跑加速md过程中，突然断掉 cudaMemcpy GpuBuffer::Download

zeqiandu

1.提交命令如下：
EXE=pmemd.cuda
$EXE -O -p $PRMTOP -c md_eq_npt_5ns.rst -i amd.in -o amd.out -r  amd.rst -x amd.nc
2.
总原子数目71206
蛋白残基数337
能量信息如下：

      A V E R A G E S   O V E R    2500 S T E P S


NSTEP =  2500000   TIME(PS) =    6000.000  TEMP(K) =   300.06  PRESS =     0.2
Etot   =   -175484.8740  EKtot   =     43252.9787  EPtot      =   -218737.8527
BOND   =      1015.6775  ANGLE   =      2848.3049  DIHED      =      4386.2397
1-4 NB =      1234.8716  1-4 EEL =     13970.8111  VDWAALS    =     27835.9428
EELEC  =   -270029.7003  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
EKCMT  =     19702.2162  VIRIAL  =     19698.9971  VOLUME     =    714168.6475
                                                    Density    =         1.0086

3.
amd.in文件如下
50 ns NVT production
NVT
&cntrl
  imin=0,irest=1,ntx=5,
  nstlim=25000000,dt=0.002,
  ntc=2,ntf=2,ig=-1,
  cut=10.0, ntb=1, ntp=0,
  ntpr=1000, ntwx=1000,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=300.0,ioutfm=1,iwrap=1,
  iamd=3,
  ethreshd=5734.24, alphad=269.6,
  ethreshp=-207344.9, alphap=11392.96,
/


md可以正常跑起来产生.nc文件，但是跑一部分之后就会停下来。
抛出cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access was encountered

相同的代码跑同一个蛋白的另一个底物小分子可以正常完成50ns的加速md。但是这个底物就是跑一半停止。

是底物小分子力场结构的问题吗？可是我重新做了小分子力场后还是会停下来。小分子在蛋白质中的位置是共晶得到的。
所以问题是怎样可以解决加速md跑一半停下来的问题？没有其他报错。
感谢各位大佬解答！

小呆呱

我也遇到一样的问题

chenbq18

遇到同样问题，题主最终怎么解决的呢

akakcolin

你们都不提供运行软硬件环境 软件版本，在什么gpu上 ，amber 的patch都打了否，
直接给个报错消息，谁看了也是懵逼，
从这一句报错 且长时间后报错，瞎猜一下，gpu显存不够 ，反正你自己去搞定 不用感谢