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[GROMACS] gmx有啥比较推荐的版本或不推荐的版本么?

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本帖最后由 bobosiji 于 2020-12-21 20:16 编辑

先问有没有不推荐的版本;比如,有些版本bug比较多?
然后有比较推荐的版本么(CPU, GPU都请推荐~)?
以前的感觉是4.6.5用的人多。gmx5的文章“GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers”
里的版本是5.0.5。现在gmx201x 2020的各种版本更是眼花缭乱。
另外,gmx的小版本,比如5.0和5.1;2018.4和2018.8的差别应该很小,一般可以忽略的吧?
多谢提点~

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发表于 Post on 2020-12-21 20:56:10 | 只看该作者 Only view this author
2018.4 周期扰动法算黏度的代码有bug,用2018.8就没问题

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发表于 Post on 2020-12-22 02:28:00 | 只看该作者 Only view this author
如果因为旧习,习惯用4.x版本,就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了,不要用

gmx 2018.8是个经典版本,没啥明显问题,之后几届北京科音分子动力学与GROMACS培训班我会一直用这个。2018.4最坑的就是周期扰动法那个问题,用2018.4培训的时候有多个学员报告重复不出来我用以前版本跑的结果。

2019讨厌之处是从此去掉了GB模型

2020讨厌之处是对gcc版本要求提升了,导致CentOS 7.x下没法直接编译

如果追求GPU加速性能的话,尽量用最新版本。如果这不是重点,在我来看用2018.8就好,之后的改进都没太大实际意义。

小版本之间的差异你可以看官网上的release note,觉得和自己关系不大就不用管。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-22 09:49:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:28
如果因为旧习,习惯用4.x版本,就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了,不要用

多谢sob老师提点~您的意思,gmx 5.x还不如4.x版本?

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发表于 Post on 2020-12-23 03:33:12 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-12-22 09:49
多谢sob老师提点~您的意思,gmx 5.x还不如4.x版本?

不是
5.x比起4.x,在用法、程序规则上改变巨大,造成老用户不适。有些长者可能就是愿意坚守4.x。
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发表于 Post on 2023-2-22 16:19:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:28
如果因为旧习,习惯用4.x版本,就用4系列最后一个版本就好

5.x已经过时了,不要用

请问老师,那2022和2023版本的呢,有什么大的改进或者bug不建议用的吗

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发表于 Post on 2023-2-23 04:03:55 | 只看该作者 Only view this author
qingqingdong 发表于 2023-2-22 16:19
请问老师,那2022和2023版本的呢,有什么大的改进或者bug不建议用的吗

每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么(除了GPU加速效率一直在提升外),反倒一些有用的特性给去掉了
每个大版本编号靠后的修订版都没什么bug。2023太新,目前不建议用
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发表于 Post on 2023-2-23 09:08:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-23 04:03
每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么(除了GPU加速效 ...

明白了。谢谢回复!

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发表于 Post on 2023-2-23 11:06:21 | 只看该作者 Only view this author
如果不用炼金术和QM/MM强烈建议2021.6,稳定可靠

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发表于 Post on 2023-10-20 19:16:00 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-2-23 11:06
如果不用炼金术和QM/MM强烈建议2021.6,稳定可靠

请问老师如果就需要炼金术来算FEP呢,哪个版本会快点呢?目前用的2019.6,gpu使用的情况下5w个原子一天只能跑40ns左右

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发表于 Post on 2024-3-7 20:20:50 | 只看该作者 Only view this author
ldx022 发表于 2023-10-20 19:16
请问老师如果就需要炼金术来算FEP呢,哪个版本会快点呢?目前用的2019.6,gpu使用的情况下5w个原子一天只 ...

你好,我目前也是在用gromacs2019.6计算炼金术自由能,发现更高版本的使用会出现问题,具体在couple-intramol= no时就会发生错误,但是couple-intramol=yes就可以跑

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发表于 Post on 2025-1-7 14:59:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-23 04:03
每个版本相对于上一个版本的改进去看官网上的release note
2016及以后很大的改进没什么(除了GPU加速效 ...

sob老师,请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢,我现在还在用2019.3,准备购机装一下新的版本了。

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发表于 Post on 2025-1-8 03:20:59 | 只看该作者 Only view this author
youknowdcf 发表于 2025-1-7 14:59
sob老师,请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢,我现在还在用2019.3,准备购机装一下新的版本了。

2023最后一个版本

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发表于 Post on 2025-4-13 17:34:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问现在推荐使用的gromacs版本是什么呢?2024.5怎么样呢

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