计算化学公社

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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理:2015.11.05 10 ~ 2015.11.07 15

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本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:22 编辑

相关概况请阅读:http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

P.S. 终于下决心在程序里用了二分查找,这加速真是感人。


全文附件(所有已整理聊天记录,下载时请确认本帖为我最后发布的聊天记录帖(不一定是日期范围最早/最晚的)):

Complete 2015.10.28 15 ~ 2015.11.07 15.txt (178.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)


本次附件(附件内容与下文一致):

2015.11.05 10 ~ 2015.11.07 15.txt (38.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




2015.11.05 10:34:18
Q:

    sob老师,multiwfn可以求ELF Basin Populations (N(Ω i )), Standard
    Deviations (σ 2 (Ω i )), Relative Fluctuations (λ F (Ω i )),
    Contributions of the Other Basins (%) to σ 2 (Ω i )吗

    @sob老师,手册中有说明吗,博文上没有写到

    嗯,谢谢sob老师

    /糗大了我再回去仔细看看


A:

    @白杨 可

    有啊

    population博文里的例子明明已经算了

    multiwfn输出的离域化指数、定域化指数和λ、σ之间是什么关系在手册3.18.5节都有


----------------------------------------------------
2015.11.05 10:34:18
Q:
    老师,能介绍下响应性质的计算么?

    计算光谱的时候什么时候采用线性响应,什么时候采用二次响应理论呢?谢谢

    比起其它程序,最大优势是响应性质的计算很全面,且可以在耦合簇级别下进行。 这是我这公社论坛上看的,但是不怎么理解,求指教~~

    @sobereva 老师 我看您在公社上有这方面的回复,麻烦您了 先谢谢啦


A:
    @晴字步, 看Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)第10章


----------------------------------------------------
2015.11.05 10:37:20
Q:
    请教下:分析有自选污染分子的轨道是不是不严格的?高斯把单重态算成了开壳层的单重态

    为啥呢?


A:
    DFT不要太把自旋污染当回事

    以前群里讨论过多次

    群聊消息搜“自旋污染”


----------------------------------------------------
2015.11.05 10:47:48
Q:
    老师我查看以前的消息记录:自旋多重度>1必然是开壳层。=1时默认为闭壳层,你可以自行指定按开壳层算,但只有对称破缺体系这样才有意义,否则只是浪费时间。其中的对称破缺是什么意思呢?


A:
    谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
    http://sobereva.com/82


----------------------------------------------------
2015.11.05 10:57:26
Q:
    请问各位老师有没有算过叠氮负离子的,总是算了几秒就报错,不知道是不是gjf或者建模有问题,这是gjf文件,有哪位老师帮忙看看就太感谢了

    %chk=N3.chk
    # B3LYP/6-31G** opt freq nosymm Volume

    Title Card Required

    -1 1
    N                 -1.65060245    0.78313252    0.00000000
    N                 -2.74260245    0.78313252    0.00000000
    N                 -4.14260245    0.78313252    0.00000000



A:
    volume之后单独算,别和opt freq搅在一起
    @不取俗名-VASP,G 用这个,我试了没问题:# B3LYP/6-31+G* opt freq


----------------------------------------------------
2015.11.05 10:59:27
Q:
    老师,我想问下,我做CDA分析的时候,复合物和片段必须都是用统一参数设置才可以做分析对么?


A:
    y


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:03:58
Q:
    [图片]老师,计算Mulliken键级的时候,这个α和β这两列分别是什么啊?


A:
    alpha电子和beta电子的Mulliken键级


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:05:26
Q:
    [图片]
    我做了复合物(Ag-Au-S)和片段(Ag-Au;S)的单点能计算,设置如上图,复合物和金属的部分都收敛了,但S的单点能不收敛,这样的情况我要改计算方法么?

    我用的基组是这个
    [图片]


A:
    先用老生常谈的解决不收敛的方法试图解决


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:10:52
Q:
    @Sobereva  输入文件只有一个原子时,做频率分析是不是没有任何意义的?


A:
    唯一的意义是,如果你自己懒得算原子的平动对内能和焓的贡献(3/2 RT和5/2 RT),振动分析时程序会直接给你输出出来


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:15:30
Q:
    请问用KisTheIP可以计算没有过渡态的反应的速率常数吗?


