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本帖最后由 lizw@dicp.ac.cn 于 2021-3-15 11:38 编辑
对于附件中的输入文件,1个cpu可以算,两个以上并行就出错,出错信息如下:
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...................................................
: SETUP :
:.................................................:
: # basis functions 1845 :
: # atomic orbitals 1842 :
: # shells 1106 :
: # electrons 2020 :
: max. iterations 250 :
: Hamiltonian GFN2-xTB :
: restarted? false :
: GBSA solvation false :
: PC potential false :
: electronic temp. 300.0000000 K :
: accuracy 1.0000000 :
: -> integral cutoff 0.2500000E+02 :shi
: -> integral neglect 0.1000000E-07 :
: -> SCF convergence 0.1000000E-05 Eh :
: -> wf. convergence 0.1000000E-03 e :
: Broyden damping 0.4000000 :
...................................................
Segmentation fault (core dumped)
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------
我在.bashrc里的设置如下:
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export PATH=$PATH:/home/li/opt/xtb-6.3.3/bin
export XTBPATH=/home/li/opt/xtb-6.3.3/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=2
export MKL_NUM_THREADS=2
ulimit -s unlimited
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通过调节“OMP_NUM_THREADS=2"或提交作业时手动"-P 2"来设置并行。我的内存是16G,运行时查看内存还剩很多,好像并没有溢出。
比它原子数少的体系(比如500个原子)就不会出现这样的问题,请问这是什么原因呢?
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0.xyz
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