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楼主 Author: 暖玉生烟
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[新手求助] 求关于高斯计算具体键的键能的方法

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发表于 Post on 2017-9-7 10:32:39 | 只看该作者 Only view this author
那我取优化后的整体结构,然后片段选取的也是优化后的整体结构片段的能量,这个步骤应该对吧,sob老师,我看你之前说的是整体的单点能减去片段的,所以就这样算克。

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发表于 Post on 2017-9-13 19:58:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那在这里分别opt,复制的片段是输入文件的呢还是输出文件的呢?

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发表于 Post on 2017-9-14 06:15:06 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-13 19:58
sob老师,那在这里分别opt,复制的片段是输入文件的呢还是输出文件的呢?

皆可
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发表于 Post on 2017-9-14 14:41:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那我的一个原子作为片段应该用哪个能量呢,一个原子就不需要优化的

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发表于 Post on 2017-9-14 15:11:53 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-14 14:41
sob老师,那我的一个原子作为片段应该用哪个能量呢,一个原子就不需要优化的


一个原子如果要热力学数据,直接freq就完了(实际上,如果要焓的热校正量,都不用做freq,手算5/2*RT就是)
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发表于 Post on 2017-9-14 15:55:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,那我把一个体系分成两半,另一半比如是铅离子连一个水没法优化呢,不符合常理的结构,铅离子不至少 是二配位,你说这种情况怎么办?

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发表于 Post on 2017-9-14 17:26:41 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-14 15:55
老师,那我把一个体系分成两半,另一半比如是铅离子连一个水没法优化呢,不符合常理的结构,铅离子不至少  ...

照样可以优化
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发表于 Post on 2017-9-15 18:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那把一个结构整体优化完,有的键断裂了,我也知道是否成键与高斯无关,那优化完正好计算的那个键没显示,那还能说计算键能吗?都不确定是否形成化学键了。

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发表于 Post on 2017-9-15 22:15:06 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-15 18:41
sob老师,那把一个结构整体优化完,有的键断裂了,我也知道是否成键与高斯无关,那优化完正好计算的那个键 ...

用Multiwfn计算键级来判断。有些情况虽然默认几何关系判断不出成键,但实际上是明显有成键作用的
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发表于 Post on 2017-9-18 19:25:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,那我计算BDE的时候分成两个片段,分别提交任务,另一个片段的坐标粘贴的是整体结构的一部分,但是无法收敛,,错误一直是L999,改了maxcycle。我感觉初始结构有问题,那这样这还能计算吗,片段的坐标就是固定的呢?

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发表于 Post on 2017-9-18 19:37:32 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-18 19:25
sob老师,那我计算BDE的时候分成两个片段,分别提交任务,另一个片段的坐标粘贴的是整体结构的一部分,但是 ...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
加大maxcyc是最糟糕的做法
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发表于 Post on 2017-9-18 20:06:25 | 只看该作者 Only view this author
老师, 那比如配合物体系,一个金属离子和一个小分子成配位键我把他们分开计算电荷分别设置为0,2,这样出来根据你说的片段的焓减去整体的焓,那还需要BSSE能量校正嘛?

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发表于 Post on 2017-9-18 21:34:14 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-18 20:06
老师, 那比如配合物体系,一个金属离子和一个小分子成配位键我把他们分开计算电荷分别设置为0,2,这样出来 ...

不是弱相互作用就不要想着BSSE
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发表于 Post on 2017-9-28 17:35:47 | 只看该作者 Only view this author
老师,那如果原子多了能不能直接算单点能乘上2.5RT就行呢,这是不是就是频率,那还有算的必要吗?

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发表于 Post on 2017-9-29 00:20:50 | 只看该作者 Only view this author
曼竹w 发表于 2017-9-28 17:35
老师,那如果原子多了能不能直接算单点能乘上2.5RT就行呢,这是不是就是频率,那还有算的必要吗?


单点能乘上2.5RT根本什么都不是
5/2*RT那是单个原子/离子的平动对应的焓的热校正量
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