Intel Parallel Studio 2020.4编译VASP 6.1.2

gog

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原贴在Redhat7.9服务器系统中，使用最新版 VTST-180，准确定位main.F、chain.F 添加或修改代码的行数并编译成功；生成的可执行文件支持OMP计算。

本贴子基于未配置GPU的Intel志强（Xeon）铂金CPU、Redhat-7.9、 GCC-4.8.5、集成磁性材料计算的关键词、NEB插件，给出安装测试报告。具体步骤如下：

1、Intel parallel studio xe 2020.4编译和安装

切换到安装文件夹，输入 sh install_GUI.sh回车，具体组件，根据硬件情况和自己需求勾选，其中 ifort、mkl数学库和mpi并行库为必选项。

加载intel全家桶

source /**/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh intel64

切换到fftw3xf文件夹，编译基于intel的fftw数学库

cd /**/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/interfaces/fftw3xf

make libintel64

2、VASP编译

a.下载VTST脚本

http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/  此为外链。

• 需要将这些文件复制到src目录中：
  
  
  • 因为src目录下存在chain.F，建议先备份chain.F（可选）：
    cp src/chain.F src/chain.F-org
  • 将vtstcode-180目录下文件复制到src下：
    cp vtstcode-180/* src/
    
• 修改src/main.F源码：
  将（第3450行）
  CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
       LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
  变为（注意后两行）：
  CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
        TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
  !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
• 修改编译配置src/.objects，在chain.o前（大概第92、93行）添加如下内容：注意 “\”后不能有空格
  
  bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
  fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
  
  

b.拷贝及修改编译脚本

切换到vasp安装文件夹，查看脚本。

拷贝arch下的intel_omp

cp ./arch/makefile.include.linux_intel_omp ./makefile.include

此贴使用支持omp的脚本编译，如需编译支持GPU的，复制./arch/makefile.include.linux_intel中 # GPU_Staff部分适当修改以匹配GPU型号。

修改makefile.include

计算优化级别

如果步进不算高，就使用默认即可，针对intel CPU， FFLAGS中添加 -heap-arrays 64

OFLAG 默认是 -O2，，步进比较高的CPU（市面步进最高的cpu，有step=7）可尝试到-O3级别，以支持avx2、avx512加速计算。

OBJECTS添加基于intel的级数展开与收敛的傅里叶变换FFTW数学库

OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
             ${MKLROOT}/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

输入 "shift+:" ".x!" 回车保存。

加载intel全家桶，输入which ifort / which mpiifort / which mpirun查看加载是否成功，$MKLROOT 检查MKLROOT路径

接着就是 make，如果之前有编译失败，记得 make veryclean。

最终，成功编译出与VASP5一样的vasp_std、vasp_gam、vasp_ncl(对应STD、GAMMA和NCL三个)。尽管没有进行GPU模块的设置，VASP-6.1依旧会自动尝试编译GPU并报错“cuda error”。

binarec

使用GPU版本的makefile，并且cuda编译环境也没问题，编译vtst版本vasp_gpu仍然报错
经检查，.objects文件里，一共有两个地方可能插入bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \这些文件名列表，其中文中描述的第一个位置（就是93行附近），编译普通版本没问题，编译gpu版本报错，插入在第二个位置（SOURCE_GPU条目下，352行附近）编译就没问题了

QH1995

你好，请问我的编译器安装好之后，在安装vasp时候提示
/usr/include/c++/8/bits/stl_algobase.h(59): catastrophic error: cannot open source file "bits/c++config.h"
  #include <bits/c++config.h>
是什么意思？
求大神指导

gog

QH1995 发表于 2021-2-23 12:44
你好，请问我的编译器安装好之后，在安装vasp时候提示
/usr/include/c++/8/bits/stl_algobase.h(59): cata ...

请问用的哪个linux哪个版本？g++是不是没有安装哦？
检查下，没有就尝试
install gcc-c++

QH1995

gog 发表于 2021-2-23 18:04
请问用的哪个linux哪个版本？g++是不是没有安装哦？
检查下，没有就尝试
install gcc-c++

感谢，找到问题了。我用的是centos8系统，编译器是论坛里的Intel Parallel Studio XE 2019 Update 1 Linux。根据提示原因是c++config.h的路径没有找到，把路径放到环境变量里就行了。
具体方法是：
1. su root  #输入密码（我试过了root不root都行）
2. gedit ~/.bashrc  #打开环境变量
3. export CPLUS_INCLUDE_PATH=“/usr/include/c++/8/i686-redhat-linux:$CPLUS_INCLUDE_PATH"
#这个/usr/include/c++/8/i686-redhat-linux就是放c++config.h的路径，直接在图形界面里搜索一下c++config.h就行。还有就是输入的路径截止到bits/c++config.h之前就行了。

参考：https://blog.csdn.net/weixin_50987648/article/details/109035672

kaypu

感觉低版本的gcc配上高版本的intel编译器，编译出来的vasp计算速度并不是最优的。低版本的gcc4.85（centos7）用2015的intel编译器和intelmpi计算效果比较好。2018或者高版本的intel编译器，最好升级一下gcc，貌似升级到gcc7的版本，计算效果是最好的，并且优于2015intel+gcc4.85版本的。

gog

kaypu 发表于 2021-2-25 09:16
感觉低版本的gcc配上高版本的intel编译器，编译出来的vasp计算速度并不是最优的。低版本的gcc4.85（centos7 ...

可以尝试用 oracle linux。linux内核5点多。默认gcc版本和ubuntu版本中的gcc版本更新节奏一致。

dmh1998dmh

on-the-fly 机器学习力场又鸽了，不知道哪个版本才能发布。