A:
    不是KisThelP的事,只要TST、RRKM不适用的,这程序都算不了


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:14:09
Q:
    请问各位,用Multiwfn 怎么计算local electronic potential energy density

    我是想算弱相互作用的强度,应该是一个空间范围的吧


A:
    就是势能密度,看你想怎么算,算一个点、一条线、一个平面、一个空间范围里的都能算

    V(r)

    H(r)=E(r)=能量密度

    G(r):拉格朗日动能密度
    K(r):哈密顿动能密度

    multiwfn手册2.6、2.7节都有介绍和公式

    一般算BCP的V(r)
    手册4.2.1节有例子

    那两节介绍的是Multiwfn支持的所有实空间函数


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:19:30
Q:
    老师,其实我一直想问,当我已知DOS中每个态密度值及相应的能量(横纵坐标值),我可不可以根据已知的复合物和片段的DOS经过计算,画出轨道相互作用图?

    [图片]
    老师,还是接着上面的问···我有体系中每个原子的所有轨道的态密度,还是不能做相关的轨道相互作用图么?


A:
    @PWSCF-katrina 不能

    轨道相互作用是基于轨道来做的,光有态密度没用


----------------------------------------------------
2015.11.05 11:23:42
Q:
    [图片]请问sob老师,这里的out文件是Multiwfn产生的 还是我做TDDFT产生的


A:
    当然是高斯产生的
    你一打开这个文件一看不就知道了


----------------------------------------------------
2015.11.05 12:10:59
Q:
    我看到一篇文献上,用amber跑动力学的。能量最小化后,直接用恒温300度跑500ps,取后250ps的平均构象做下一步的起始构象。这里有个问题,最小化后,中间没有一个升温过程,直接恒温300度跑,行吗?


A:
    直接上300K,动能突然加大,往往容易崩
    若没崩倒无所谓
    为稳妥还是鼓励有个升温阶段


----------------------------------------------------
2015.11.05 13:12:25
Q:
    请教一个问题 就是什么叫限制性计算 什么叫非限制性计算啊

    哦哦 老师 意思就是说如果自旋多重度为1 高斯就默认是限制性的计算?


A:
    限制性:要求alpha和beta轨道严格匹配

    y


----------------------------------------------------
2015.11.05 13:25:33
Q:
    Sob大神,请问你对多环分子激发态下的芳香性研究有没有什么看法? 多谢!


A:
    没什么看法


----------------------------------------------------
2015.11.05 14:22:59
Q:
    各位老师好!请问如果构型略微有差别,smd读出来的deltaG数值就有差别,这个时候应该取哪个数值?比如气相状态,肯定取能量最低所对应的那个构型

    那对于这个最稳定的构型,我是需要计算他的气相单点看哪个能量最低么


A:
    如果只有一个可及构象,用最稳定的结构。
    如果有多个,玻尔兹曼平均加权计算

    计算不同构象在溶剂下的自由能比较


----------------------------------------------------
2015.11.05 14:50:50
Q:
    [图片]
    g09D01计算NBO,总报错,什么原因?

    要用6.0的版本,不然cmo不可读

    是的,高斯g09D01里面的NBO就有NBO6.0le


A:
    每次问报错把用的关键词都贴出来

    pop=NBO

    自行生成.47文件,用GENNBO执行
    5.0就已经能支持CMO

    非要直接挂着NBO6,必须用专门给高斯用的版本,买NBO程序的时候怎么用都有说明

    买专供高斯的NBO 6.0程序的时候怎么用都有说明

    怎么用的问题问NBO开发者


----------------------------------------------------
2015.11.05 14:55:05
Q:
    老师,您好,我再算电荷分解的时候加入手册上的关键词之后经常会出现这样的错误,该怎么办

    关键词是pop=full

    IOp(3/33=1.3/32=2)

    加入IOp(3/33=1.3/32=2)吗?

    不好意思老师,那个点是,

    [图片]

    这个就是输入的关键词


A:
    和pop=full没毛关系

    Sobereva(190258442)  14:50:51
    每次问报错把用的关键词都贴出来

    我懒得去猜各种可能导致出错的可能性,所以必须提供足够的信息

    没特殊必要甭用片段初猜

    fch文件一样能做CDA分析,省得写IOp和pop=full了

    你那问题就是在QC方法弄SCF时不收敛,老生常谈
    解决SCF不收敛问题的方法
    http://sobereva.com/61

    顺带一提,带弥散函数时CDA结果几乎没法用,巨烂

    去了弥散收敛也容易多了

    最近写了篇文章,其中专门比较了下基组对CDA的影响
    [图片]


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:02:45
Q:
    老师,请问下通过高斯加电场的时候,我想将电场方向沿水分子偶极矩方向加入,设置电场方向为x轴方向,如何确定哪个方向为x轴方向,同时如何将水分子的偶极矩方向设置为x轴方向?@Sobereva


A:
    @moonlight gv显示分子结构时让笛卡尔坐标轴显示出来一看就知道了


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:02:55
Q:
    [图片][图片]Mayer

    老师,Mayer键级是哪个图中的数值啊?

