公社群聊Q&A整理：2015.11.19 20 ~ 2015.11.22 19

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-23 00:46:58

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:20 编辑

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.11.19 22:53:26
Q:
我想问，MD模拟能模拟出表面张力么？我想跑个动力学，气体包围一个椭圆水球，看看水球能不能跑成浑圆的
A:
能模拟。跑出圆的太容易了
Q:
跑出圆就是表面张力的原因导致的吧
A:
对
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2015.11.19 23:25:07
Q:
今天被虐，老板非让我计算极化率加上enonly
服了，打车服
也不说原因
A:
简直脑残
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2015.11.20 05:58:04
Q:
请问各位，做二价铁的蛋白质里面的反应，用QM/MM单点计算，之前我看了ONIOM, 是可以做QM/MM的单点计算，但是我现在只有反应物结构，请问可以怎样用QM/MM方法找到过渡态和中间态？是否直接把 .com 文件的方法写成Opt=QST2 ？谢谢！
A:
平时怎么用关键词还怎么用
一般opt=ts
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2015.11.20 08:36:42
Q:
我想请教下谁对散状取样理解的比较透彻，求科普。
A:
下面是我很久很久很久以前写的一段关于PMF计算的note供参考，涉及了伞状取样，有些地方没有仔细考究不敢保证正确所以也没发网上去，现在对这个问题已经没太大兴趣了。
PMF就是自由能在某个自定义的自由度λ上的变化曲线，比如离子在纳米管中不同位置、基团旋转、蛋白拉伸路径等等。
求PMF的方法：
1 基本方法：直接做MC或者MD，由各处概率分布rho计算各处自由能。但是有限时间模拟下高能区域总是采样不足，形状不好，效率最低。
2 偏移势：用外加势使高势垒区域变低，使得采样容易。典型的是伞状取样，也就是谐振势，势能曲线像倒过来的伞。设U(x)为外加势，则G(x)=-RTLnP(x)-U(x)+F，其中P(x)是在外加势下跑出来的概率分布。F依赖于U，但不必考虑，毕竟想得到的只是相对自由能高低。只加一个势做一次模拟没任何麻烦，但问题是事先不知道PMF上高势垒的位置在哪，或者有多个势垒无法靠一个伞状势征服，就必须跑很多次模拟，每次模拟把伞状势挪一次位置，然后将结果组合。但是每次的F是不一样的，想组合就要知道F，就没辙了。
3 WHAM：WHAM提出了确定F的方法，以此将多个在伞状势模拟下的PMF组合呈整个的。WHAM是在一般为几十个伞状势下依次做MD，这些伞状势涉及区域（也称window）相互明显交叠，将得到的{rho}输入进WHAM程序就得到了正确的PMF。
4 Metadynamics：将描述PMF的变量{x}乘以一个因子定义为变量{σ}。然后按照这个方程走{σ(i+1)}={σ(i)}+δσ*{u_i*w}，其中i是metadynamics当前的步数，{w}是估计的阱深，δσ是预设的步长（由于设得大，原文称metadynamics是粗粒化的），u_i为第i步{dG'/dσ}_i方向的单位矢量。这个方程类似最陡下降法（而不像动力学，因为没kinetic成分），但是不会走到能量极小点，这是因为metadynamics中：在每个走过的位置上设立一个用Gauss函数描述的互斥势R，故实际自由能面G'=G+∑[i]R(i)。走得多的地方互斥势越强，受相反方向作用力越强，所以下一步就尽量避免走到以前走过的地方，势阱逐渐被互斥势填平，因此metadynamics过程能很快逃离势阱而走遍整个PMF。每个metadynamics步当中获得{dG'/dσ}_i需要做一小段普通MD，并且以拉格朗日乘子法约束此MD过程中处在PMF上{x(i)}的位置上（略类似ABF的每一步），相当于粗粒的大过程中套着微观小过程。此方法对高斯函数参数有要求，若高斯函数太宽，虽然可以很快就走完整个PMF，但是细节特征体现不出来；若太窄，采样效率太低，
所以需要根据要求选择参数。此方法不要求每步{σ}的受力{dG'/dσ}太精确，所以每次做微观MD过程不需时间太长。
在低能区域设定排斥子，让结构不容易呆在低能区域，使之经常光顾高能区域。
5 ABF：先将λ感兴趣的范围划分为一个个小区间。首先在初始位置λ_1上做一段时间MD，得到了rho_1，同时得到λ_1时沿着λ变化方向上的平均力<F_1>=dG/dλ |λ=1。然后对当前的模拟施加<F_1>使得体系克服自由能垒上升到λ_2位置上，再做MD，得到rho_2和<F_2>。再施加<F_1>+<F_2>使体系到λ_3，做MD得rho_3和<F_3>。再施加<F_1>+<F_2>+<F_3>使体系到λ_4...反复如此，最终把指定的λ范围全走完。由<rho_i>得到的λ_i小区域的PMF再加上外力克服的势能G'_i=∑[k=1,2..i-1]<F_k>*λ_k，这样将所有λ区域的PMF组合在一起就是完整PMF。ABF的过程虽然用到SMD，但是由于在每个一个λ时都做平衡态MD（外力与自由能梯度相互抵消），所以整个是个平衡态过程。
