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[GROMACS] 求助金颗粒与多肽动力学模拟添加金属原子力场问题

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发表于 2021-3-5 20:43:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师您好,请教一个关于力场方面的问题。


背景:实验得纳米金颗粒能和多肽吸附(例如,CCY等肽),我们想在gromacs 2019.3中模拟计算纳米金颗粒和多肽CCY的结合能,比较不同的肽与金颗粒结合能力的强弱。
金原子的力场用 “在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程 http://sobereva.com/153 中 ” 的参数。在gromacs\top\gromos53a6.ff 路径下,将参数添加进ions.itp 文件中 f'f'nonbonded.itp

先是生成了CCY多肽的gro和itp文件。然后生成金颗粒的力场时遇到了报错,
gmx pdb2gmx -f .\Au13fixed.pdb -o .\Au13fixed.gro
报错
Fatal error:
Residue 'AU' not found in residue topology database


问题:适合多肽的力场很好选择,但是在构建Au13的力场时,请问应该怎么操作才能成功得到金的 top 和 itp 文件

附件:Au13的pdb文件。

Au13.pdb

1.14 KB, 下载次数: 6

13个金原子的pdb文件

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发表于 2021-3-5 22:11:06 | 显示全部楼层
看我博文里的例子top里是什么样的。当前体系的金团簇部分明显不是直接靠pdb2gmx来产生拓扑信息的。
先拿pdb2gmx产生多肽的拓扑文件,然后自行把金的信息加入其中。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2021-3-11 15:50:03 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-5 22:11
看我博文里的例子top里是什么样的。当前体系的金团簇部分明显不是直接靠pdb2gmx来产生拓扑信息的。
先拿pd ...

谢谢sobereva老师的指导,力场问题已经解决,由于gromos53a6力场不能识别部分氢原子(如HA等),改用amber99sb-lidn力场,做动力学后有两个问题。
1: 分子在穿过边界时,键被拉长了,请问周边应该怎么设置?
2: 金颗粒跑散了。请问金颗粒该怎么限制或固定,金颗粒才不散开?

附图,
第一帧,第n帧,最后一帧。动力学使用mdp文件

模拟结果

模拟结果

production.mdp

1.23 KB, 下载次数: 0

动力学mdp文件

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发表于 2021-3-12 02:17:45 | 显示全部楼层
不去重蹈 发表于 2021-3-11 15:50
谢谢sobereva老师的指导,力场问题已经解决,由于gromos53a6力场不能识别部分氢原子(如HA等),改用ambe ...

1 用dynamic bonds方式显示,或者让每帧重新判断连接关系,看下文
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html

2 并不需要任何固定。跑散了肯定是拓扑文件有问题
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 楼主| 发表于 2021-3-12 11:16:21 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2021-3-12 02:17
1 用dynamic bonds方式显示,或者让每帧重新判断连接关系,看下文
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
...

谢谢sobereva老师,
请问拓扑文件改怎么修改?

topol.top

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发表于 2021-3-12 12:22:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-12 12:27 编辑

我怀疑你金的参数不对,你这个top中也看不出你具体非键参数写的什么(ffnonbonded.itp)。如果你是照搬sob的那篇博文的参数那么你就错的离谱,因为sob写的那个参数只能用于gromos力场(用的是C6和C12),你这里用的amber系力场,理应看那篇文献中的参数,进行合适的转换得到ε和σ
给你个本人根据那篇原文献转的各种参数,供参考:
https://github.com/liuyujie714/temp/blob/main/param.txt

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 楼主| 发表于 2021-3-12 14:46:09 | 显示全部楼层
lyj714 发表于 2021-3-12 12:22
我怀疑你金的参数不对,你这个top中也看不出你具体非键参数写的什么(ffnonbonded.itp)。如果你是照搬sob的 ...


谢谢老师!因为换用了力场,所以没有用sob老师的参数。我用的是朋友给的参数,查看ffnonbonded.itp,AU          79      11967    0.0000  A   2.93400e-01  1.63300e-01,应该不对。改用您给的再试一试。
请问金颗粒(Au13.pdb)文件中需要给Au原子之间添加键或者做什么约束吗?建模时13个金原子之间没有任何关系,是不是动力学时13个金原不是一个整体,是13个独立的单体?

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发表于 2021-3-13 06:03:16 | 显示全部楼层
不去重蹈 发表于 2021-3-12 14:46
谢谢老师!因为换用了力场,所以没有用sob老师的参数。我用的是朋友给的参数,查看ffnonbonded.itp,AU ...

不需要任何约束
合理的参数下自然而然就能靠LJ势维持住簇的状态
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