    上面的还是下面的啊


A:
    都是

    公式在手册里都有

    问问题前先看手册,极尽详细


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:05:02
Q:
    恩恩,Total上下两个图的值不同


A:
    [图片]


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:10:42
Q:
    各位老师好,优化又出了点问题,自己搜了一些方法试了也没用,特来请教
    这是输入文件
    %chk=5.chk
    # B3LYP/6-31G** opt freq

    Title Card Required

    -1 1
    N                 -1.98469437    0.68545659   -0.19828043
    N                  0.21778293   -0.58905390   -0.19828043
    O                 -2.43802729    0.04456166   -1.30884017
    O                 -2.43802729    0.04413140    0.91203090
    O                 -0.11404577   -1.30262699   -1.30747075
    O                 -0.11031206   -1.30048118    0.91339619
    C                 -0.51469437    0.68545659   -0.19828043
    H                 -0.01457794    1.54924212   -0.25958391

    很快就会跳出:Problem detected with

    inexpensive integrals. Switching to full accuracy and repeating last cycle的错误
    我搜了以后加上了Integral(Grid=UltraFine)
    结果还是不对~哪位老师有空的话能帮我看看最好了,谢谢

    sob老师, multiwfn 里查看不了MO的空轨道么?

    [图片]

    是不是我的wfn文件有问题呢?


A:
    scf=novaracc

    use .fch file instead


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:23:11
Q:
    @Sobereva 老师,我记得您在群里教过用multiwfn看分子轨道时,只显示一个原子的原子轨道的方法,但是没有找到信息记录,手册哪里有讲?麻烦老师了


A:
    分子体系没法看原子轨道
    除非你显示很低阶MO,可能有的只由一个内核原子轨道构成。

    要么就做NBO分析产生NAO轨道在Multiwfn里看


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:38:38
Q:
    [图片]@Sobereva 老师,在Multiwfn当中我定义原子片段绘制PDOS的时候出现这种错误该怎么办啊


A:
    原子序号超了


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:45:56
Q:
    nbo轨道图有两种颜色,和分子轨道图类似,nbo两种不同颜色的相位能反映什么呢?和分子轨道解释一些问题是一样的么?是不是也有类似于对称性匹配,最大重叠等问题

    比如作用的时候画出来两种轨道位相是相反的,也没什么说法么?
    [图片]像这个,扫描过程中,有时候两种位相就相反了


A:
    NBO和MO讨论的问题没有可比性
    轨道重叠程度对于哪类轨道都可以考察

    简谈NBO间的相对相位问题
    http://sobereva.com/191

    做法这里就有
    使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
    http://sobereva.com/134


----------------------------------------------------
2015.11.05 15:58:11
Q:
    老师,我想问一下,用Multiwfn做了ADNDP图之后,如果发现3c-2e键,能不能在MO中找到相应的反映?


A:
    有的能有的不能


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:00:42
Q:
    请问,高斯输入文件的关键词Nosymm是指什么?@Sobereva


A:
    谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
    http://sobereva.com/297


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:06:28
Q:
    请问sob老师,对于没有过渡态的反应,速率常数可以用哪些方法计算呢?谢谢~@Sobereva


A:
    可以看看这两篇
    http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00268970701620677
    J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6031-6044


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:10:59
Q:
    对所有波函数的处理变换都存在这种可能的反相问题,包括帖子中提到的pnbo,是么?


A:
    整体一起对角化,没这个问题,所以整个体系中每个分子轨道之间的相对相位都是有确切意义的。

    每个片段依次对角化,有这个任意性问题。所以直接看起来每个片段的轨道间的可以相位相同也可以相反重叠,但当你计算E2的时候考虑NBO轨道间Fock矩阵元,则会抵消掉这个任意性,所以E2是可以正确计算的。


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:18:49
Q:
    [图片]老师 这个图可以直接用multiwfn做吗


A:
    sure

    你得用ps拼一下
        

----------------------------------------------------
2015.11.05 16:18:49
Q:
    请问老师,我用GV将直角坐标转化为内坐标,结果分子放置的方向改变了,[图片],如何使分子方向不变?@Sobereva


A:
    从头到尾都用笛卡尔坐标
        
        
----------------------------------------------------
2015.11.05 16:19:17
Q:
    电场下可以使用笛卡尔坐标吗?说明书上说要用直角坐标@Sobereva