6 Jarzynski equality：从平衡态A到某态B的自由能变ΔG=G_B-G_A<=W，其中W是外力做功，只有过程是平衡过程等号才成立。Jarzynski equality将不等式化为等式，exp(-ΔG/(kT))=<exp(-W/(kT))>，T代表在A时的温度，<>代表是以各种方式干这个活儿的平均值。如果过程快，非平衡特征强，就得需要做很多次取平均才精确。如果过程慢，接近平衡态，只需要很少次数即可。比如通过SMD将受体-配体拉开，如果拉得十分慢，得到的"做功-拉伸距离"曲线就是"结合自由能-拉伸距离"曲线，如果拉得快，就要拉好多次把结果取平均。
7 热力学积分。一般不用于求PMF，和上面方法相比效率太低，而上面的方法又不能求热力学积分能完成的分子从消失到出现过程的自由能变。若将变量λ设定为某个空间路径，用常规热力学积分方法从0到各个λ_i进行积分求每个位置自由能，就得到了PMF。比如描述PMF需要100个点，就要做100次热力学积分，太耗时！
8 加速采样方法：用于加速第一种方法。包括REMD、Local enhanced sampling、Self-guided Langevin dynamics、Essential dynamics
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2015.11.20 08:56:46
Q:
刚才忽然闪现了一个邪恶的念头，Sob那个note还没有发表呢，我就想，我粘贴复制，然后署上我的名字，这就成我的了....
哎呀，算了....‘
A:
note误人子弟了也算你的[表情]
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2015.11.20 09:25:03
Q:
我用packmol构建了水盒子，然后保存了该结构的top文件与inpcrd文件，为什么在我用amber跑能量最下滑的时候却提示说在inpcrd文件里读不到box的信息？
请大家帮帮忙
A:
可以在leap里用setbox设置盒子信息，然后再saveamberparm
Q:
setbox以后不就改变了原来的盒子的大小了吗？
A:
你设成正好合适的值
何况NPT还自动调整盒子
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2015.11.20 09:27:51
Q:
我不想让盒子里的水的个数发生变化，如果setbox以后水的数量会变化吗？
A:
不会
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2015.11.20 10:22:19
Q:
请教sob老师，在使用windows版本的molclus软件时，双击运行molclus.exe程序，出现这样的错误，是怎么回事？[图片]
[图片]
我修改gaussian路径了
A:
配置GAUSS_EXEDIR环境变量
Q:
再问一下，配置了GAUSS_EXEDIR环境变量，是不是可以使得gaussian计算时内存不受限制？
A:
不能
这只是设定在哪找linkxxx可执行文件而已
Q:
哦哦，那配置的环境变量[图片]，变量的值设为多少呢？
是不是gaussian的安装目录？
[图片] 是不是要这样写？
A:
y
Q:
恩恩，谢谢sob老师。那要是想修改gaussian默认的运行环境内存限制，该怎么修改呀？
A:
[图片]
Q:
[图片]我的一点route按钮就出现两个窗口，不知道是怎么回事？
[图片] sob老师，是在出现的这个文本文件中直接输入%mem=3GMW 就可以设定gaussian的运行内存了吗？还是要修改其他地方的什么东西？
A:
32bit windows版最大就能设1.5GB，你这相当于24GB了
就这么设定
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2015.11.20 10:37:19
Q:
老师，我是暑期上培训班的，现在看讲义，aim上介绍各种临界点，说BCP在键平面极大值，顺着键极小点，这篇文章是哪个？、我想看下，辛苦了@Sobereva
还有RCp的介绍，具体这是哪篇文章呢？
A:
这是众所周知的
给学员提供的课外阅读里“AIM学习资料和重要文献合集”有一堆都介绍这个
Q:
专门讲这个的我记得有一篇，忘记是哪个了
A:
没有专门讲这个的
因为根本没什么好讲的
Q:
好的
A:
所有介绍AIM的综述、书籍一定都会讲这个
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2015.11.20 10:44:04
Q:
老师，动力学模拟的时候cut-off阶段距离的设置是根据体系的大小吗
A:
否
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2015.11.20 10:48:42
Q:
我在看您构象搜索的帖子时，上面有说“非键相互作用用最简单直接的cut-off方式计算就行了，1.4nm截断距离完全绰绰有余”那是说不同的体系要进行测试cutoff的值吗
A:
这个值对任何体系都足够了。这只是为了提供初猜，不需要很严谨精确。
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2015.11.20 10:49:06
