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[GROMACS] 写了一个class I 力场的data文件转itp文件的脚本

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Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2020-12-25 16:33:15 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
  脚本如附件所示,主要用于由msi2lmp生成的data文件转化为itp文件。

data2itp.zip

288.04 KB, 阅读权限: 20, 下载次数 Times of downloads: 42

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信息不灭,熵永增

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Level 5 (御坂)

小白

发表于 Post on 2020-12-25 19:52:00 | 显示全部楼层 Show all
cool,学习一下
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-26 19:04:35 | 显示全部楼层 Show all

hhhhhhh![手动抱拳]
信息不灭,熵永增

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 15:04:45 | 显示全部楼层 Show all
做了一点小改进,改进如下:
1. 新增了对二面角和异常二面角的设置
2. 考虑到力场类型和原子名称的差异,将两项分开。
3. 争对电荷的分配写了两种版本,第一种为原子数不多的小分子,整个体系对应一个电荷的列表,第二种为原子数较多的高分子或其他大分子,电荷分配随力场类型分配。

type 2 data2itp_charge.zip

272.39 KB, 阅读权限: 20, 下载次数 Times of downloads: 26

type1 data2itp.zip

373.76 KB, 阅读权限: 20, 下载次数 Times of downloads: 31

信息不灭,熵永增

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