求助：gmx把蛋白放在正中央后蛋白不在正中央

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-12-15 11:13:36

gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -c -bt dodecahedron -d 1.0

gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

各位老师好，这个是我的代码，我之前没有加-c的时候蛋白没有在正中央，但是加上-c后还是不在正中央，而且无论是单蛋白还是复合体都不在，我想问一下各位老师这个是什么原因呢？谢谢老师~

BabysBreath · 发表于 Post on 2020-12-15 11:21:42

不好意思这个问题解决了，是盒子的问题，把盒子改成cubic就好了，抱歉打扰各位老师时间了~谢谢老师们~

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[GROMACS] 求助：gmx把蛋白放在正中央后蛋白不在正中央

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