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楼主 Author: sobereva
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[ORCA] 使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

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发表于 Post on 2020-12-31 12:52:46 | 只看该作者 Only view this author
l老师,您好,保存每一步的gbw 文件,请问如何用Multiwfn进行电荷转移分析?

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发表于 Post on 2020-12-31 16:48:15 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问如果在ReaxFF下模拟了分子的热解离 但是感觉和实验符合不太好 我是否可以尝试AIMD去试试
和ReaxFF相比 AIMD的结果会有定性的变化吗?
问题比较蠢忘社长见谅

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 00:08:21 | 只看该作者 Only view this author
TDHFjiang 发表于 2020-12-31 12:52
l老师,您好,保存每一步的gbw 文件,请问如何用Multiwfn进行电荷转移分析?

写脚本批量计算批量提取。例如



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 00:08:44 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-12-31 16:48
卢老师 请问如果在ReaxFF下模拟了分子的热解离 但是感觉和实验符合不太好 我是否可以尝试AIMD去试试
和Rea ...


很有可能会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-1-5 11:12:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-29 11:10
最终要算什么温度,热浴参考温度就设多少。

产生初速度对应的温度不要设得太高,对常温产生初速度还好 ...

老师,我将这两种温度设得不一样,但MD也跑完了,这种情况没事吧
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 13:12:18 | 只看该作者 Only view this author
alonewolfyang 发表于 2021-1-5 11:12
老师,我将这两种温度设得不一样,但MD也跑完了,这种情况没事吧

没事
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发表于 Post on 2021-1-5 13:51:24 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师
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发表于 Post on 2021-1-25 10:35:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-29 11:10
最终要算什么温度,热浴参考温度就设多少。

产生初速度对应的温度不要设得太高,对常温产生初速度还好 ...

请问如何退火?我想从室温升至3000K,需要写脚本吗?

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发表于 Post on 2021-1-26 14:43:34 | 只看该作者 Only view this author
社长,我没记错的话Gaussian的AIMD从过渡态结构开始跑可以用VENUS 96根据过渡态的振动模式计算起始速度。请问同样的方式容易在ORCA中实现吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-26 19:20:39 | 只看该作者 Only view this author
量化小菜鸡 发表于 2021-1-26 14:43
社长,我没记错的话Gaussian的AIMD从过渡态结构开始跑可以用VENUS 96根据过渡态的振动模式计算起始速度。请 ...

ORCA也可以自己在mdrestart文件里设初速度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-26 19:21:53 | 只看该作者 Only view this author
fineren 发表于 2021-1-25 10:35
请问如何退火?我想从室温升至3000K,需要写脚本吗?

ORCA的MD部分手册里搜ramp
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sobereva 发表于 2021-1-26 19:21
ORCA的MD部分手册里搜ramp

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发表于 Post on 2021-2-4 12:58:03 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想请教一下:我用xtb跑了您这篇文章里的例子,我用gaussview构建了这个复合物,然后用xtb跑omd,发现它在进行分子动力学模拟前的优化中NH3向带正电的[Al(H2O)6]3+逐渐靠近,水上的一个质子转移到了氨气分子上,然后其生成的md轨迹文件是NH4+逐渐远离[Al(H2O)5(OH)]2+;而后我用xtb仅仅只对复合物做优化,发现其优化轨迹跟这篇文章过程相似;但是如果我用xtb对这个复合物不做优化,仅仅只做md的话,生成的轨迹文件是NH3一直在带正电的[Al(H2O)6]3+附近跑动,xtb的md是不能模拟这种质子转移的现象吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-4 15:55:18 | 只看该作者 Only view this author
CYQ@ 发表于 2021-2-4 12:58
sob老师,我想请教一下:我用xtb跑了您这篇文章里的例子,我用gaussview构建了这个复合物,然后用xtb跑omd, ...

xtb可以(除非你用的GFN-FF)
我怀疑你可能没关闭xtb在MD中默认用的SHAKE约束算法,这会导致化学键键长始终固定不变
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发表于 Post on 2021-2-4 22:39:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-4 15:55
xtb可以(除非你用的GFN-FF)
我怀疑你可能没关闭xtb在MD中默认用的SHAKE约束算法,这会导致化学键键长 ...

谢谢sob老师

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