求助：共价结合的蛋白和配体可以进行分子动力学模拟吗？

0A0 · 发表于 Post on 2023-4-26 16:08:23

喵星大佬发表于 2023-4-18 18:30
成键参数原来氨基酸部分可以继续用amber，后面的小分子部分gaff，原子的非键参数是一样的，电荷自己拟合r ...

好的，谢谢大佬。我的处理方式是antechamber先用Amber力场，然后parmchk的时候先用对应的amber力场，再用gaff2去获取剩余参数，请问这样可以吗

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-26 17:44:00

成键参数可以，电荷的话可以对局部总电荷做约束获取resp电荷

Mengo · 发表于 Post on 2023-5-25 16:12:43

sobereva 发表于 2022-8-25 09:13
如果你是指蛋白质-配体的，MMPBSA、MMGBSA、TI/FEP

sob老师，请问如果是通过使用非标准残基进行动力学后，不是只有整个复合物的参数么，这样怎么计算MMPB/GBSA呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-26 04:49:01

Mengo 发表于 2023-5-25 16:12
sob老师，请问如果是通过使用非标准残基进行动力学后，不是只有整个复合物的参数么，这样怎么计算MMPB/GB ...

有没有标准残基和能不能做MMPBSA/GBSA没有任何直接关系。原理上，只要能做全原子MD，并且涉及的所有原子类型做GB或PB用的参数都有，就能做

Mengo · 发表于 Post on 2023-6-1 16:22:16

sobereva 发表于 2023-5-26 04:49
有没有标准残基和能不能做MMPBSA/GBSA没有任何直接关系。原理上，只要能做全原子MD，并且涉及的所有原子 ...

sob老师，我没有太懂，我平常amber用的多一点，这样的话要做哪些参数啊，怎么做抑制剂的参数啊（要包含主链么？），感谢sob老师

熊猫黑又白 · 发表于 Post on 2023-12-9 11:10:48

喵星大佬发表于 2023-4-18 18:30
成键参数原来氨基酸部分可以继续用amber，后面的小分子部分gaff，原子的非键参数是一样的，电荷自己拟合r ...

请问老师，如果氨基酸部分用charmm，有机分子部分用cgenff，如何将两部分合并到同一个itp中？

Melody_cxy · 发表于 Post on 2024-1-3 10:39:19

请问老师们，把小分子和共价连接的氨基酸残基看做一个整体构建了力场参数之后，氨基酸残基部分怎么和蛋白骨架连接呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助：共价结合的蛋白和配体可以进行分子动力学模拟吗？