    说错了内坐标


A:
    从头到为都用笛卡尔坐标

    从头到尾都用笛卡尔坐标

    [图片]

    Sobereva(190258442)  16:19:26
    从头到尾都用笛卡尔坐标


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:45:53
Q:
    [图片][图片]老师 我在想能不能把这两个图结合起来 ,指出反应位点 并体现电子密度变化


A:
    @々 可以


----------------------------------------------------
2015.11.05 16:47:10
Q:
    sci-hub.org 登录不上来了,求助个文献哦http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sia.740060104/abstract,谢谢

    我这边登录不上,页面无法打开


A:
    尝试.club


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:07:38
Q:
    老师 算静电势时 您说用B3LYP/6-31G**这个就可以了   但我的体系有过渡金属  能用赝势吗

    嗯嗯 好的 谢谢老师

    [图片]请问某个过渡金属的优化  这两个输入方式哪个正确


A:
    能用

    要更精确的静电势用TZVP,但6-31G**给出定性正确的结果完全没问题

    @々 等价


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:25:53
Q:
    请教sob老师,针对B3LYP和M062X方法,我在相同的基组6-311G(d,p)下对乙醇分子进行几何优化,所用的时间分别是23s和21s。话说不是M062X方法计算需要更长的时间吗? 要是计算很多个分子时,是不是M062X方法所用的时间会迅速增加?目前计算涉及的分子个数较多,不知道选择哪一个速度会更快一些。如果所计算的体系时弱相互作用体系,是不是最好选用M062X方法?

    恩,好的,那如果算六七个分子时,如乙醇分子,是选择B3LYP还是M062X方法?

    [表情]我觉得CCSD(T)/Aug-cc-pVTZ都可以了

    好吧,关键CCSD(T)/Aug-cc-pVTZ用时太长了,我之前测试过,两个分子都要一两天的时间


A:
    @蝶澈 注意几何优化步。同样步数下,B3LYP绝对比M062X快

    注意几何优化步数。同样步数下,B3LYP绝对比M062X快

    只拿一个分子测,M062X可能碰巧需要的收敛步数少

    都可以,不是特窘迫的话优先用M062X

    建议同时int=ultrafine,但这会进一步增加耗时

    单点用这个还是太贵

    PM6-D3H4初筛,B3LYP/6-31G*预优化,M062X/6-311G**精确优化,然后PWPB95-D3/def2-QZVPP算单点比较理想

    [图片]


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:32:07
Q:
    [图片][图片]赝势方法是指研究采用了赝势基组吗?老师

    博士论文上的

    综述部分

    内容对吗,老师


A:
    图上是哪里的文字?

    作者外行。
    模型势跟赝势是两回事,文中都搞混了

    赝势和赝势基组必须搭配使用

    赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
    http://sobereva.com/188


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:47:53
Q:
    @Sobereva 老师,我在计算化学公社看到你回复的帖子[图片],所以我固定了一个二面角[图片]将这个二面角以30度步长进行柔性扫描优化,结尾遇到错误[图片],请问老师我可以尝试哪些方法进行改善?谢谢老师


A:
    @宇轩 某些扫描步下某些变量就是会成为直线,此时会报错,要么修改扫描方式,要么就尝试修改冗余内坐标定义,把一些成为直线的角、二面角删掉


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:51:03
Q:
    sob老师,约束性dft不能在高斯中做,您还有别的办法可以用高斯达到cdft的效果么?  例:两个相距很远的分子,一个带2e,一个中性,但高斯算出来的结果,总是各带1e。


A:
    没有办法


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:56:05
Q:
    用 B2PLPYD3 泛函优化 H_9O_4^+ 团簇,基组从 6+31G(d),增加到 cc-pVTZ 都没问题,用 aug-cc-pVTZ 就死活不收敛……(每次换相对大的基组都是从 check 文件内读的前一次优化好的结构)
    试过 SCF=NoVarAcc 也无济于事啊……

    B2PLYPD3 刚才笔误


A:
    加了弥散明显会难收敛,尤其是aug-加的弥散函数很多。可以用弥散函数少的may-cc-pVTZ试试。
    实际上优化这种团簇完全不需要加弥散函数。


----------------------------------------------------
2015.11.05 17:57:13
Q:
    老师,这个题为什么会死在9999错误上,如何修改呢?[图片]

    主要是想看下加了电场水分子的电荷有什么变化


A:
    写opt=z-matrix干嘛
    完全不需要写成变量形式,费那劲干嘛。
    基组用那么大干嘛。

    @moonlight 并没有问你为什么做这个任务

    z-matrix纯属多余,opt显然得写


----------------------------------------------------
2015.11.05 18:03:20
Q:
    [图片][图片]老师 算出的结果显示有7大9小个极值点,为什么图上显示6和8呢  还有就是,每个极值后都给出了坐标,例如我要找到第4个极值点是那个,只能通过后面的坐标目测吗?