Q:
[图片]这个等值面怎样调节颜色？
A:
coloring method-color ID
Q:
=[图片] 为什么跳了之后只有一种颜色
A:
显然只有一种，你这就是设定用哪种颜色啊
Q:
能不能根据Z轴的位置设置颜色
A:
可以，coloring method用position-Z
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2015.11.20 10:54:50
Q:
[图片] sob老师问你个问题，这个横坐标是键长的变化，那所谓的扭转势垒是指怎么求得嗯
A:
柔性扫描
Q:
柔性扫描是每个键长都扫吗
A:
二面角
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2015.11.20 11:48:22
Q:
Sob老师，谢谢你前面的回复。关于用ONIOM做QM/MM找过渡态，我想请问，它的速度大概怎样呢？我有370个residue，还要加上TIP3P的水箱，QM区域取大概7个residue，用B3LYP描述，MM区域用AMBER描述。谢谢！
A:
没必要加水盒子，站原子数太多了
Q:
谢谢回复。但我老板想做液相的，不知道可否给些建议？
A:
如果感兴趣的区域离水远，远处加那么多水并没任何意义
ONIOM计算蛋白是不加水盒子的，顶多是在关键位置加一点就够了
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2015.11.20 13:08:15
Q:
请教各位一个关于amber的问题，我动力学模拟5ns的文件，有25个轨迹文件，可是生成rmsd文件的时候只有4.8ns的数据。我单独验证了一下，发现是第20号的轨迹文件有问题，无法生成rmsd文件。于是我从18号文件开始重新跑了一下，还是没有解决问题。我现在的问题是：1这种情况如何处理？
2如果是20号轨迹文件的问题，那么我的21-25号轨迹文件也是能生成rmsd文件的，而他们又是根据20号数据来的，如何解释。4ns以后的rmsd值又由6点多，下降到5点多了。
A:
你用VMD载入所有轨迹文件计算RMSD
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2015.11.20 13:58:24
Q:
请教一个问题：对溴原子用cc-pvtz-pp，能直接输入吗
[图片]
A:
RTFM
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2015.11.20 14:40:51
Q:
请问Sob，在一个刚性扫描任务中如何让每一点都做NBO分析？默认只有第一点和最后一点。
A:
用非标准路径应当能实现，把L607插到合适位置
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57
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2015.11.20 16:16:48
Q:
请问：
搭配E5-2620V3处理器性价比最好的主板芯片组是什么？
A:
C612
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2015.11.20 16:54:53
Q:
C612主板最低也要3000块一块
A:
不。诸如X10DRL-i才2000
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2015.11.21 01:18:36
Q:
sob写的东西在这里居然要下载券，哎
http://wenku.baidu.com/view/dce58a0916fc700abb68fcee.html?from=search
群共享的那个rar应该有这个吧
错了，是这个
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://wenku.baidu.com/view/8841408fcc22bcd126ff0cae.html
烤错了，sorry
我的意思是，很反感拿着别人的东西在网上要金币啊，要下载券什么什么的，自己写的就算了，关键不是自己的东西
A:
所以啊，百度特别无耻，我极度鄙视百度，很多事情百度都做得很差劲，比如强行升级百度空间、关闭百度空间
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2015.11.21 01:29:36
Q:
老师：您好!请问您是否有关于高斯NMR计算耦合常数输出文件的帖子，或者相关的，可否拜读一下，如果没有，您是否有其他推荐？谢谢！/抱拳
请问：高斯NMR计算的耦合常数中输出结果中，这两个的区别是？[图片][图片]
[图片]中的D是什么意思？
是表示数量级？
这里[图片]中有个负值，请问这个在核磁的耦合常数中说明什么？谢谢
(整理Q&A) 嗯谢谢……
A:
写NMR=spinspin就完了，基组用IGLO-III或pc-J
结果用J的
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2015.11.21 01:29:36
Q:
请问老师我按照说明书里做电子密度差[图片]把wfn文件输进去却没有选项5生成格点文件[图片]
A:
