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[ORCA] 提取orca计算文件中SOC数据的python脚本

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发表于 Post on 2020-12-25 14:59:49 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 tiandikuoyuan 于 2021-2-6 11:12 编辑

更新:谢谢@Novice 提醒,一直用的博文《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱》中提到的“单重态与各个三重态间的SOC算符的x,y,z三个分量对应的旋轨耦合矩阵元”做的计算;因此重新修改了脚本,现在[url=]orca-soc2.py[/url] 是使用“单重态与各个三重态的三个子态间的总旋轨耦合矩阵元”计算得到总的SOC。
使用orca计算完旋轨耦合矩阵元之后,需要汇总SOC数值,之前都是复制到excel中手动分列再计算;数据多了之后发现这样太麻烦了,因此借鉴论坛里面的一些脚本,写了个python脚本进行计算SOC并输出到文件,数据和手动计算的结果一样。第一次自己写脚本处理数据,可能写的不太好,希望大家指点一下。本来想把数据重排成和pysoc结果一样单线态在前,奈何水平有限。
用法:下载py文件,运行脚本会自动读取当前文件夹中的所有out文件(根据需求可以修改),会输出两个文件:一个是计算好的SOC文件,第一和二列分别是三线态和单线态序号,第三列是SOC值;第二个文件是提取出来的原始CALCULATED SOCME BETWEEN TRIPLETS AND SINGLETS数据。


orca-soc.py

1.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 34

orca-soc2.py

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发表于 Post on 2020-12-26 13:06:30 | 显示全部楼层 Show all
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发表于 Post on 2021-2-3 13:29:11 | 显示全部楼层 Show all
楼主,我用完之后发现,你输出错了,你输出的为SOC计算的第一个表格“各个单重态与各个三重态间的SOC算符的x,y,z三个分量对应的旋轨耦合矩阵元”,而不是第二个表格“各个单重态与各个三重态的三个子态间的总旋轨耦合矩阵元”。详见 http://sobereva.com/462
使用的同志也请注意。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-6 11:01:12 | 显示全部楼层 Show all
Novice 发表于 2021-2-3 13:29
楼主,我用完之后发现,你输出错了,你输出的为SOC计算的第一个表格“各个单重态与各个三重态间的SOC算符的 ...

非常感谢提醒,我一直是用的第一个;对比了一下这两个表格得到的SOC值不是完全一样的,可能是精度不够。
已经重新修改了一下脚本。 orca-soc.py (1.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

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发表于 Post on 2021-2-6 11:14:42 | 显示全部楼层 Show all
tiandikuoyuan 发表于 2021-2-6 11:01
非常感谢提醒,我一直是用的第一个;对比了一下这两个表格得到的SOC值不是完全一样的,可能是精度不 ...

帖子正文部分建议更新一下附件
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发表于 Post on 2021-4-11 15:04:53 | 显示全部楼层 Show all
老师您好,有一个问题就是一旦我使用了D3矫正后,这个脚本就不起作用了,这是为什么?看了脚本内容,不应该呀
I AM an Amphibious Warrior.

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发表于 Post on 2021-8-23 22:37:13 | 显示全部楼层 Show all
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计算化学路人甲

发表于 Post on 2022-5-24 14:48:26 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Novice 于 2022-5-24 15:10 编辑

1. 对作者原来的代码进行了部分优化,使得速度更快;
2. 不再输出原始的SOC列表信息(可通过去掉"newname1"行和“输出原始SOC列表信息”部分前面的#恢复);
3. 增加输出了跃迁列表信息;
4. 作者源代码中时间单位并非秒,进行了改正;
5. 对计算出的SOC数值格式化保留小数点后四位,并增加了表头;
6. 产生的新文件后缀改为.txt,以容易区分和避免部分麻烦。

orca-soc-2205.py

2.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 21

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