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楼主 Author: 那年·时光飞
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[新手求助] 求关于oniom计算IRC的输入文件

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发表于 Post on 2015-11-18 03:36:42 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-17 17:33
@sobereva 老师,我计算L层的电荷用的b3pw91/6-31g(d,p)的方法计算的,用低水平UFF方法计算出来没有电荷, ...


你的思路还很混乱。
量化计算时,写了pop=chelpg,输出文件里Charges from ESP fit后面的就是当前体系每个原子的CHELPG电荷。
UFF是分子力学计算,你写pop=chelpg完全没有意义。搞明白拟合静电势电荷的原理自然就会明白这点。

都不知道你说的“看出来我没有指定电荷的”是指什么。
分子力学计算的时候,无论是你单独用分子力学计算,还是ONIOM里涉及分子力学计算,你不对原子定义电荷,也不用诸如UFF=QEq来自动对分子力学计算时使用QEq方法算的原子电荷,则分子力学计算时原子电荷就都是0。此时你ONIOM计算的时候就完全表现不出MM区域那部分的原子对QM区域的极化作用。

搞不明白就干脆别用ONIOM
不要高估ONIOM的实际价值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-18 17:09:00 | 只看该作者 Only view this author
planet5460 发表于 2015-11-12 19:32
群主说的是的,你这个分层意义不大,还是再考察下吧,体系也不大

你好,非常感谢您的回复,您能不能帮我看看我的过渡态的一个输入文件,我不知道该怎么指定电荷,我的L层和H层都是中性的,不带电荷

HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91.gjf

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发表于 Post on 2015-11-18 23:14:27 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-11-18 17:09
你好,非常感谢您的回复,您能不能帮我看看我的过渡态的一个输入文件,我不知道该怎么指定电荷,我的L层 ...

格式在手册里都写了,诸如
N-N_R--0.3代表给这个原子电荷设成-0.3
看手册分子力学部分的说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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