分明有选项5啊，手册里的注释和屏幕上显示的东西不会完全一样，但意思一样，注意理解
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2015.11.21 01:29:36
A:
PS：用6-311G的人一定是大菜鸟
Q:
真是惨绝人寰…
A:
是
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2015.11.21 01:29:36
Q:
反应势能曲线怎么算？
是从优化好的过渡态做反映路径分析吗
A:
是
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2015.11.21 01:29:36
Q:
老师：您好！刚刚看到说[图片]，请问一个体系中怎样加入质子呢？之前的电子亲和势，我们可以通过修改电荷，那么增加质子，我们该怎样做呢？谢谢老师？
A:
体系里合适位置点上一个氢原子，然后体系净电荷+1
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2015.11.21 01:29:36
Q:
请问gamess的波函数怎么转成高斯的格式做initial guess?
A:
自行写个小程序，转换成高斯输入文件的guess=cards那种格式
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2015.11.21 01:35:39
A:
哎呀，真烦，越来越多的人把同一个问题同时又在群里问又在计算化学公社里问，还得回复两遍！
Q:
[表情]在其中一边回：“看群” or “看论坛”
A:
但是这样在论坛里回，帖子就成水贴了
更新了群规，表明不应同时在两处同时提问。但目前还不算作记黄牌的条件。
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2015.11.21 04:59:33
Q:
我先用B3LYP/6-31G（d）优化，我们老板说要用个larger的basis set 去算single point Energy，说先用aug－cc－pVTZ试试，大家有什么建议吗？
ok
最后只是为了看HOMO LUMO
A:
看轨道完全没必要那么大基组
def2TZVP对DFT的这个目的足矣了
实际上TZVP已经很够了
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2015.11.21 06:07:24
Q:
请教一下：可以直接用ONIOM优化的结果看分子轨道吗？还是需要去掉ONIOM重新算一下单点才能看？
A:
算单点
此类问题一试便知
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2015.11.21 09:55:48
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
高斯算不了FCI
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2015.11.21 10:04:35
Q:
Sob老师，以前聊天记录中参看帖子时有的时候只有链接，没有名称，能不能把以前的那个百度总索引发下？
A:
百度链接的索引没了
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2015.11.21 13:29:55
Q:
不好意思我想问一下如何得到Hirshfeld charge呢？
A:
不要同时在论坛和群里发问
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2015.11.21 14:27:19
Q:
谁能帮我看看这是什么意思啊
Warning! 1 non-nuclear attractor critical points (NNACPs) were found but
only 0 of them are listed in the wfn file as "nuclei" with charge 0.0,
as required for proper handling of NNACPs. The specified number of nuclei in
the wfn file should be increased to 9 and the following 1 lines should
be appended to the nuclear coordinate section of the wfn file:
NNA9 (CENTRE 9) -6.15094607 -1.72192626 -0.45151880 CHARGE = 0.0
A:
字号小点
Q:
奥
[图片]
A:
什么程序，做什么分析要说清楚
Q:
AIMall
看成键情况的，但是老是走到这里就不往下走了
A:
做拓扑分析还是做盆积分？
拓扑分析用multiwfn做，比这方便得多，也不用专门特殊处理NNA
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Q:
sob老师，我用Multiwfn算了一个跃迁偶极矩，跟Gaussian的结果对比了一下发现差别挺大的(第7个态)[图片] [图片] ，是计算模型不一样吗？Gaussian的是如何计算的呢?
