

好的,多谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-20 19:32:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-7 22:26
超氧自由基可能用隐式溶剂就够了,虽然超氧自由基是离子,但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也 ...

老师,我有个问题想向您请教,在TiO2团簇上吸附甲苯(总原子数较少,30个左右),做优化和计算smd溶剂化自由能,老师有推荐的基组吗,考虑了很久实在是不知道选哪个

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