计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 努力向上的boy
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于opls-aa力场和gromos力场混用的问题?

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2021-5-11 05:39:39 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 20:49
老师,在一篇文献中找到了镍的相关参数,但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中,然后使用 gmx_mp ...

搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写到rtp里pdb2gmx才能处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2021-5-11 05:40:12 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 16:55
老师,一篇文章可以使用多个力场吗,比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场,如何镁卟啉使用另一个力场,然后将最 ...

看具体情况,参数具体哪来的,哪些类型的参数,用于体系什么部分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1090

Level 4 (黑子)

18#
发表于 Post on 2021-5-11 08:52:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗?两个力场的nbfunc  combrule genpairs  fudgelj  fudgeQQ相同,都为 1 2 yes 1.0 1.0 。谢谢(昨天在qq群里问过,但信息太多,被覆盖了)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

19#
发表于 Post on 2021-5-11 10:06:04 | 只看该作者 Only view this author
IamHK 发表于 2021-5-11 08:52
请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗?两个力场的nbfunc  combrule genpairs  fudgelj  fudgeQQ ...

只有charmm没有charm
非键参数原理上不兼容(至少发文章的话容易被质疑,想好怎么回答),成键参数一定程度上可以混用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

20#
发表于 Post on 2021-5-11 20:45:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-11 05:39
搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写 ...

老师,我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包,将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中,如何这个安装包里面没有找到atomtypes.atp或者rtp文件,是不是我下载有误,请问老师有关于gromos96力场的官网,就是可以都下载全的吗,我搜索了,但是没有找到,辛苦老师了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

21#
发表于 Post on 2021-5-12 11:50:04 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-11 20:45
老师,我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包,将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中,如何这个安装 ...

那叫力场包
镍卟啉又不是离子,添加到ions.itp莫名其妙
新分子/残基在rtp里的信息自己手写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 02:47 , Processed in 0.279671 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list