ps，我使用的是中等精度格点，IOp(9/40=3)
A:
也考虑延展距离是否足够。
如果你是用Multiwfn的主功能18的1来考察的，那个功能里也有直接将跃迁偶极矩进行分解的功能，看看那里输出的和高斯的一不一样。
Q:
sob老师，我用那个分解的功能（Show contribution of MO pairs....）算出来的总的跃迁偶极矩[图片]跟直接计算的[图片]是一样的。您说的“考虑延展距离”是指？
A:
设定格点的时候屏幕上有选项设定在分子四周延展多大距离
Q:
我看看~
A:
显然盒子不可能恰好贴着分子最外侧的原子核
Q:
[图片]这个吧？我先试试看，谢谢老师
A:
[图片]
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2015.11.21 14:48:08
Q:
[图片]老师为啥我石墨烯只是EM过后表面起皱这么大我这材料是在VMD里面建的
A:
力场参数可能有问题，或者拓扑文件问题
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2015.11.21 14:48:08
Q:
[图片]
这是什么情况啊
@sob老师
老是不成键
A:
什么什么情况？都不知道是什么结构，用了什么基组
光一个图没法回答
什么体系，什么基组，什么理论方法都指明
用了赝势又不用wfx文件键径显然不会连到原子核
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2015.11.21 14:59:55
Q:
sob老师，共价键和金属键的区别是什么呢
A:
金属键的电子离域特征强，也有金属-金属之间成键的电子定域性强，这时就算共价键了
Q:
但是有人问我金属金属之间的电子离域到哪里去？
A:
金属之间乱窜，成了电子的海洋
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2015.11.21 15:06:24
Q:
sob老师，用QTAIM分析金属键和共价键的方法准确吗？
A:
不是AIM的事，是你怎么讨论的事
AIM只是个框架
讨论得好就有意义，瞎讨论就没意义
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2015.11.21 15:11:25
Q:
Sob老师，我研究Be2(co)和Zn2(co)正离子，通过AIM分析Be和Be之间是共价键，Zn和Zn是金属键，如果和实验中的红外光谱对照研究，有意义吗
A:
不是能直接对比的东西
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2015.11.21 20:55:47
Q:
sob老师您关于GAPT电荷的一文（blog编号208）以及物化学报上《原子电荷计算方法的对比》一文，有没有类似的英文文献？想给一个师兄看看不过他不懂中文
没有的话我只能简单翻译一下结论给他了
A:
稍微类似的是Journal of Computational Chemistry, Vol. 14, No. 12,1504-1518 (1993)，但测试明显不及物化学报上的全面
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2015.11.21 21:02:22
Q:
高斯如果使用内坐标使用guess=read会自动确定分子的朝向吗？
A:
跟朝向没关系
Q:
那是根据什么吧波函数带进去迭代的呢？
A:
朝向跟这根本没任何直接关系
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2015.11.21 21:11:47
Q:
老师，我用multiwfn做完分析后数据不能完全显示出来，怎么办，滚动栏很长
A:
手册5.5节
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2015.11.21 21:33:23
Q:
[图片]老师，请问这个反应路径分析得到的势能曲线正常吗？两个能量极小值跟优化的反应物，产物差别挺大的。
A:
显然会有差别，跑得不够长，还没reach到极小点
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2015.11.21 21:50:54
Q:
sob 老师你好，优化三重态时在基态优化的基础上直接改自旋多重度为0 3
和td，optde 的方法两者的能量差别大吗？
选泛函的时候用了 0 3 的方法优化三重态，和实验ET值对的很好，后边我算S1 T1用了td opt 的方法，俩种方法ET 差了0.2 ev ，这样的话我该选哪中方法计算三重态能呢？
A:
0 3
