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[GROMACS] 求助模拟异丁烷的粘度误差很大

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发表于 Post on 2021-2-25 21:04:52 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
老师前辈们好,我在用Gromacs周期微扰法模拟纯异丁烷体系的粘度想要复现别人论文里的模拟结果时,发现模拟得到的结果偏离实验值比较远。 论文里模拟出来的粘度误差在2%左右,我按照SOB老师的模拟水的粘度的教程里的流程走了一遍,模拟出来的误差都在20%以上,请教一下有哪些可能的原因呢?
目前是各种加速度0.0025  0.005   0.0075  0.01都设置过了,但是结果都不太好,但是别人论文里的结果就很好。所以请教一下各位,Gromacs版本问题也有可能吗?
此外,我用完全相同的流程模拟不同大小的体系得到的结果也很不一样。

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发表于 Post on 2021-2-25 21:32:12 | 显示全部楼层 Show all
有可能版本问题,2018.4版已知周期扰动法有bug。换2018.8或者其他试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-25 22:15:29 | 显示全部楼层 Show all
snljty 发表于 2021-2-25 21:32
有可能版本问题,2018.4版已知周期扰动法有bug。换2018.8或者其他试试。

谢谢您啊,我也查到过,说是这个bug 2019版本已经修复了,我用的是2019.4的版本的

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发表于 Post on 2021-2-26 12:25:01 | 显示全部楼层 Show all
mdp参数设置、力场参数、用的模型,都可能显著影响粘度的结果,本来粘度就对参数很敏感。要和文献对比应当把这些条件尽量弄相同

体系从小到大可以做个结果的收敛性测试,直到确认盒子够大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-27 11:37:03 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-2-26 12:25
mdp参数设置、力场参数、用的模型,都可能显著影响粘度的结果,本来粘度就对参数很敏感。要和文献对比应当 ...

谢谢Sob老师。
我看的那个文献里的流程是NVT - NPT - NVT来模拟计算粘度,我自己的模拟里,除了异丁烷的盒子pdb文件,以及top文件和itp文件是我自己用工具生成的之外,这三步模拟的mdp文件我都是和文献里的参数一模一样的设置,但是结果却相差很多。

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发表于 Post on 2021-2-27 19:49:30 | 显示全部楼层 Show all
fwan1006 发表于 2021-2-27 11:37
谢谢Sob老师。
我看的那个文献里的流程是NVT - NPT - NVT来模拟计算粘度,我自己的模拟里,除了异丁烷的 ...

拓扑文件里体现了参数,这对结果可能产生极大影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 14:12:43 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-2-27 19:49
拓扑文件里体现了参数,这对结果可能产生极大影响

谢谢SOB老师,通过修改力场参数使得模拟体系的密度变得准确,在这样的情况下去模拟其粘度也能获得更准确的结果,请问这种说法成立吗?或者说逻辑上是正确的吗?

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发表于 Post on 2021-3-1 16:08:20 | 显示全部楼层 Show all
fwan1006 发表于 2021-3-1 14:12
谢谢SOB老师,通过修改力场参数使得模拟体系的密度变得准确,在这样的情况下去模拟其粘度也能获得更准确 ...

不成立
密度对参数合理性的敏感性远不如粘度这种不容易算准的量敏感。而且对于形式简单的力场,原理上就难以做到对所有属性都能同时描述得很理想,因此对于单一属性优化参数不仅不一定会改进另一个属性,甚至还有可能劣化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 15:20:53 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 fwan1006 于 2021-3-16 15:25 编辑
sobereva 发表于 2021-3-1 16:08
不成立
密度对参数合理性的敏感性远不如粘度这种不容易算准的量敏感。而且对于形式简单的力场,原理上就 ...

感谢SOB老师!新出现了一个问题希望请教一下您。我还是在模拟异丁烷的粘度,体系大小是3000个异丁烷分子,盒子大小是1:1:3的,模拟流程是按您首页那篇教程里来的
em    nvt1    npt1   npt2    nvt2    vis, 每一步的控温控压方式也是按教程来的,
最后vis里给的加速度是0.0005,然后模拟得到的1/viscosity和实验值误差比较大,而且用gmx energy读出来的tot-drift也比较大。
QQ图片20210316152511.png
用xmgrace做了图出来:
QQ图片20210316152344.png
请问一下这样的数据是不是波动太大了?以及我想通过调整加速度这种参数来让粘度靠近实验值这样有意义吗?

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发表于 Post on 2022-4-10 10:58:18 | 显示全部楼层 Show all
请问sob老师计算水的粘度的网址有吗,能发下嘛

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发表于 Post on 2022-4-12 02:41:34 | 显示全部楼层 Show all
fwan1006 发表于 2021-3-16 15:20
感谢SOB老师!新出现了一个问题希望请教一下您。我还是在模拟异丁烷的粘度,体系大小是3000个异丁烷分子 ...

考虑做结果随cos-acceleration的外推
并且动力学跑时间长一些。比如几十ns,减少统计误差
结果还不好可尝试换力场
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发表于 Post on 2022-4-12 02:42:28 | 显示全部楼层 Show all
xjw 发表于 2022-4-10 10:58
请问sob老师计算水的粘度的网址有吗,能发下嘛

我不记得有什么网址
我只在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里专门系统讲过
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sobereva 发表于 2022-4-12 02:42
我不记得有什么网址
我只在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_ ...

好的,谢谢老师

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