A:
    @々  图形界面上有选项能直接显示极值点的编号

    位置看编号判断


----------------------------------------------------
2015.11.05 19:03:07
Q:
    各位老师,casscf不收敛 和DFT的解决途径一样吗?

    也就是说  活性空间的选取 和小基组测试对吗?

    唉。。。  高斯好像不太行 ,gamess NWchem 怎么样

    嗯 谢谢老师,还有我们一般casscf做完后 怎么判定选的活性空间合理?好像casscf收敛并不一定代表合理,是不是要和实验的结构参数对比呢?

    过渡态有什么相对来说比较好找的方法吗,原子50个


A:
    否。
    CASSCF不收敛更多的是在初猜、基组上折腾

    还有初猜轨道问题

    不同程序CASSCF收敛性也相差不少,molpro、molcas在这方面都是认为几乎最好的

    可以用gamess

    @冰释之川 经验、直觉,一些讨论可参考
    http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126

    经验、直觉
    没有万能的办法


----------------------------------------------------
2015.11.05 19:11:48
Q:
    [图片]柔性扫面二面角,这个最高点是二面角吗 sob老师

    最高点是过渡态吗


A:
    显然不是过渡态,过渡态根本就不可能这么找,顶多是如果看上去靠谱可以拿那个结构作为过渡态初猜


----------------------------------------------------
2015.11.05 19:26:08
Q:
    sob老师,dft的自相互作用误差(SIE)的个经典例子是H2+的解离势能面。通过文献以及我自己的计算(比较HF,B3,PBE等等),HF计算解离很远后能量趋近一个H原子,而DFT不行,说明了HF,包括后HF都可以避免SIE。

    但HF计算H2+解离很远时,实际上也认为每个H上自旋0.5,每个H上电荷0.5。这是不是说,其实HF也不能做到CDFT的效果,但它描述的势能面是正确的,可以避免SIE?

    如果这样的话,在计算自己实际体系时,用hf,或post-hf,是否就可以认为能够避免SIE了,势能面正确,而不要去纠结电荷分配是否正确。


A:
    你写上nosymm,HF下电子就会在一个氢上
    默认用了对称性,所以电子密度分布也是强制满足点群的
    并不能说HF下两边各一半就不正确,因为此时和一个电子在一边的情况是简并的,收敛到哪个状态对量化程序来说都一样

    建议看看此文Faraday Discuss., 2007, 135, 13–30,专门讨论过这个问题


----------------------------------------------------
2015.11.05 19:29:49
Q:
    使用了 guess=alter后,活性空间内的轨道能级是不是也有分高低的?  比如【54 59 ;56 60】和【54 60 ; 56 59】 是两种不同的初猜对吧 ?

    活性空间为 58-65

    嗯 那么 我们对轨道检测需要做NBO吗? 还是普通的MO进行可视化选轨道呢?

    我查阅了有的例子是用 pop=naturalorbital  有的没用这个  是不是对轨道检测关系不大的呢?


A:
    一样

    跟NBO没关系

    NBO跟这个是两码事

    一般就基于MO作为初猜就行了,你用这个还得先做后HF计算麻烦


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2015.11.05 19:37:34
Q:
    @Sobereva 老师,超极化率密度的等值线图可以用Multiwfn导出数据然后用origin画吗?

    用Multiwfn有点不清晰,所以我问问,谢谢老师

    老师,我想让线粗一点,字体大一点而且更黑一点

    在setting里怎么调整呢?

    @Sobereva 老师,一开始设置了展宽,能在后续的操作中修改吗?

    [图片]@Sobereva

    一开始我设置的是25,之后发现有点儿太宽了,想修改的小一点,只能重新开始吗

    老师哪个界面?

    [图片]这个界面吗?


A:
    可以

    分明很清楚,可以自己调等值线数值,origin麻烦得多。用第三方程序可以用sigmaplot

    线的粗细在后处理界面就能设

    [图片]

    @乖娃娃恶意卖萌 什么意思?

    还是回到那个界面再改

    还是刚才的界面啊

    还是进3再改


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2015.11.05 19:39:34
Q:
    高斯的ADMP,怎么设置系统的初始动能?如果我想把系统设为绝热的,就是让系统的总能量不变怎么设置?