速度快
Q:
对，我测试泛函就选择了 03 的方法
A:
当然可
Q:
老师我后边又用 td opt的泛函计算了一个分子，俩者差0.2ev，这样的误差是允许的吗
A:
就用0 3就完啦
又快又好
Q:
老师如果研究主客体能量转移情况时，计算S1用了td opt的方法,同样的方法算T1呢（td opt 方法）还是用0 3 计算的ET呢，这俩种算法的结果有一点差别
A:
优化用0 3，能量用td(triplet)
Q:
老师，这样算下的俩个ET我该怎么解释呢
老师的意思是讨论能量转移的时候s1 t1要用同样的方法（td opt ）法？
A:
优化用0 3快
能量用td以保证可比性
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2015.11.21 22:06:23
Q:
sob老师，键级可以反应化学键强度吗，如果键级得到的规律和电子密度的相反，哪个更有说服力呢
A:
看什么键级
看群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space
电子密度根本反映不了键强度
Q:
谢谢sob老师
sob老师，如果算Be2（CO）5正离子中Be之间的轨道相互作用，两个Be共同失去一个电子，没法确定每个金属片段所带电荷数，有什么方法进行分析呢？就是这样的体系[图片]
A:
算原子电荷就能分析了。
字号小点
Q:
是用NBO算吗，sob老师
A:
字号小点！
Q:
是用NBO算吗，sob老师
A:
算原子电荷的方法有的是，看群共享里原子电荷计算方法的对比
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2015.11.21 23:19:47
Q:
恶意卖萌君说的是CDA那篇博文？还是论文？
A:
http://www.hanspub.org/journal/PaperInformation.aspx?paperID=16370
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2015.11.21 20:55:47
Q:
老师，新规则修改了什么？
A:
不得同时在论坛上和群里同一时间问同一问题
Q:
老师，难道这个也是犯规？
A:
目前不算
忘说了，还有一处改动是，原本允许的字号上限是13，现在改成12了，13还是嫌太大
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2015.11.21 23:13:59
Q:
老师，你的那篇计算lda的文章我看了，没看懂
A:
[图片]是CDA
Q:
Cda方法和npa方法有什么区别？
A:
和NPA是两码事
Q:
应该和之前提出的电荷计算方法比较一下
A:
不一码事
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2015.11.21 23:23:35
Q:
老师明年暑假我还想去北京，有动力学的暑期班吗
A:
预计在明年5月左右
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2015.11.22 04:19:28
Q:
gromacs的培训改到五月？不是原来预计明年年初嘛？
A:
肯定不会是年初的
----------------------------------------------------
2015.11.22 04:19:28
Q:
说好有高斯中级班呢
A:
中级班的筹划还没放到待定日程上，早着呢
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2015.11.22 04:19:28
Q:
今天在G09_D中用了下NBO6，但分别使用关键词plot, archive后，并没有显示产生的FILE 文件，[图片]这是我输入文件，难道NBO6在使用这2个关键词的时候，还要使用NBOSave 吗？
A:
写清楚生成路径，即file=xxxx
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2015.11.22 04:59:46
Q:
记得您之前说过可以在环的正中间加一个原子，我现在忘记了。（我想在一个键的正中间加一个原子）
A:
[图片]
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2015.11.22 09:42:29
Q:
[图片]就是我这样输入就可以了是吧
A:
100%失败，32bit windows版嘛，然后又来问
Q:
mw是个什么意思哦
A:
%mem=1.5GB
基组改小到6-31G*
如果还挂就别指望了
Q:
1mw=8mb?
