求助：如何获取选取的一系列分子的index？

邱美佳

我想用gromacs统计距离锌离子距离为3埃的水分子在我的体系中沿Z方向的数密度分布，我首先得在我的index文件中添加这些水分子的编号。请问我该如何获取这些水分子的编号？目前我是将模拟的最后一帧结构导入到VMD中，然后通过选择语句resname SOL and within 3 of resname ZN将这些水分子显示出来。我可以将这个结构保存出来然后用gromacs生成新的index，然后把新的index里的编号写进旧的indxe文件里吗？

sobereva

直接在VMD里写个脚本统计轨迹就完了，根本没必要弄索引文件，完全多此一举。
而且如果你是想用诸如gmx density统计，弄索引文件也根本达不到目的，因为某一帧时候在Zn旁边的水，到了其它帧的时候可能就不再Zn旁边了。在VMD脚本里对每一帧都更新选区才能实现统计。