构建及优化[小大]分子力场参数脚本ztop.py

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-3 10:42:00

Zhangpc 发表于 2021-9-15 22:47
请问出现python package simtk not available如何解决（应该是import simtk.testInstallation异常，我试了p ...

openmm 没有装好，可以改用最新版

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-3 11:01:50

Zhangpc 发表于 2021-9-15 22:47
请问出现python package simtk not available如何解决（应该是import simtk.testInstallation异常，我试了p ...

openmm没装好，先办法把openmm装好
另外最新版的ztop可以不用openmm 但是会损失一些功能

nianbin · 发表于 Post on 2021-10-3 15:46:06

sun666 发表于 2021-8-3 10:18
请问大佬能否把amber的mcpb.py功能搬进去，以便对带金属的分子生成拓扑文件。这样功能更加强大

是的，这个很关键。然后聚合物的力场参数构建也很重要

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-3 19:09:21

nianbin 发表于 2021-10-3 15:46
是的，这个很关键。然后聚合物的力场参数构建也很重要

目前最新版可以直接做全元素的，键长键角参数都有，不过对于不常见元素，需要手动填入vdw参数。

nianbin · 发表于 Post on 2021-10-4 18:04:00

ggdh 发表于 2021-10-3 19:09
目前最新版可以直接做全元素的，键长键角参数都有，不过对于不常见元素，需要手动填入vdw参数。

这个真挺好的，感谢大佬。希望可以像卢老师那样，出一些实例教程，推广开来

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-14 15:48:39

Zhangpc 发表于 2021-9-15 22:47
请问出现python package simtk not available如何解决（应该是import simtk.testInstallation异常，我试了p ...

这是openmm版本更新造成的。装最新版本的ztop即可

wcoolit · 发表于 Post on 2021-10-19 17:52:19

老师请教一下，运行ztop.py -g "DON.log" -o DON.top,DON.gro时，出现Error! Multiwfn exit with error!
You need to check Multiwfn.out and run the Multiwfn manually to see what happens的报错，是什么原因啊？

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-22 13:36:00

wcoolit 发表于 2021-10-19 17:52
老师请教一下，运行ztop.py -g "DON.log" -o DON.top,DON.gro时，出现Error! Multiwfn exit with error!
Y ...

Multiwfn 算电荷的时候运行错误。
他提示你手动运行Multiwfn 看看具体错误是什么。
还搞不定就加我qq。

Alan123 · 发表于 Post on 2022-1-13 11:28:10

老师，请问我在安装ztop时出现了这个错误，请问这个错误时咋回事呢？如何解决呢？谢谢老师

snljty · 发表于 Post on 2022-1-13 11:36:05

Alan123 发表于 2022-1-13 11:28
老师，请问我在安装ztop时出现了这个错误，请问这个错误时咋回事呢？如何解决呢？谢谢老师

你这个是python 2的环境，加载一个python 3的环境。对于配置好的专用服务器，理应装好了Anaconda/Miniconda，最起码也应该装了python 3.如果不知道怎么加载python 3的环境，问管理员。或者直接尝试python3 ztop.py来执行，但是不保证里面调用的库默认的python 3环境都已经装了。

Alan123 · 发表于 Post on 2022-1-13 14:25:40

snljty 发表于 2022-1-13 11:36
你这个是python 2的环境，加载一个python 3的环境。对于配置好的专用服务器，理应装好了Anaconda/Minicon ...

好的，谢谢您，我试下

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-13 00:36:34

snljty 发表于 2022-1-13 11:36
你这个是python 2的环境，加载一个python 3的环境。对于配置好的专用服务器，理应装好了Anaconda/Minicon ...

老师，我重新配置了python的环境，现在安装完成后，又出现了这个问题，请问这个是咋回事呢？

snljty · 发表于 Post on 2022-2-13 10:15:39

Alan123 发表于 2022-2-13 00:36
老师，我重新配置了python的环境，现在安装完成后，又出现了这个问题，请问这个是咋回事呢？

不知道你怎么配置的，如果是Anaconda，只要activate了环境不会这样。如果是Miniconda，activate以后做conda install scipy。如果是别的方式装的python，用pip(也可能是pip3) install scipy。如果提示没有权限，找管理员弄。如果服务器硬盘不是小到离谱而你又有管理员身份，强烈建议装个Anaconda，省心。

Alan123 · 发表于 Post on 2022-2-14 17:22:06

snljty 发表于 2022-2-13 10:15
不知道你怎么配置的，如果是Anaconda，只要activate了环境不会这样。如果是Miniconda，activate以后做con ...

好的好的，谢谢您，我重新安装了下anaconda3，现在已经可以用了，非常感谢

lxybaby · 发表于 Post on 2022-7-1 23:51:22

请问ztop.py从哪里下载呀

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