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[GROMACS] obgmx离线程序及其安装使用简介

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发表于 Post on 2020-12-26 15:46:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 tjuptz 于 2020-12-27 21:11 编辑

在社长推荐的gromacs拓扑生成工具中,用来生成近似UFF力场参数的拓扑的在线工具OBGMX因某些原因已经无法使用了。在一个学术交流群里得知,可以通过邮件向作者索要Linux二进制程序、离线使用,现分享到论坛。因是非开发者分享,所以特别提醒使用该工具的同仁记得在论文中引用:G. Garberoglio. OBGMX: a web-based generator of GROMACS topologies for molecular and periodic systems using the Universal Force Field. J. Comput. Chem. 33 (2012), 2204-2208
http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23049


该工具依赖openbabel,http://sobereva.com/440里提供了安装方法。并且根据该文件包内容记载,最好是2.3.2版本。该工具是在Ubuntu下编译,经测试在centos7.6下正常使用。安装方法如下:
  1. yum -y install openbabel 2.3.2
  2. tar -xjf obgmx.tar.bz2
  3. mkdir /usr/local/ob-gg-232
  4. mv ./share /usr/local/ob-gg-232
复制代码
记得把share文件夹放到那个路径,之后可以在obgmx文件所在目录通过./obgmx命令获得usage
  1. Usage: ./obgmx [options] <filename>

  2. options:      description:

  3.   -h          add hydrogens before calculating energy
  4.   -d          include debug statements
  5.   -LB         use Lorentz-Berthelot mixing rule [def. geometric]
  6.   -14 mult    1-4 multiplication parameter [def. 1.0]
  7.   -H          use harmonic form for angle potential [def. cosine]
  8.   -G idx      use geometrical data. An OR of:
  9.               1: bond lengths
  10.               2: angles
  11.               4: dihedral
复制代码
简单测试了下,xyz mol2都可以处理的。
obgmx.tar.bz2 (2.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 280)

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发表于 Post on 2020-12-26 17:39:23 | 显示全部楼层 Show all
我已在下文中提及了此帖
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-2-24 20:31:38 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 IamHK 于 2021-2-24 20:33 编辑

老师,您好,我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文,但是产生的拓扑文件中有些参数和分子构型不一样,图一是我需要生成top文件的结构图
D:\Desktop\structure1.png
但是产生的top文件中键角和二面角数据都和实际结构有出入

[ angles ]
; G96 (cosine) angles
; found 6 unique angle terms
; [0]    H_     C_3    H_        109.4700  344.8961
; [1]    Si3    C_3    H_        109.4700  413.0617
; [2]    C_3    Si3    C_3       109.4700  521.9070
; [3]    C_3    Si3    O_3_z     109.4700  780.5876
; [4]    O_3_z  Si3    O_3_z     109.4700 1218.5093
; [5]    Si3    O_3_z  Si3       146.0000 1790.3872
3      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
3      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
2      1      3       2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
10     1      64      2   109.4700   780.5876 ; O_3_z  Si3    C_3   type 3
2      1      10      2   109.4700   780.5876 ; C_3    Si3    O_3_z type 3
2      1      64      2   109.4700   521.9070 ; C_3    Si3    C_3   type 2
1      2      5       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      6       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
1      2      4       2   109.4700   413.0617 ; Si3    C_3    H_    type 1
5      2      6       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0
4      2      5       2   109.4700   344.8961 ; H_     C_3    H_    type 0

键角中,红色部分显示的角度为146,但是优化好结构的角度是154

[ dihedrals ]
; proper torsion terms
; found 2 unique dihedral terms
; [0] Si3    O_3_z  Si3    C_3         2.0000     0.0000    1.0922
; [1] H_     C_3    Si3    O_3_z       3.0000     0.0000    0.3748
28     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
28     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
26     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
26     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
27     23     21     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     20      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
27     23     21     24      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
34     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     40      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1
34     32     25     33      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    C_3    type 1
36     32     25     22      1     0.0000     0.3748  3 ; H_     C_3    Si3    O_3_z  type 1

例如top文件中28     23     21     22原子二面角显示为0,但结构图中为56.
没有弄明白为什么出现较大差别,还请老师指教。谢谢!
structure1.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-26 07:52:03 | 显示全部楼层 Show all
IamHK 发表于 2021-2-24 20:31
老师,您好,我按照您的方法成功的安装了obgmx,并生成了分子的拓扑文,但是产生的拓扑文件中有些参数和分子 ...

这些参数是uff力场内置的,可能就是不适合你的体系

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发表于 Post on 2021-4-10 22:59:59 | 显示全部楼层 Show all
请问centos7中yum安装openbabel后,为什么运行obgmx会报错

*** Open Babel Error  in Convert
  input or output stream not set

不过已生成ffout、itp、top文件,openbabel调用失败会影响结构和力场文件的生成么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-10 23:27:34 | 显示全部楼层 Show all
你研究一下这个报错代表什么吧,具体我不太清楚你的情况。结构文件用你自己原来的就行,需要检查下itp里的键连

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发表于 Post on 2021-4-22 09:26:55 | 显示全部楼层 Show all
老师您好,现在OBGMX的离线版安装之后,它的输入文件类型是什么呢?mol2、pdb等结构文件都无法输出

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-22 09:29:49 | 显示全部楼层 Show all
Paco 发表于 2021-4-22 09:26
老师您好,现在OBGMX的离线版安装之后,它的输入文件类型是什么呢?mol2、pdb等结构文件都无法输出

我试过xyz mol2可以,你确保你的openbabel装好了

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发表于 Post on 2021-4-22 14:38:17 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2021-4-22 09:29
我试过xyz mol2可以,你确保你的openbabel装好了

好的,谢谢

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发表于 Post on 2021-6-17 18:08:28 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-17 18:11 编辑

老师,您好,我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题,输入代码后没有正常进行,想请教一下老师,是哪里出现了问题,我应该采取什么办法进行解决?辛苦老师
图片1.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 18:57:35 | 显示全部楼层 Show all
xxzj 发表于 2021-6-17 18:08
老师,您好,我在进行obgmx安装时遇到了图片中的问题,输入代码后没有正常进行,想请教一下老师,是哪里出 ...

看起来是压缩包不在这个路径

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发表于 Post on 2021-6-18 20:32:40 | 显示全部楼层 Show all
老师,我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0,想请问老师,这项的值可以从哪里获取进行添加,谢谢老师啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 17:28:26 | 显示全部楼层 Show all
xxzj 发表于 2021-6-18 20:32
老师,我使用UFF力场获得的itp文件中charge项全都是0,想请问老师,这项的值可以从哪里获取进行添加,谢谢 ...

如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷,固体的话我不太清楚,可能得用第一性原理的计算然后拟合

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发表于 Post on 2021-6-19 18:18:13 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2021-6-19 17:28
如果是分子的话可以用http://sobereva.com/476提到的方法计算RESP电荷,固体的话我不太清楚,可能得用第 ...

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-22 08:24:03 | 显示全部楼层 Show all
老师,请问使用该工具如何获得使用UFF力场后的分子结构文件呢,比如pdb, xyz等可以使用gaussview或者VMD打开直接看到结构的那种,因为生成了obgmx.ffout用这些软件无法打开,我想直接进行分子结构的比较,所以想请问老师如何实现?辛苦老师了

本版积分规则 Credits rule

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