关于ORCA跑AIMD的一些基础性疑问

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-1-27 21:25:23

我最近按照社长的教程用ORCA的B97-3c做了一个简单的AIMD模拟。我模拟的体系是单线态methylene卡宾插入methane的C-H键以及三线态methylene对methane的C-H做abstraction。温度用的是298K，其他都是按照社长的模板来设定的。因为第一次跑AIMD，有一些基础的问题希望大家帮着解答。
（1）methylene的singlet insertion可以直接从traj里观测到，而triplet abstraction并没有出现。我是否能理解在298K下singlet insertion是自发反应并且势垒较低？而triplet pathway不是很可能出现。
（2）如果没记错，ORCA默认的是用NVT。所以跑出来的能量是不是就算内能U？
（3）如果我想得到自由能的信息，ORCA跑AIMD是否能有办法结合PMF？

谢谢大家

biogon · 发表于 Post on 2021-1-27 22:15:40

1 从一条轨迹的结果不能下这样的结论，要跑一定数量以后才能得出这种结论，其实找到过渡态以后算速率就大致知道什么情况了
2 总能是动能和势能的和

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-1-28 06:01:57

biogon 发表于 2021-1-27 22:15
1 从一条轨迹的结果不能下这样的结论，要跑一定数量以后才能得出这种结论，其实找到过渡态以后算速率就大致 ...

谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-28 10:36:45

2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子，不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞，但那是另一码事。

3 ORCA自己的AIMD没这功能。ORCA 5.0预计支持metadynamics，到时候可以做

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-1-28 12:27:39

sobereva 发表于 2021-1-28 10:36
2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子，不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞，但那是另一码事。

3 ...

谢谢社长解答

liyunlu · 发表于 Post on 2022-10-12 20:11:38

sobereva 发表于 2021-1-28 10:36
2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子，不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞，但那是另一码事。

3 ...

Sob老师，我最近按照您的帖子尝试跑AIMD，希望设置压力和温度，比如1atm，298K。您的例子里面已经有温度的设置了，那压力该怎么设置呢，这个能在ORCA里面实现吗，应该怎么设置或者写输入文件呢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-12 21:29:16

liyunlu 发表于 2022-10-12 13:11
Sob老师，我最近按照您的帖子尝试跑AIMD，希望设置压力和温度，比如1atm，298K。您的例子里面已经有温度 ...

orca说明书的MD章节里提到了

liyunlu · 发表于 Post on 2022-10-13 09:06:16

本帖最后由 liyunlu 于 2022-10-13 09:09 编辑

wzkchem5 发表于 2022-10-12 21:29
orca说明书的MD章节里提到了

您说的应该是这部分的吧.我自诩阅读了一下，没有关于压力的设置的关键词，或者与压力相关的单位的说明。不知您能够告诉我一下怎么设置这个，是在限制里面吗，我是个新手

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-13 10:52:31

liyunlu 发表于 2022-10-13 09:06
您说的应该是这部分的吧.我自诩阅读了一下，没有关于压力的设置的关键词，或者与压力相关的单位的说明。 ...

liyunlu · 发表于 Post on 2022-10-13 14:49:13

sobereva 发表于 2022-10-13 10:52

十分收益，谢谢Sob老师！期待高级班！

Ninilol · 发表于 Post on 2023-7-18 16:18:41

sob老师，我最近按照您的帖子尝试跑AIMD，但是我尝试跑了几条，但是每一条每一步产生的xyz都是一样的。是不是orca跑aimd也是像cp2k那样给一个随机种子？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-18 16:31:48

Ninilol 发表于 2023-7-18 09:18
sob老师，我最近按照您的帖子尝试跑AIMD，但是我尝试跑了几条，但是每一条每一步产生的xyz都是一样的。是不 ...

对，有一个randomize关键词，具体参见orca手册。正常来说，在%md里写randomize就够了，程序会取当前系统时间作为种子。
但是假如要往排队系统上投很多MD任务，且刚投的时候任务没有立刻开始运行、而是排上了队的话，可能有几个任务会恰好在相同的时刻排到，同时开始运行，此时这几个任务的随机种子仍然会相同，仍然会跑出相同的轨迹。所以此时需要人工给不同的任务指定不同的随机种子。这个属于orca 5.0的一个设计不尽如人意的地方，orca 6.0会修复（也就是到时候即使批量提交任务，也可以只写randomize关键词而不给随机种子的值）

Ninilol · 发表于 Post on 2023-7-18 16:39:27

wzkchem5 发表于 2023-7-18 16:31
对，有一个randomize关键词，具体参见orca手册。正常来说，在%md里写randomize就够了，程序会取当前系统 ...

明白了，十分感谢老师！

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2024-7-20 21:00:57

我按照sob老师的教程，跑了AIMD，结果三个分子根本不反应，请问您没有加碰撞能之类的东西吗？

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