请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第9届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于4月17~20日于北京举办,请点击此链接查看培训详情,欢迎参加和相互转告!

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 5570|回复: 53

[Gaussian/gview] 某机构讲Gaussian的直播,不能直视

  [复制链接]

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2021-2-6 20:29:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
今日看有人在群里发的某机构在bilibili上的讲Gaussian直播的截图,这输入文件真是不堪入目。我用Gaussian 15年来,这是我见过的最糟糕的输入文件之一

Clipboard01.png

完全就是小白教小白。做这直播的人真该好好看看这些再教别人:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

现在网上的很业余的计算化学视频、培训真是太多了,真是什么人都敢给别人讲。
参加过北京科音初级量子化学培训班的人都肯定比这个讲课的人水平高得多得多。视频中讲课的这个人真应该参加一次这个培训班系统性地好好学学量子化学计算该怎么做,修正各种错误认识后再给其他人讲,省得大规模误人子弟。

我不知道上面那个视频是是收费的还是付费的,要是付费的,花了钱还学一大堆错误的东西,那可真是... 讲不出什么干货也就罢了,起码别让新人误入歧途。(PS:这家机构还经常给我邮箱里发培训广告邮件,居然连个退订按钮都没有,作风太差了!讲上面视频课程的人,在这家机构的宣传信息里居然还称为特聘专家,“专家”这头衔还有门槛么?)

本来Gaussian那么一个简单易用的程序,居然把关键词写得让新人觉得超级复杂难用,真是要命,简直是在侮辱Gaussian,Gaussian白设计得对用户那么友好了。

评分

参与人数 10eV +40 收起 理由
muc319 + 3 我很赞同
reddy + 4
谁还不是个孩子 + 5 正解
DZW + 2 正解
YuhangJ + 3 正解
zsu007 + 5 我很赞同
阿di达思 + 5 正解
Novice + 3 GJ!
lonemen + 5 正解
鲁高因 + 5 学习了!

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2021-2-6 21:05:14 | 显示全部楼层
此视频里这个截图几乎所有关键词都是错误,为了让初学者知道这个例子的问题有多么严重,多么害人,这里把所有错误都挨个罗列一下:



写loose会明显降低过渡态优化精度,导致之后算的频率不准确、可能有额外的虚频,很容易造成之后跑IRC失败。此处绝对不应当写loose!

明明都写了genecp,居然还写pseudo=read,完全是多余的。

写noraman对于DFT完全多余,给DFT写noraman完全是自作聪明。前面提的《常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词》里已经明确说了。

写nosym对于当前没有任何实质性意义,什么时候才有必要用见
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html

无数初学者滥用、被我批判无数次的5/13=1我都懒得再次批判了,用这个完全就是对数据的严重不负责任,看《解决SCF不收敛问题的方法》(http://sobereva.com/61)。教新人用5/13=1等于给他们喂毒!

明明opt关键词里有noeigen选项,这么好写的不写,非要写个特抽象的IOp(1/11=1),完全莫名其妙。

写optcyc=500修改几何优化步数上限完全莫名其妙。62个原子体系,Gaussian默认的几何优化步数上限已经绝对足够了,因此没有增加步数上限的必要。如果目的是降低步数上限,写500真是不可思议。我虽然不知道当前体系结构是什么样,但撑死了给150步就已经绝对绝对足够了,如果这么多步还没收敛,肯定已经发生了严重震荡,跑更多步纯粹是白白浪费计算时间。

讲课的人绝对不知道IOp(2/16)到底是真正干嘛的,这IOp(2/16=1) 100%是从其它人的输入文件里直接搬过来的,不求甚解,胡用瞎用。

写int=grid=sg1完全是自取其辱。SG1是比g09默认的int=fine质量都差得多的积分格点,写这个会严重牺牲精度,还可能造成难收敛、出现虚假的虚频等数值问题。而且当前体系区区62个原子,积分格点降那么低作甚。

竟然写gfinput,根本毫无意义,打印基组定义干啥?我见过诸多从别人那里瞎抄关键词的初学者输入文件里老带着这个完全多余的关键词,讲课的明显处于尚未脱菜的水平。

写nofmm刻意关闭FMM数值加速方法没有任何意义。我估计录视频的人根本连FMM是什么都不知道,不知道他从哪里抄来的这个无用的关键词。FMM(快速多极方法)是对较大体系默认用来加速计算的方法,竟然还写了noFMM给关了,完全是自取其辱。

