计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9278|回复 Reply: 14

[建模与可视化] Molpro可视化方案:mpout2gauout.sh脚本

[复制链接 Copy URL]

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2020-12-28 22:16:49 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Freeman 于 2021-1-13 20:58 编辑

2021.1.13 更新

新消息!Molpro现在出了原生的可视化软件gMolpro,详情见http://www.tech-box.com.cn/news/ ... %E5%B8%83!-302.html
该软件目前只支持Linux和Mac系统,所以Windows用户还是建议用mpout2gauout.sh脚本。
话说我刚写完脚本Molpro就把可视化软件出了,这也太巧了嗲。
脚本的一个小bug:请用户自行把脚本最后一行插到倒数第二行和倒数第三行之间。

***********************************************************


本人最近在研究双自由基。双自由基一般用CASPT2方法算单电能甚至优化,但是只有MOLPRO和MOLCAS支持CASPT2,Gaussian不支持。所以如果要用CASPT2优化和振动分析的话,就不能用Gaussview来观看结果。MOLPRO原本有MolproView作为其可视化程序,但用起来比较繁琐;而且最近官网上的MolproView好像已经下架了(sobereva博文《安装和使用molproView》里提供的网址http://www.molpro.net/molproView显示404),官方建议用收费的Chemcraft来看Molpro的输出(https://www.molpro.net/info/links?portal=user&choice=Links,万恶的zbzy相互勾结)。我不想花这笔钱,于是就自己写了个将Molpro优化振动分析输出文件转换成Gaussian输出文件的脚本mpout2gauout.sh,以实现用GaussView观看Molpro的输出。

mpout2gauout.sh
用法:>bash mpout2gauout.sh molpro.out molpro.log
描述:在当前目录下生成Molpro优化和振动分析输出文件对应的Gaussian输出文件,文件名为molpro.gau.log。
注意事项:
(1)解释器为bash,故要将脚本第一行写成自己系统中bash的位置,且要使用bash命令,而非sh命令;
(2)out文件包含频率信息,log文件包含优化每一帧几何结构信息,都是Molpro的输出文件;
(3)out和log文件没有输入顺序,谁先谁后都可以;
(4)如果只有log没有out,就只能看优化几何结构,不能看振动,但是不能只有out没有log;
(5)运行该脚本时,在当前目录下会生成多个临时文件geom001、geom002、geom003、……、GEOM、freq1、freq2、freq3、FREQ,运行完毕后删去,请注意临时文件名不要与其他文件冲突;
局限和潜在bug:
(1)可能无法正确显示考虑对称性的优化任务
该脚本只针对CASPT2做过测试,而CASPT2不考虑对称性,所以该脚本尚且可行。对于考虑对称性的任务,由于标准朝向可能改变,不敢保证脚本读入的最后一帧结构的坐标系是否与原子振动方向对应。
(2)只能显示包括虚频的最小的6个振动模式
GaussView一行只能读取6个振动模式,如果体系的振动模式多于6个,高斯输出文件就必须换行。但是shell语言的文本处理能力实在不咋地,而且频率部分的文本特别复杂,很难做到把Molpro输出文件的频率换行显示成Gaussian输出文件的样子。好在大家看频率无非是看个虚频,所以更大的正频率即使不显示也应该没啥关系。
(3)振动幅度偏小
好像用脚本生成的Gaussian输出文件比原生Gaussian输出文件在GaussView里显示的振动幅度小一些,不知道是我这个体系的特殊情况,还是两个软件默认的振幅单位不同;好在两者总体振动趋势是一致的,就已经能够说明问题了。



本人还写过QUANTUM-Espresso-PWscf可视化方案,见http://bbs.keinsci.com/thread-20166-1-1.html
上面的帖子里有人问为啥不拿免费的iQMol替代GaussView。原因一是我没用过iQMol;原因二是石皮角刀牛版GaussView满天飞,即使没有版权也能悄咪咪下载来用;原因三是Gaussian、GaussView二件套一般是做计算的组标配的,更普及,更方便。