A:
1MW=8MB
because 1word=8bytes
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2015.11.22 10:02:26
Q:
[原创表情]
[图片]
娃娃来啦
/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼/右哼哼向右看齐
[图片]
[原创表情]
[图片]
A:
别刷意义不明的图
Q:
老师，以后可以和你一起研究发文章不……
A:
谁知道呢
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2015.11.22 11:46:07
Q:
同志们，志强2650v2*2，配32G内存，1T硬盘，做高斯怎么样？
性价比如何？
A:
还可以，很主流
XEON是至强不是志强
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2015.11.22 11:53:49
Q:
请问关于CASSCF，MCSCF，CASPT2等方法，您有没有什么总结性的帖子，或者推荐一本书，谢了
A:
简单的看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126，深一些的看Molecular Electronic-Structure Theory(Helgaker)
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2015.11.22 13:26:35
Q:
老师，请问高斯的计算结果中能得到类似动力学中的范德华参数吗？
A:
可以，扫描势能曲线然后拟合
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2015.11.22 13:46:55
Q:
使用ORCA计算一个已经优化好的PAH分子的单点能（PBE0 aug-cc-pvdz），SCF的时候出现了这样的情况。SCF收敛成一坨.....是试过从优化任务读取波函数，但是优化几步之后又变成这种情况，请问这种情况怎么解决呢？谢谢大家。[图片]
A:
关掉DIIS再试
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2015.11.22 14:50:06
Q:
老师您有关于LDOS的帖子吗
A:
群聊记录搜LDOS
Q:
好的
没有呢就有我们刚才的记录我换电脑了之前的记录没有老师
A:
群共享
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2015.11.22 15:10:24
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
大家好，请教一个问题，现在什么程序可以搜索在激发态下进行的反应的过渡态
A:
高斯就行
Q:
老师，是否有实例呢？
A:
貌似没有解析解
Q:
那计算起来是不是很费时
A:
激发态你优化得动就能算
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2015.11.22 15:16:03
Q:
老师，用高斯对一对手性分子进行基态优化，没区别，怎么办
哦，那下面想进行垂直激发计算，手性分子会有区别么，谢谢
A:
除了结构毛区别都没有
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2015.11.22 15:24:15
Q:
优化结构时能量振荡该怎么办？[图片]
A:
[图片]
Q:
何解？？
A:
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
计算姬就被这么糟蹋了
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2015.11.22 15:26:39
Q:
假设加了弥散函数后可以顺利收敛，加不加SCF=NoVarAcc是否对结果影响不大？
A:
加不加这个不影响结果
只是影响SCF初期的收敛
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2015.11.22 15:28:36
Q:
如果没有经常监督优化进度，加上体系比较小，确实可能出来这样的反复震荡而不能即使知道。有些人习惯了等程序运行结束后再看结果。
A:
尤其是MD，更得经常监控
以前有个外国人关于MD说过一句，意思是计算过程不经常监控，就等着延期毕业吧！
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2015.11.22 15:29:23
Q:
vshift单独用的话，默认的设置是多少？
vshift可以不把后面的n写出来吗？
A:
100，手册里写着
Q:
哦哦，抱歉。
A:
但是100通常不足矣起到效果
Q:
不过，这么小可能意义不大。一般设300~500
A:
对
Q:
不过...maxcycle也要设大，一般我设700或800
A:
不不不，这绝对没意义
Q:
但加了vshift之后，好像总需要较多次数的迭代计算
A:
那也绝不至于那么多。
真需要七八百的话说明一定有更好的方法能解决
Q:
其实......不是需要七八百，而是懒得先设个比较小的最大迭代次数，不然一旦不收敛又要重新算
A:
反过来说，都已经明显震荡了，到了七八百而报错停止，就浪费了计算量
Q:
是啊。对了，我说的是scf的maxcycle，如果是opt的，那就无论如何都不会设个超过200的
