使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-3 15:33:26

胡说发表于 2022-7-3 07:00
老师你好，ORCA 5.0.3试了wB97M-V和wB97X-V这两普通泛函，虽然会进入算梯度模块，但直接一开始就报错（cann ...

贴出完整输入输出文件

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-4 01:16:52

胡说发表于 2022-7-3 14:00
老师你好，ORCA 5.0.3试了wB97M-V和wB97X-V这两普通泛函，虽然会进入算梯度模块，但直接一开始就报错（cann ...

本来就没必要用这俩泛函做AIMD

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-7 10:48:23

wzkchem5 发表于 2022-7-3 15:33
贴出完整输入输出文件

老师好，输入输出见附件。我发现这两个泛函和其它泛函不一样，它们在算梯度的时候会创建一个scfgrad.inp的文件，但其它泛函是没有的。

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-7 10:49:56

sobereva 发表于 2022-7-4 01:16
本来就没必要用这俩泛函做AIMD

是的，仅测试下，发现耗时比双杂化还高，可能是体系较难收敛。

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-7 10:53:44

另外, 请教一个关于速度初始化的问题：为什么第0步log里算出来的温度，不是输入文initvel设定的温度，而是要小得多，如下图：

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-7-7 11:12:17

请问sob老师，H+转移的动图是什么软件做出来的？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-7 14:51:45

胡说发表于 2022-7-7 03:48
老师好，输入输出见附件。我发现这两个泛函和其它泛函不一样，它们在算梯度的时候会创建一个scfgrad.inp ...

看起来似乎是orca的bug，我有空看一下具体是怎么回事。
scfgrad.inp所有泛函都会产生，但是算完梯度以后会删掉。所以当且仅当梯度计算报错的时候会看到这个文件存留下来

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-7 15:34:07

胡说发表于 2022-7-7 03:48
老师好，输入输出见附件。我发现这两个泛函和其它泛函不一样，它们在算梯度的时候会创建一个scfgrad.inp ...

找到原因了。
像wB97M-V这种带VV10项的泛函，有两种计算方式：只对wB97M部分做SCF，最后算一个V的单点加到wB97M结果上（关键词叫做NL），以及对wB97M-V整体做SCF（关键词叫做SCNL）。NL比较快但是没有解析梯度；SCNL更慢，精度稍微高一点，有解析梯度。
程序本来的设计是，对于单点任务默认用NL，对于用到梯度的任务默认用SCNL。但是程序没考虑到MD也需要梯度，所以对于MD没有开SCNL，导致报错。所以解决方法是在!开头的那一行加一个关键词SCNL就行了。
下一版orca会把这个地方改过来，到时候即使不手动加SCNL，程序也能正确处理。不过正如sob老师所说，带VV10项的泛函跑AIMD性价比不好，建议改用相应的DFT-D3版本，快很多，精度基本不变。

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-7 16:53:48

wzkchem5 发表于 2022-7-7 15:34
找到原因了。
像wB97M-V这种带VV10项的泛函，有两种计算方式：只对wB97M部分做SCF，最后算一个V的单点加 ...

原来如此，多谢老师。
确实它们效率比wb97x-d3慢了一倍还要多，太不划算了。

另外，我用同样的体系也测试了双杂化泛函b2plyp,dsd-pbep86,wb97x-2。发现只有b2plyp跑出来的轨迹是合理的，也和wb97x-d3一致，其它两个泛函的结果很不合理，虽然梯度是有正常算的，体系位置却没什么大变化，这很奇怪，不知道是泛函本身如此，还是程序问题。我附上了相应的输入输出，老师如果有空的话，也可以看下怎么回事。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-7 17:37:33

胡说发表于 2022-7-7 09:53
原来如此，多谢老师。
确实它们效率比wb97x-d3慢了一倍还要多，太不划算了。

可能只是另外两个泛函级别下势垒稍微高一点，导致跑MD的时间尺度下观察不到变化。势垒高1kcal/mol，速率要慢5倍左右，所以在跑MD时长不变的情况下，势垒稍微高一点就会让一个本来能看到的反应变成不反应。

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-7 21:30:15

wzkchem5 发表于 2022-7-7 17:37
可能只是另外两个泛函级别下势垒稍微高一点，导致跑MD的时间尺度下观察不到变化。势垒高1kcal/mol，速率 ...

这倒有可能，我设的温度比较低，可能没跑过去。谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-8 05:19:51

yaoyuan0711 发表于 2022-7-7 11:12
请问sob老师，H+转移的动图是什么软件做出来的？

VMD的movie maker导出每一帧的图像文件，然后ffmpeg合并成动画
图省事直接用oCam在VMD播放过程中录屏也可以

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-7-8 08:27:23

sobereva 发表于 2022-7-8 05:19
VMD的movie maker导出每一帧的图像文件，然后ffmpeg合并成动画
图省事直接用oCam在VMD播放过程中录屏也 ...

谢谢老师！

胡说 · 发表于 Post on 2022-7-19 15:05:12

胡说发表于 2022-7-7 10:53
另外, 请教一个关于速度初始化的问题：为什么第0步log里算出来的温度，不是输入文initvel设定的温度，而是 ...

发现去掉CenterCOM这个关键词那么第0步的Temp就等于Initvel指定的温度。如果加CenterCOM这个关键词，那么第0步动能对应的温度就小于指定的温度。
照理说既然在initvel阶段已经remove了COM的速度，然后再scale到对应的温度，那么加了CenterCOM为什么还会对第0步的速度有影响呢。CenterCOM不应该是对跑起来后才会有作用吗？感觉难以理解。

halouhapily · 发表于 Post on 2022-8-26 10:45:40

老师，orca可以用混合基组吗？应该如何表示呢？
在orca支持镧系离子用Stuttgart赝势吗

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