写guess=read、geom=check居然还不用%chk指定从哪个.chk文件里读结构和波函数,难道没有基本Gaussian常识么?

scrf里刻意写solvent=H2O根本就是多余的,默认的溶剂就是水。对于opt freq目的,我不推荐用SMD,这在论坛里已经讨论过多次了,因为相对于默认设置下的IEFPCM,这容易由于数值问题导致出现小虚频、优化难收敛,而且对于opt freq目的没有任何额外益处。

写SCFCyc=800可谓荒诞至极,看《解决SCF不收敛问题的方法》(http://sobereva.com/61)。这不仅不可能解决SCF不收敛问题,还会导致初学者碰到SCF不收敛的时候白浪费巨额时间在无意义的SCF反复震荡上!注:最多最多设250轮(还必须是诸如小核赝势算镧系锕系、过渡金属团簇那种特难搞的情况),绝对不能更多了。

写SCFcon=6降低SCF收敛精度简直是难以理喻,单点降到6无妨,而对于opt freq这种涉及能量导数因而对波函数收敛质量比单点有明显更高要求的任务居然也敢这么写,真是胡来。而且对于g16,这么写在几何优化第一步就报错!因为g16收敛不到默认的SCF=conver=8的情况,涉及到能量导数的任务根本就不给做。

此例子用那么点基组,居然还写仅对于使用带很多弥散函数、4-zeta档次基组时解决SCF不收敛才往往有帮助的novaracc和noincfock,平白无故写这个只会白浪费很多计算时间。

基组用得也全是槽点。就一个过渡金属,居然还用lanl2DZ那么low的赝势基组,应当好好看《谈谈赝势基组的选用》(http://sobereva.com/373)。改成SDD就舒服多了。

用原子序号指定基组也不知道想表达什么意思,假设此例真有必要用混合基组节约时间且不能通过元素符号来指定,居然这里一个一个原子序号往上写,不嫌累死么?明明6-31(d,p)前头写一个2-14、6-31G前头写一个15-62就完事了。而且我估计录视频的人不知道直接就可以在gview里对选定的区域从atom selection界面里复制出来原子序号范围。

对于含过渡金属的体系做opt freq,用B3LYP不是好选择(除非Cu离感兴趣的区域真的很远),见
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html


最后总结一下,整个例子里,关键词部分只需要写这些就够了,其它的一律是多余或有害的: # B3LYP/genecp opt(TS,calcfc,noeigen) freq scrf

评分

参与人数 9eV +40 收起 理由
Altair + 4 牛!
Senses_Y + 4 牛!
wypkdhd + 5 牛!
zsu007 + 5 牛!
阿di达思 + 5 正解
cyx98 + 5 正解
lonemen + 2 正解
朙天儿 + 5
biogon + 5

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

161

帖子

0

威望

2390

eV
积分
2551

Level 5 (御坂)

发表于 2021-2-6 22:11:25 | 显示全部楼层
这讲课的培训人员怕不是同行派来的卧底[\狗头]直接把机构给搞黄

评分

参与人数 4eV +12 收起 理由
鬼隐 + 3 牛牛牛
123qwertybobo + 5 你成功逗乐我了,尤其你这头像
hebrewsnabla + 3 233333
sobereva + 1 233333

查看全部评分

36

帖子

0

威望

166

eV
积分
202

Level 3 能力者

发表于 2021-2-6 23:59:22 | 显示全部楼层
作为高斯小白的我晚上去看直播了,幸亏现在看到社长的帖子了

308

帖子

1

威望

3157

eV
积分
3485

Level 5 (御坂)

减肥好痛苦

发表于 2021-2-7 00:01:11 | 显示全部楼层
游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

评分

参与人数 1eV +1 收起 理由
卡开发发 + 1 秒懂

查看全部评分

恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2021-2-7 00:07:42 | 显示全部楼层
sun666 发表于 2021-2-6 23:59
作为高斯小白的我晚上去看直播了,幸亏现在看到社长的帖子了

若有可能,请让更多的人看到此贴,免得他们受到毒害

我通过本论坛、思想家公社QQ群、北京科音的各种培训班,一直在不留余力地讲怎么正确地做计算。我不能容忍错误的东西毒害初学者、错误的东西传播开来。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
65571

管理员

公社社长+计算化学玩家

 楼主| 发表于 2021-2-7 00:32:25 | 显示全部楼层
函数与激情 发表于 2021-2-6 22:11
这讲课的培训人员怕不是同行派来的卧底[\狗头]直接把机构给搞黄

