求助多肽链与链之间的质心距离

随风 · 发表于 Post on 2020-12-28 15:43:06

各位老师好，我的多肽是一个4聚体模型，我想求一下1链与2链，2链与3链，3链与4链之间的距离，在 gromacs中有具体的命令吗？我搜到的基本都是残基和残基之间的距离，没有早到链与链之间的距离。我参考的文献图如下：

谢谢各位老师了

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-29 11:42:55

残基间的距离：
gmx distance -select 'com of resid 1 plus com of resid 20' ...略
你把里面的选择关键词resid改成选择链的chain就完了。或者com of后头用比如resnr 1 to 5代表选择1~5号残基，利用残基序号范围你也可以选择不同的链

xxzj · 发表于 Post on 2022-10-13 00:05:47

本帖最后由 xxzj 于 2022-10-13 00:07 编辑

sobereva 发表于 2020-12-29 11:42
残基间的距离：
gmx distance -select 'com of resid 1 plus com of resid 20' ...略
你把里面的选择关键 ...

老师，您好，现在有两个分子，正如图片中红色和蓝色分别代表一个小分子，想分别计算图中的三个参数(中心距离，夹角等)。能否通过Multiwfn进行实现呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-13 10:58:22

xxzj 发表于 2022-10-13 00:05
老师，您好，现在有两个分子，正如图片中红色和蓝色分别代表一个小分子，想分别计算图中的三个参数(中心 ...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590（http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助多肽链与链之间的质心距离

分子间夹角和距离

浏览过的版块