求助：mol文件单双建分配批量转换

wuyiyyyy · 发表于 Post on 2021-2-2 10:33:12

本帖最后由 wuyiyyyy 于 2021-2-2 10:35 编辑

各位老师好
目前用gview导出的mol、sdf文件中，如果存在类似苯环的共轭机构，化学键是如下表示的
一般单键为1，双键为2，苯环这种共轭结构的化学键为4
  1  2  1  0  0  0  0
  1 11  1  0  0  0  0
  1 21  1  0  0  0  0
  2  3  4  0  0  0  0
  2  4  4  0  0  0  0
  3  5  4  0  0  0  0

但是想python的rdkit不够智能只能识别单键和双键。
目前用MS的bond calculation功能可以实现转换，chem3D另存为一下也可以转换。
但是对于大批量的结构没有办法批量转换。
请教各位老师有没有什么好的办法。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-2-2 11:19:38

你的分子里最复杂的共轭结构是什么？就是苯环吗？还是说有萘之类的稠环？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-3 05:04:14

先说明你最终想转换成什么样

OpenBabel都能自动把共轭环描述成单双键交替

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