A:
    初始动能设定看手册。总能量不变不是设的,步长设得比较小,能量保守性就会较好


----------------------------------------------------
2015.11.05 20:30:43
Q:
    @Sobereva sob老师,multiwfn除了http://sobereva.com/179这篇博文,还有讲方差和相关波动的算例吗,我还是没有找到。


A:
    手册4.17节


----------------------------------------------------
2015.11.05 20:39:09
Q:
    [图片]老师,坐标轴上的这些值能否加粗加黑呢?


A:
    不能


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2015.11.06 12:04:52
Q:
    @Sobereva 请教老师和大家~~我现在有400个原子的超级大分子,没有对称性,几何优化算了7天7夜了还不收敛。想问下大家,我这样设置可以吗?#p opt=(calcfc,loose) freq bp86/def2sv scf=(maxcyc=300,xqc)


A:
    @Goldfish 用高斯算这个是自讨无趣。看此文
    大体系弱相互作用计算的解决之道
    http://sobereva.com/214


----------------------------------------------------
2015.11.06 12:04:52
Q:
    老师好!做ADMP动力学,文献中给了初始动能的值,请问在高斯中怎么设置?我在手册中没找到。只找到了用NKE设定初始核动能,这两个是一样的么?


A:
    @four eyes in midnight 一样,也可以自行直接指定每个原子的速度


----------------------------------------------------
2015.11.06 12:04:52
Q:
    @Sobereva 在gaussian09中,是否可以把溶剂化模型CPCM看作是ORCA或者turbomole中的COSMO?若可以,在用CPCM时,是否要修改dielectric constant 乘以一个系数?


A:
    @sh.w.zhang 不能。CPCM和COSMO不一样,也不要乘什么系数。


----------------------------------------------------
2015.11.06 12:04:52
Q:
    老师,在这做种图时,[图片][图片]输入选项1以后,有一个调色的范围,这个一般怎么设定,数字的大小表示什么呢?


A:
    @Nicole 可以。使用Multiwfn观看分子轨道
    http://sobereva.com/269
    峰高就是数值大小


----------------------------------------------------
2015.11.06 12:04:52
Q:

A:
    @four eyes in midnight 一样,也可以自行直接指定每个原子的速度


----------------------------------------------------
2015.11.06 14:49:56
Q:
    请问如何根据tddft的结果导出difference electron density的数据?


A:
    @Wilson-占 使用Multiwfn作电子密度差图
    http://sobereva.com/113
    以及手册4.18.3节的例子


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2015.11.06 14:51:02
Q:
    如何批量提取计算完的*.log中的特定结果呢,例如根据关键字Mulliken Charge提取电荷,或根据thermochemstry等提取热力学数据呢?哪位老师可提供些建议或脚本呢,

    不知sob老师有无写过提取计算结果的脚本@Sobereva


A:
    @likeu 网上搜grep的用法


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2015.11.06 14:51:02
Q:
    @Sobereva [图片]老师,这个图里的白色代表什么呢?

    [图片]

    那个是不是等值线图了应该是等值面图了


A:
    @乖娃娃恶意卖萌 白、黑分别代表数值超过色彩刻度上、下限的区域


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2015.11.06 15:39:00
Q:
    @Sobereva [图片]色散力是怎么算出来的,这里也没有给出为什么他把色散力作为键能的主要贡献者,是不是有点突兀,要证明主要是色散力,又要算写什么数据呢??@Sobereva @SET


A:
    CH4这种典型无极性分子显然色散作用是吸引作用的主导

    不需要什么证据,有化学只觉的人都明白


----------------------------------------------------
2015.11.06 18:03:39
Q:
    @Sobereva  论坛申请密码重置,没有收到邮件。


A:
    @北纬18° 若没收到,把论坛用户名和要改的密码告诉我


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2015.11.06 18:07:22
Q:
    请问今年还有培训班吗?或者明年最早的一次将是什么时候?


