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本帖最后由 wxhwbh 于 2021-3-12 16:41 编辑
恰好昨天论坛里有个类似的问题，有很多讨论。我也有回复：
http://bbs.keinsci.com/thread-21981-1-1.html
NAMD跟MD相比不是有什么"优势"，而是更“适合”研究什么问题。如果多个电子态之间出现了势能面交叉，那么理论上体系可以在不同的势能面之间窜越，那么当前问题就涉及到了多个电子态的性质。比如说偶氮苯的光异构化，是顺式体系状态被激发到激发态后，运动到基态与激发态的锥形交叉（conical intersection)位置，回落到基态的时候体系波包会分裂，一部分回到顺式基态极小点，另一部分运动到反式基态极小点，这样就实现了光异构化。
激发态势能面的分析当然是有局限性的，就比如说上面光异构化这个例子，只通过势能面分析是很难判断异构化过程后顺式/反式的比例，这种时候就需要动力学模拟来分析。另外，只考虑单个势能面的量子动力学时有时会有所谓的几何相位效应（可参考新墨西哥州大学的郭华老师的工作），其实就是因为这些位置出现了势能面交叉，这是考虑单个势能面的局限性。
如果你已经有MD的基础知识，只是对非绝热动力学不了解的话，我建议可以先读一些综述，比如兰峥岗老师的这篇：
http://www.whxb.pku.edu.cn/EN/10.3866/PKU.WHXB201801042
并接着读他引用的一些文献。至于书的话，我最早是读了Gatti等的Application of Quantum Dynamics in Chemistry的部分章节，学习了一些绝热/透热表象和非绝热过程的基础理论。但这个书对理论要求比较高，不建议新人读（你要是对自己的数学有信心可以一试）。业内公认的经典应该还是Domcke，Yarkony等的Conical Intersections: Theory, Computation and Experiment。这个专栏之后也会介绍非绝热动力学的相关理论，当然我不保证什么时候才能写完。
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发表于 Post on 2021-3-5 14:34:05
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