招来的人通过其平台给人讲课,居然事先都没有个质检,太不像话;或许也有质检,但整个机构里都没有真正懂计算的人,导致那么大面积的错误都发现不了。

新人学计算还是得通过靠谱的渠道学才行。
想正确学Gaussian计算的初学者一定要好好看看这个
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395(已满),2号:466017436(已满)。3号:764390338(可加),合计8000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

6

帖子

0

威望

194

eV
积分
200

Level 3 能力者

发表于 2021-2-7 01:08:01 | 显示全部楼层
331号博文链接当时已经分享到直播间里了,希望能给小白同学和讲授者一个好的对自己的认识,往人家培训群里发感觉有点过于打人家脸 容易激发矛盾,还容易造成该机构对科音的仇恨 所以还是放弃了

63

帖子

0

威望

1048

eV
积分
1111

Level 4 (黑子)

发表于 2021-2-7 11:17:18 | 显示全部楼层
这输入文件也太可怕了,这是从哪个垃圾桶翻出来的输入文件啊

27

帖子

1

威望

255

eV
积分
302

Level 3 能力者

发表于 2021-2-7 11:44:27 | 显示全部楼层
这关键词,看了都不想学计算了
估计是故作高深?

125

帖子

0

威望

735

eV
积分
860

Level 4 (黑子)

发表于 2021-2-7 12:26:41 | 显示全部楼层
昨天看到同学朋友圈转发某skj公司的免费公开课,难道恰好撞上了?赶紧去提醒一下。
我自己也参加过科音的两次培训,也去过不少"高知名度"机构主办的培训。
借此谈谈自己的看法:和科音相比很多培训都是糊弄(例子不给或者文件目录混乱,好像怕学员学会一样),稍微良心一点的也只是点到即止,完全没有卢老师讲的详细。
私以为培训质量相差如此之多的重要原因有以下几个:
1. 那些机构都是要恰饭的,培训的初衷也只是恰饭。常用手段就是每日推送文献,为科研人员提供方便借此吸引关注,关注量达到一定数目后开始办培训。流量时代,经常看到著名机构打的广告"好于99%的Gaussian量化培训来了",心中不免一紧,这个99%哪来的?
2. 目前学术培训行业中没有类似网购那种透明的评价和监管机制,而且去学习的绝大多数人都是初学者(已经入门的人谁还花这时间金钱),质量到底好不好学员当时心里很难有数。很多机构在培训结束后都没有公正公开的让大众去评价,比如开放公众号文章的留言、在公开论坛咨询学员的培训体验等。他们做的仅仅是嗮几张培训群里的好评截图,真实性就大家细品了。
3. 他们请的讲师不是自己机构的员工就是兼职的大学老师。前者是完成公司的有时间限制的安排,后者有自己的主业:科研和教书。这两者注定不会在培训上花费太多时间。况且每个人都有自己的科研田,都把自己吃饭的家伙大面积的出售出去了,自己课题组还怎么发文章?点到即止已是良心,不像这个B站直播一样瞎搞就不错了。。。

评分

参与人数 1eV +10 收起 理由
sobereva + 10 我很赞同

查看全部评分

367

帖子

1

威望

1813

eV
积分
2200

Level 5 (御坂)

发表于 2021-2-7 12:36:28 | 显示全部楼层
ABetaCarw 发表于 2021-2-7 00:01
这貌似是国内最大的代算机构的公开课直播……别的不敢多说了

另外一个很大的机构也有过直播。

23

帖子

0

威望

606

eV
积分
629

Level 4 (黑子)

发表于 2021-2-7 15:28:34 | 显示全部楼层
这家机构还真出高斯入门零基础2980元,它最出名的应该是ms和vasp的课大概五六种,统一售价2980元

300

帖子

4

威望

2252

eV
积分
2632

Level 5 (御坂)

发表于 2021-2-7 15:40:17 | 显示全部楼层
不知道该机构有没有Gaussian, Gaussianview的商业授权,分发的书是不是自掏腰包买来的实体书。
不是的话……emmmmmm国内某些公司研发能力不行,当版权恶魔倒是个顶个。

评分

参与人数 1eV +2 收起 理由
naoki + 2 我很赞同

查看全部评分

14

帖子

0

威望

330

eV
积分
344

Level 3 能力者

发表于 2021-2-7 16:36:11 | 显示全部楼层
培训机构鱼龙混杂,还是社长最靠谱!良心话
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2021-4-15 07:56 , Processed in 0.962456 second(s), 29 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表