求助：用Amber18做蛋白质小分子体系最小化的时候报REPEATED LINMIN FAILURE错误

zzy329372570 · 发表于 Post on 2020-12-10 17:37:54

如题，我在用amber做最小化的时候报了REPEATED LINMIN FAILURE错误。
具体情况如下：
一直用最速下降法去跑最小化的时候不会报错，但是开始的几万步VDWAALS 显示********，后来十几万步以后才出能量值，我总共跑了快一千多万步的最速下降，VDWAALS 能量一直呈现上升状态。
一旦开始跑共轭梯度，就开始报REPEATED LINMIN FAILURE错误。谢谢大家帮助！

abdoman · 发表于 Post on 2020-12-10 19:25:55

我想你是不是误会了这个优化的意思？
一般也就1000步左右，意思意思就行。
然后靠NVT和/或NPT系综，进行动力学优化。

zzy329372570 · 发表于 Post on 2020-12-10 20:33:20

abdoman 发表于 2020-12-10 19:25
我想你是不是误会了这个优化的意思？
一般也就1000步左右，意思意思就行。
然后靠NVT和/或NPT系综，进行 ...

一开始步数没有这么多，但是我发现不加到这么多步的话VDWAALS 显示********，根本算不出来。接下来第二步最小化，包括后期的升温，动力学，直接就报错了。所以我才一直增加最小化的步数。

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-3-5 09:50:45

REPEATED LINMIN FAILURE是否对体系动力学有影响呢？

limalvis · 发表于 Post on 2021-3-8 10:46:34

有没有可能那个cut值太大了？

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-3-9 09:17:00

limalvis 发表于 2021-3-8 10:46
有没有可能那个cut值太大了？

谢谢我等下把截断值调小测试一下

mengyuedm · 发表于 Post on 2021-7-6 10:38:59

您好，冒昧打扰了，想请问一下您的restarted due to linmin failure 这个动力学问题是如何解决的？非常感谢！！！

zzy329372570 · 发表于 Post on 2022-1-19 15:49:38

mengyuedm 发表于 2021-7-6 10:38
您好，冒昧打扰了，想请问一下您的restarted due to linmin failure 这个动力学问题是如何解决的？非常感 ...

问题依旧没有解决

tomwong4253 · 发表于 Post on 2022-1-28 13:01:19

能量最小化最多5000步足矣，而且一般我都没限制过什么，直接放开让程序优化就算了。报这个错误有很大几率是你自己手动摆的模型或者小分子中原子发生了错误的连接，或者位置出现了重叠，导致Van der Waals出现无穷大（星号），仔细检查你的结构，如果实在找不到错误，两个方案：
1）发结构上来让大家一起帮着找，
2）设置一个温度为10K，没有任何限制的升温动力学，跑几小步大概率会报错，把报错的最后一帧放进VMD里一看，大概率能找到“飞”出去的原子或者化学键，更正即可。

leixiaocui · 发表于 Post on yesterday 10:53

tomwong4253 发表于 2022-1-28 13:01
能量最小化最多5000步足矣，而且一般我都没限制过什么，直接放开让程序优化就算了。报这个错误有很大几率是 ...

您好，按这种方法测试若正常跑完（我设定了2000步）是不是说明我的结构还处于正常范围，我是不是可以忽视最小化的报错，继续跑MD呢？冒昧打扰，不好意思！

student0618 · 发表于 Post on yesterday 18:18

leixiaocui 发表于 2026-4-17 10:53
您好，按这种方法测试若正常跑完（我设定了2000步）是不是说明我的结构还处于正常范围，我是不是可以忽视 ...

检查结构及拓朴，没问题先跑短的轨迹看看

Huschein · 发表于 Post on 9 hour ago

无关紧要优化的差不多就行了直接跑MD

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[Amber] 求助：用Amber18做蛋白质小分子体系最小化的时候报REPEATED LINMIN FAILURE错误

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