A:
我最多最多能容忍的是150
最大上限是程序内定的，和几何变量数目有关，超过这个值也没用
所以说，用不着初学者去操心而总是加一堆肮脏的关键词
Q:
对于什么计算来说，SCF(conver=6)的结果已经足以讨论问题？
A:
仅限于单点
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2015.11.22 15:32:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
有些人真讨厌，入群的验证消息连着发N遍，本打算加都不想加了
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2015.11.22 15:43:28
Q:
请问各位老师们怎么通过计算说明一个分子的环张力呢
A:
算打开环后结构的能量，再把断的那个键的键能设计个过程估算出来加上，然后和原先能量求差
Q:
可不可以用分子力学的方法，somehow计算键之间的tension加起来？
A:
那就算环内那几个键角项的势能加和
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2015.11.22 16:49:01
Q:
[图片]这种优化的问题何解？为什么一直保持水平线？
A:
Sobereva(190258442) 15:26:04
老生常谈
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.11.22 17:07:21
Q:
Gaussian里 hrmstr1型的键角项输入的力常数单位是用弧度吧？
A:
kcal/(mol*Å2)
Q:
角度的项
啊说错了
A:
hrmstr1是键伸缩项
Q:
hrmbnd
嗯
A:
[图片]
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2015.11.22 17:28:31
Q:
求教：请问大家怎么用Multiwfn计算HOMO-LUMO的spatial overlap。我试过功能-100，-11，但是计算结果和文献对不上。请问输入文件是基态还是激发态，log还是fchk，是不是有单位换算的问题
还是我就是算错了
A:
必须是fchk
是无量纲的
注意是否和文献里说的是一回事
用基态和激发态fchk都一样，默认都是基态轨道
Q:
[图片]
左边第二列，HOMO-LUMO重叠是0.22
A:
弄清楚定义，到底表达式是什么，和手册3.100.11节的公式对照。
除非他明确说这是用multiwfn算的，否则用的定义9成不是Multiwfn用的那个定义
Q:
[图片]
基态优化的HOMO是130，LUMO是131
我用Multiwfn载入优化的fchk，选100，选11，设轨道130，131，结果是0.0004
A:
看轨道图形
结合数值一起判断，别光看一个数
Q:
[图片]
A:
这哪是主功能100里的选项11啊！
Q:
我觉得是一样的
A:
完全不一样，不看手册啊
那个功能光算的是一对儿轨道的模的重叠积分，而文献里给的是上面那个加和然后相除的结果，你的图里式子都很清楚
Multiwfn支持的比你图中那个指标好用的指标有的是，看手册4.18.1节的例子
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2015.11.22 17:40:24
Q:
[图片]，请问这个东西，Multiwfn能算吗
因为文献借助这个来选择LC-wpbe的w值，我想弄懂是个啥意思
A:
不能，因为这个指标不好
Q:
好的，谢谢
A:
能算的衡量电荷转移的指标之一，delta_r，就明显比这个好
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2015.11.22 17:42:36
Q:
群主是大学老师吗？要不我申请去你那边做博士吧
群主怎么语塞了，我这样的学生是不是不可救药了
A:
洒家不是吃皇粮的
Q:
原来高手在民间
谢谢，群主，有机会能见见群主吗
A:
参加北京科音的培训班的时候就能见到其一
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2015.11.22 17:48:09
Q:
不要打听任何人的信息……
嗯？这是啥规矩
牛人非得是隐士吗？
A:
看群共享里群规
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2015.11.22 19:44:30
Q:
老师，我GDIIS法，解决了震动情况，加速收敛，请问在写文章中需要加注该方法的引用文献吗，在哪儿查找啊
A:
文中不用提
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2015.11.22 19:46:59
Q:
请问l老师有详细介绍mrci的好文吗？@Sobereva
A:
Chem. Rev. 2012, 112, 108–181
相当comprehensive
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2015.11.22 19:51:43
Q:
[图片]sob老师想请教一下在牵引模拟的时候遇到这样的情况应该如何解决？
A:
看提示
Q:
试过把pull-geometry改成提示的那样还是不行
A:
用更大盒子
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