话说自己这半年实际的数据没做出来多少,代码倒是写了几百行了,真是尴尬至极。


mpout2gauout.sh

6.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 50

评分 Rate

参与人数
Participants 7
威望 +1 eV +30 收起 理由
Reason
丁越 + 5 谢谢
王二葛 + 5 GJ!
biogon + 5
ggdh + 5 赞!
朙天儿 + 5 谢谢分享
sobereva + 1
冰释之川 + 5 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

4万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
89888

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2020-12-29 11:27:16 | 显示全部楼层 Show all
现在ORCA也有CASPT2了
BAGEL支持CASPT2解析梯度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-29 14:05:41 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-12-29 11:27
现在ORCA也有CASPT2了
BAGEL支持CASPT2解析梯度

没听过BAGEL。刚去官网看了下,发现BAGEL还支持相对论CASPT2。

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-13 20:40:31 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Freeman 于 2021-1-13 20:58 编辑

新消息!Molpro现在出了原生的可视化软件gMolpro,详情见http://www.tech-box.com.cn/news/ ... %E5%B8%83!-302.html
该软件目前只支持Linux和Mac系统,所以Windows用户还是建议用mpout2gauout.sh脚本。
话说我刚写完脚本Molpro就把可视化软件出了,这也太巧了嗲。

48

帖子

0

威望

464

eV
积分
512

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-9-18 10:54:00 | 显示全部楼层 Show all
有没有molpor的out输出文件数据解读呀?能量和频率

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-18 13:49:23 | 显示全部楼层 Show all
红米饭1234 发表于 2021-9-18 10:54
有没有molpor的out输出文件数据解读呀?能量和频率

这是脚本生成的.gau.log文件,有每一帧的能量信息和最后一帧的频率信息。
2021-09-18 13-47-27屏幕截图.png

597

帖子

20

威望

4151

eV
积分
5148

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2021-9-18 14:09:08 | 显示全部楼层 Show all
molpro的简正模式和gaussian、gamess等程序的简正模式不一样,需要做归一化处理

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
Freeman + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-18 15:39:09 | 显示全部楼层 Show all
beefly 发表于 2021-9-18 14:09
molpro的简正模式和gaussian、gamess等程序的简正模式不一样,需要做归一化处理

原来如此

221

帖子

0

威望

2403

eV
积分
2624

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2021-9-23 12:31:35 | 显示全部楼层 Show all
BAGEL是不是免费的?

2608

帖子

1

威望

5806

eV
积分
8434

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

发表于 Post on 2021-9-23 12:43:32 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-9-23 12:55 编辑
一颗赛艇 发表于 2021-9-23 12:31
BAGEL是不是免费的?

免费开源,github上直接下载
自动做多参考态计算的程序MOKIT

67

帖子

0

威望

779

eV
积分
846

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-11-25 16:09:34 | 显示全部楼层 Show all
202111251607197283..jpg 202111251607137825..jpg 您好我用这个脚本把molpro柔性扫描log文件,转换了一下。用这个脚本不能观看扫描曲线,是为什么呢?

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-25 16:18:18 | 显示全部楼层 Show all
慢半拍的小陈 发表于 2021-11-25 16:09
您好我用这个脚本把molpro柔性扫描log文件,转换了一下。用这个脚本不能观看扫描曲线,是为什么呢?

不好意思,这个脚本只能转换几何优化和振动分析的输出文件,不能转换扫描的。因为现在我没有molpro的版权,所以也没法往里面加功能。抱歉

67

帖子

0

威望

779

eV
积分
846

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2021-11-25 16:20:15 | 显示全部楼层 Show all
Freeman 发表于 2021-11-25 16:18
不好意思,这个脚本只能转换几何优化和振动分析的输出文件,不能转换扫描的。因为现在我没有molpro的版权 ...

好的,非常感谢您回复,那我做优化的时候可以用这个脚本【赞赞赞】。

5

帖子

0

威望

195

eV
积分
200

Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-7-1 14:05:04 | 显示全部楼层 Show all
谢谢 感谢楼主分享

197

帖子

5

威望

1689

eV
积分
1986

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-2 12:19:36 | 显示全部楼层 Show all
@慢半拍的小陈 测试,这个脚本好像不能显示虚频,只能显示实频。因为我现在没有molpro的版权,所以没法修复这个bug。请用这个脚本的朋友们留意一下哈。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-2 23:33 , Processed in 0.201890 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list