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[Lammps] linux安装lammps(intel_mpi)配合deepmd

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发表于 Post on 2021-3-24 12:40:39 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
*2021-03-15 By Junwu Chen at CAS IPE, Beijing*
参考教程:http://t.cn/A6tmS3Aw
### 随着时间的变更,lammps版本提升、编译器更新等原因,本教程可能不会完全适用
deepmd等环境的配置可以参考我的博客:
(1)http://bbs.keinsci.com/thread-22192-1-1.html
(2)https://blog.csdn.net/weixin_428 ... 1001.2014.3001.5501

### 1. 下载lammps最新稳定版源码包(可自行下载需要的版本的源码包:[官方](https://lammps.sandia.gov/tars/);[github](https://github.com/lammps/lammps/releases))
wget方式下载:
  1. wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz --no-check-certificate
复制代码
解压:
  1. tar -xzf lammps-stable.tar.gz
复制代码
### 2. 安装编译lammps
编译环境加载:
1. Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载,如我组服务器为:
  1. source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh
复制代码
2. 高版本GCC加载(如v_7.5.0,此处采用module方式加载),因为makefile是由GNU make编写
  1. module load GCC/7.5.0
复制代码
进入lammps安装目录:
  1. cd lammps-29Oct20/src/
复制代码
将DeePMD-kit中的lammps的模块文件拷贝至`src/`下,如果采用conda安装deepmd-kit,则运行:
  1. cp -r $CONDA_PATH/envs/$ENV_NAME/share/USER-DEEPMD .
复制代码
其中`$CONDA_PATH`为安装的anaconda或miniconda的路径,其中`$ENV_NAME`为用conda安装deepmd-kit的虚拟环境的名称。conda安装deepmd-kit的步骤见[教程](http://t.cn/A6tmS3Aw)
##
选择需要安装的package:
1. 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)
  1. <p>make yes-kspace</p><p>make yes-user-deepmd</p>
复制代码
2. 选择安装其它的包(如不需要,跳过此步)

如:`make yes-kspace yes-manybody yes-molecule`

或:`make yes-std && make no-lib`

相关命令,详情见[官方手册](https://lammps.sandia.gov/doc/Build_package.html):
```
make package-status     # show which packages are currently installed
make ps                 # show which packages are currently installed
make yes-all            # install all packages
make no-all             # uninstall all packages
make yes-std            # install standard packages
make no-std             # uninstall standard packages
make yes-user           # install user packages
make no-user            # uninstall user packages
make yes-lib            # install packages that require extra libraries
make no-lib             # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext            # install packages that require external libraries
make no-ext             # uninstall packages that require external libraries
```
注意:有些软件包需要其它库依赖,无法安装,详情见[官方手册](https://lammps.sandia.gov/doc/Build_extras.html)
##
开始编译:
  1. make -j 12 intel_cpu_intelmpi
复制代码
其中的`12`代表用12核cpu并行编译,若之前编译过或编译失败过,请在正式编译前运行`make clean-all`


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发表于 Post on 2021-3-24 14:26:07 | 显示全部楼层 Show all
感谢

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发表于 Post on 2022-8-23 14:10:03 | 显示全部楼层 Show all
您好 请教一下您 这个方法安装的lammps可以支持GPU加速吗

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