A:
    @小虾米 今年没了


----------------------------------------------------
2015.11.06 18:07:22
Q:
    请问,有没有系统的讨论差分电荷密度的文章

    差分电荷密度讨论的是哪一个轨道的电荷密度


A:
    @天天小才 如果没特别说明,一般指所有轨道的


----------------------------------------------------
2015.11.06 18:07:22
Q:
    @Sobereva 老师,我想问一下,我用TD-opt优化S1态和用SCF的方法优化T1态,得到的能量值S1态比T1态低0.05eV,这是正常的吗?因为我一般看到的是s1态能量比T1态高。


A:
    @wendy 虽然T1可以用SCF优化,但比较能量时用TDDFT的S1和T1激发态能量对比,deltaSCF和TD的没有很好的可比性


----------------------------------------------------
2015.11.06 18:07:22
Q:
    请问sob 我用td算了40个激发态 现在想知道第16激发态的density 是用td(root =16)还是td=(root =16,nstates=40)


A:
    @Wilson-占 建议td(root=16,nstates=20)


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2015.11.06 18:41:47
Q:
    请教下,energy-resolved magnetization density怎么画出来 啊 @Sobereva

    就是 不同能量区间的spin density

    以及计算不同能量区间的磁矩

    嘿嘿

    求解答

    我目前只知道spin density或magnetization density是 alpha-beta的电荷密度

    e 现在没有找到公式

    怎么得到
    不同能量轨道的电荷密度

    现在没有找到公式
    怎么得到
    不同能量轨道的电荷密度@Sobereva


A:
    @一杯热茶 去找公式定义。可能是利用不同能量的轨道做的自旋密度。

    Multiwfn直接就能画不同轨道的电子密度

    主功能6选项26把其它轨道占据数都清零再照常绘制


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2015.11.06 19:56:07
Q:
    AIMAll 谁知道这个软件啊 有木有中文说明书之类的

    老师 查到官网了 都是英文的 看不太懂 想问大家谁那有中文的介绍之类的


A:
    [图片]

    看不懂就用Multiwfn

    Multiwfn can do almost everything that AIMALL can do

    使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
    http://sobereva.com/108
    使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
    http://sobereva.com/179

    Multiwfn入门tips
    http://sobereva.com/167
    Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
    http://sobereva.com/184


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2015.11.06 20:10:40
Q:
    @Sobereva   老师你好,我想请教个问题,我正在模拟分子的UV-Vis光谱, 在加上长程矫正之后(CAM),与试验得到的光谱比较符合了,  但是还是不能很好的解释试验谱, 我想换一种LC-DFT方法  但是一直出现L301问题,  我的基组是6-311+G(d,p),不知道该怎么解决

    #p td=(root=1,singlet,nstate=300) LC b3lyp/6-311g(d,p)

    LC-B3LYP

    那也就是说我在这里是需要修改方法  改为纯泛函   与基组是什么没有关系  对吗??


A:
    @-~梦醒之后- 列出关键词

    LC只能用于纯泛函

    y


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2015.11.06 20:40:50
Q:
    @Sobereva sob老师,能在您这购买科音基础量化培训班的PPT吗?来不及等到下次培训/可怜


A:
    不能


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2015.11.06 21:02:06
Q:
    老师,我有一个结构,可以通过空间旋转产生多种构象,现想确定哪种是最稳定构型,除了做刚性扫描外,还有没有其他的途径可以实现呢?期待老师指点、解答!不慎感谢/抱拳/抱拳/抱拳


A:
    @206 构象搜索,看群共享 构象搜索入门资料


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2015.11.06 21:35:12
Q:
    请教大家ADMP计算问题
    我采用默认的ADMP计算设置
    [图片]
    ,结果显示502错误,如下,请教大家解决对策。网上查过没查到。

    [图片]


A:
    @ZJU-催化机理 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1851


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2015.11.06 22:35:41
Q:
    请教一下sob老师关于荧光计算的问题:
    实验上我们发现一个蛋白在有和无卤离子的情况下 某个荧光发射光谱的特征峰会发生明显的变化,这个现象可以用TDDFT的计算来解释吗?


A:
    TDDFT本身可以算,但也注意区分是卤离子对激发产生了影响还是卤离子对蛋白结构产生了影响所致


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2015.11.06 23:20:48
Q:
    现在量化文章里面的激发态是不是多数计算的都是第一激发态?


A:
    不


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2015.11.07 13:18:52
Q:
    【链接】利用multiwfn批量获取wibergbondorder信息

    利用multiwfn批量获取wiberg bond order信息

    【话唠】浊流(343677459)  11:23:21
    恩,你可以帮sob老师写一写独立的命令直接放到MultiWFN包中,这样就可以在linux下直接输入命令就可以获得想要的信息了

    @Sobereva

    [图片]

    为什么不是0

    高斯中是0

    [图片]

    感觉0更好


A:
    @perl高手 看手册,定义不一样。Multiwfn对角元输出的是每一行的加和。完全没有“0更好”这一回事

    至于批量提取,这里已经用了
    通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
    http://sobereva.com/200


