Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样

yjb

Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+01
   Number of steps    =         5000
[localhost:15931] *** An error occurred in MPI_Comm_rank
[localhost:15931] *** reported by process [4004708353,0]
[localhost:15931] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[localhost:15931] *** MPI_ERR_COMM: invalid communicator
[localhost:15931] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[localhost:15931] ***    and potentially your MPI job)

老师您好，我按您的要求一模一样安装了GMX和cp2k的版本，但是在run QM/MM任务的时候报错了。

yjb

wuzhiyi 发表于 2021-4-25 20:26
哦 因为一些原因 必须要MPI>2才行

感谢 终于解决了这个问题，能跑起来了！

miblyf

请问各位老师，我用32核算https://github.com/bioexcel/gromacs_cp2k_tutorial上的优化例子(stilbene_water)，需要3天左右，是不是我编译的有问题呢？大家算起来很快吗？

cmd27

老师您好，我现在装了cp2k9.1, gromacs-2021.2-qmmm,  plumed-2.7.4  ,但是我最后选择gromacs版本的时候却看不到我的gromacs-2021.2版本？您有什么好的建议嘛？

函数与激情

请问下楼主，是不是目前GMX接口CP2K的QM/MM方法，CP2K能选择的泛函只有PBE和BLYP呀，以后会更新吗？

wuzhiyi

函数与激情 发表于 2022-4-7 09:31
请问下楼主，是不是目前GMX接口CP2K的QM/MM方法，CP2K能选择的泛函只有PBE和BLYP呀，以后会更新吗？

以后是会更新 不过你可以直接给template 然后就可以自定义cp2k的所有设置了

yjb

老师，您好，我用最新版本的gromacs22来链接cp2k8.1，cmake成功后，在make -j的过程中，报错。

[ 26%] Building CXX object src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp.o
/home/test/soft/gromacs-2022/src/gromacs/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp:56:10: fatal error: <libcp2k.h>: No such file or directory
   56 | #include "<libcp2k.h>"

请问这个问题如何解决呢

@Bruce

yjb 发表于 2022-4-22 01:38
老师，您好，我用最新版本的gromacs22来链接cp2k8.1，cmake成功后，在make -j的过程中，报错。

[ 26%] B ...

确保编译cp2k时是成功编译了cp2k库， make -j ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k注意：编译cp2k时，首先执行make -j ARCH=local VERSION="ssmp psmp" ，再执行 make -j ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k，这样既有cp2k库，又有cp2k的执行程序（前面两个make过程的执行顺序不能颠倒）

yjb

@Bruce 发表于 2022-5-6 21:27
确保编译cp2k时是成功编译了cp2k库， make -j ARCH=local VERSION="ssmp psmp" libcp2k注意：编译cp2k时 ...

谢谢老师 明白了

vantasyoscar

nianbin 发表于 2021-3-6 02:08
老师，请问下我在编译gmx这一步分时候提示我Target "cmTC_21d74" requires the language dialect "CXX17" , ...

您好，我在cmake的时候出现了同样的错误，请问现在这个问题您解决了吗。我看网上说是gcc版本不够的原因，但是我gcc是9.3.0，不应该不够哇

yjb

(base) gmx_mpi_d mdrun -s qmmm.tpr
      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2022.3-plumed_2.8.1 (double precision) (-:

Executable:   /home/jbyin/soft/gromacs-2022.3/bin/gmx_mpi_d
Data prefix:  /home/jbyin/soft/gromacs-2022.3
Working dir:  /home/jbyin/gmx/protein/1BZI/qmmm
Command line:
  gmx_mpi_d mdrun -s qmmm.tpr


Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.8#
Reading file qmmm.tpr, VERSION 2022.3-plumed_2.8.1 (double precision)
Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 1.2 to 1.2

comm-mode angular will give incorrect results when the comm group partially crosses a periodic boundary
Using 1 MPI process
Using 128 OpenMP threads


Back Off! I just backed up traj_comp.xtc to ./#traj_comp.xtc.7#

Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.7#
starting mdrun 'Generic title'
200000 steps,    200.0 ps.
[localhost:421217] *** Process received signal ***
[localhost:421217] Signal: Segmentation fault (11)
[localhost:421217] Signal code: Address not mapped (1)
[localhost:421217] Failing at address: 0x7f97f5f869f0
Segmentation fault (core dumped)
请问老师这个报错是怎么回事啊

Lightzfp

提问，编译成功后，看上去一切正常，但是无法用grompp生成inp文件，这是怎么回事

ldx022

请问老师，不需要cp2k只需要plumed外加gromacs，目的是为了用gpu（cuda）跑metaD，能否直接沿用您一楼给的示例来安装呢？谢谢！

Huschein

ldx022 发表于 2023-12-29 13:59
请问老师，不需要cp2k只需要plumed外加gromacs，目的是为了用gpu（cuda）跑metaD，能否直接沿用您一楼给的 ...

GPU加速不了metad，建议就按CPU的去跑就行

ldx022

Huschein 发表于 2023-12-29 14:35
GPU加速不了metad，建议就按CPU的去跑就行

请问老师GPU加速不了metaD，是由metaD的原理决定的吗？