Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样

xuzixing

编译了2021.1版本，Plumed补丁没有加入，编译完成后发现使用教程命令gmx_mpi_d grompp -f em-qmmm.mdp -p topol.top -c stilbene-sol.pdb -n index.ndx -o stilbene-sol-opt.tpr，无法识别 Unknown left-hand 'qmmm-active' in parameter file这个参数？是不是编译的问题

lyj714

xuzixing 发表于 2021-3-16 12:38
编译了2021.1版本，Plumed补丁没有加入，编译完成后发现使用教程命令gmx_mpi_d grompp -f em-qmmm.mdp -p t ...

正式版2021.x系列根本就还没有注入cp2k做QMMM的补丁。这个项目目前还在开发中。我个人认为现在还没必要使用这个，因为是不完善的，可能有很多隐藏bug。
如果要尝鲜，理应下载具备cp2k补丁的那个分支源码（一楼提供的那个）

xuzixing

lyj714 发表于 2021-3-16 12:55
正式版2021.x系列根本就还没有注入cp2k做QMMM的补丁。这个项目目前还在开发中。我个人认为现在还没必要使 ...

原来如此，感谢博主，我下载这个版本试试https://gitlab.com/aracsmd/groma ... 6b2d252dbd224a45a1c

Chris——szk

老师您好，我想问一下按照上面的步骤都已经安装好了，可是却出现说这样的错误：unknownleft hand：qmm-qmmultiplicity in parameter，请问该如何解决呢，谢谢老师

wuzhiyi

Chris——szk 发表于 2021-4-8 01:32
老师您好，我想问一下按照上面的步骤都已经安装好了，可是却出现说这样的错误：unknownleft hand：qmm-qmmu ...

你安装的是https://gitlab.com/aracsmd/gromacs/-/commits/2021.1-plumed-qmmm下载的么？

Chris——szk

wuzhiyi 发表于 2021-4-8 03:40
你安装的是https://gitlab.com/aracsmd/gromacs/-/commits/2021.1-plumed-qmmm下载的么？

是的，老师，一开始没有，但是后来重新下载了上面这个链接上的，然后根据一些cmake那一步的提示，我把cmake那一步修改成如下内容了：cmake .. -DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMXAPI=OFF -DFFTW_LIBRARY="/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/lib/libfftw3.so" -DFFTW_INCLUDE_DIR="/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/include" -DGMX_BLAS_USER="/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/openblas-0.3.10/lib/libopenblas.a" -DGMX_LAPACK_USER="/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/openblas-0.3.10/lib/libopenblas.a" -DCMAKE_CXX_FLAGS="-I/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/src/start" -DCMAKE_CXX_STANDARD_LIBRARIES="-Wl,--allow-multiple-definition -pthread -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/libxc-4.3.4/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/libxsmm-1.16.1/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/scalapack-2.1.0/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/openblas-3.10.0/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/lib/local/psmp/exts/dbcsr -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/tools/toolchain/install/elpa-2020.05.001/lib -L/home/szk/gromacs_QMMM/cp2k/lib/local/psmp -lcp2k -ldbcsr -lelpa_openmp -lscalapack -lxsmmf -lxsmm -ldl -lpthread -lxcf03 -lxc -lint2 -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -lstdc++ -lgfortran" -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs/，但是不知为什么就还是不行，就是还是提示出来无法识别mdp里的qmm啥的

Chris——szk

wuzhiyi 发表于 2021-4-8 03:40
你安装的是https://gitlab.com/aracsmd/gromacs/-/commits/2021.1-plumed-qmmm下载的么？

老师你好，刚刚我修改了gromacs的版本在试了一次，在make这一步出现这样子的报错应该如何解决呢：libxsmm_gemm.c:(.text.__real_sgemm_+0x1): undefined reference to `sgemm_'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/build.make:98: bin/gmx_mpi_d] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:5485: src/programs/CMakeFiles/gmx.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2

wuzhiyi

Chris——szk 发表于 2021-4-8 12:02
老师你好，刚刚我修改了gromacs的版本在试了一次，在make这一步出现这样子的报错应该如何解决呢：libxsmm ...

我试了试 好像不能复现
1. 你的cp2k可以正常运行嘛？regtest有没有应该过没有过的状态？
2. 可以试试cp2k不用xsmm么？看看别的部分能不能顺利安装

lkipouy

老师您好，我想请问一下我的现在已经安装了plumed和gromacs，如果我要安装CP2K的话，plumed和gromacs我需要重新编译吗

wuzhiyi

lkipouy 发表于 2021-4-16 11:37
老师您好，我想请问一下我的现在已经安装了plumed和gromacs，如果我要安装CP2K的话，plumed和gromacs我需要 ...

plumed不需要
但gromacs需要

Chris——szk

想问一下老师，在运行的egfp-spectrue中的tutorial的时候一直出现以下的报错是因为什么原因呢，谢谢老师了
C:\Users\chris\Pictures\Saved Pictures\1.png

wuzhiyi

Chris——szk 发表于 2021-4-25 19:07
想问一下老师，在运行的egfp-spectrue中的tutorial的时候一直出现以下的报错是因为什么原因呢，谢谢老师了
...

哦 因为一些原因 必须要MPI>2才行

Chris——szk

老师您好，又来麻烦和请教您了，我在最后一步用gmx_cp2k grompp 来生成cp2k的输入文件inp的时候一直会提示segemantation fault段错误应该如何解决呢，谢谢老师啦

Chris——szk

已经修改过蛋白质的初始结构，也检查了一遍体系的问题了，应该是没有问题的，也没有崩溃emmm

wuzhiyi

Chris——szk 发表于 2021-7-22 21:03
已经修改过蛋白质的初始结构，也检查了一遍体系的问题了，应该是没有问题的，也没有崩溃emmm

是还是崩溃，还是也没有崩溃？