----------------------------------------------------
2015.11.07 13:18:52
Q:
    请问下各位大神,怎么计算the global electron density transfer(GEDF)


A:
    @袋鼠 算原子电荷,看你研究的过程前后的变化量

    GEDT这个名词没什么意思,就是个片段电荷在两个状态求差值而已

    这词特没意思

    没太大意义的名词尽量不要去创造
    鼓励减少科技界的名词数量


----------------------------------------------------
2015.11.07 13:18:52
Q:
    请问sob老师,接下来量子化学基础班还会不会举办,我现在是大三学生,对量化很感兴趣,之前没有信息渠道没能去,好想去呀


A:
    @Comedian 明年办下一届


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2015.11.07 13:19:04
Q:
    各位老师,您们好!我想向您们请教一个问题,就是怎样计算 the global electron density transfer(简称GEDT)


A:
    @青春无悔 算原子电荷,看你研究的过程前后的变化量


----------------------------------------------------
2015.11.07 13:21:01
Q:
    --------Markdown Markdown--------


A:
    --------Markdown Markdown--------

    科协等五部门联合发文:鼓励重要科研成果在我国科技期刊发表,并作为项目结题验收和考核评价的必要条件
    http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... jW8lGZyjIsAvnc0f#rd

    对这一项深表赞同,看来风向多多少少要变了
    [图片]

    最早没SCI的概念,后来看SCI篇数,再后来注重IF,这回...


----------------------------------------------------
2015.11.07 14:59:14
Q:
    @Sobereva 老师,您的讲义说对于大共轭体系建议用M062X泛函,而不用B3LYP,更本质点的原因是什么呢?这跟B3LYP的两个软肋—弱相互作用和电荷转移、里德堡激发态有关系吗?


A:
    @蝶恋花 和不适合电荷转移激发有一定关系,但这更多的还是经验性的总结


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2015.11.07 15:02:23
Q:
    我想知道5/13=1 SCF不收敛后,那个点的能量怎么去表示

    跳过去直接算下一个点,还是把不收敛的结果放进去了

    那跟VASP不一样了,VASP是跳过去,算下一个点的能量,不收敛的点能量不计入。
    跳来跳去把结构也给优化出来了。


A:
    5/13=1真是见一次气一次,又在论坛上看见了

    用5/13=1的人几乎都是完全没量化理论常识

    用这个IOp是对计算数据毫不负责任,甚至有时有造假之嫌

    就是给出最后一圈还没收敛的那个能量

    看你算的是什么问题,几何优化也是这样,用没收敛的波函数计算受力

    我说的是单点


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2015.11.07 15:09:17
Q:
    我想问一下问题,向linux系统下的home文件夹复制文件,提示没有空间,这是什么意思,前一段时间还可以呢 sob老师


A:
    @二哥的主场 看home目录还有没有空余空间,满了就删点


----------------------------------------------------
2015.11.07 15:18:50
Q:
    @Sobereva 哦,那也就是说对于电子离域性较强的体系,m062x比b3lyp更好吧?我也看有文献用b3lyp算共轭体系的,是不是b3lyp算pi共轭体系也可以,所谓“不合适”的程度要远比用b3lyp那两个软肋要轻得多吧


A:
    y


----------------------------------------------------
2015.11.07 15:32:33
Q:
    ORCA做频率计算的时候,输出下列内容是在具体进行什么计算?十分耗时:
    <<<Displacing   7/coordinate 3 (+)>>>
    <<<Displacing   8/coordinate 3 (+)>>>
    <<<Displacing   7/coordinate 2 (+)>>>
    <<<Displacing   6/coordinate 2 (+)>>>
    <<<Displacing   8/coordinate 1 (+)>>>
    <<<Displacing   9/coordinate 1 (+)>>>
    <<<Displacing   9/coordinate 3 (+)>>>
    <<<Displacing   3/coordinate 3 (+)>>>


A:
    @LiYuanhe 做有限差分计算Hessian,见此文http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1169


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2015.11.07 15:47:59
Q:
    咨询一下,pbe38泛函的提出的文章是那一篇?
    我是通过一下方法来找,但是不确定啊:
    1:google搜索pbe38 functional,出现的第一个我看引用最多。
    2:我就上学术搜索了这篇文章:[图片]
    谢谢指点,是这篇吗?


A:
    @拿破仑 就是DFT-D3这篇里顺带弄的。后来在JCP,132,184103这篇里做过对比测试


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评分 Rate

参与人数
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hcxytpp@163.com + 5 牛!
sobereva + 8 辛苦了!
琦思2007 + 4 好物!

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