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[Multiwfn使用咨询] VMD作RDG图时如何使两个原子成键?

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这个图是我用Multiwfn软件导出的cube文件,用VMD软件做的RDG等值面图,我想问一下,在VMD程序中能否将未连接的两个原子连上键?在构型中我的下面三个P原子是连着键的。

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发表于 Post on 2015-11-23 19:14:00 | 只看该作者 Only view this author
可以,用mouse-add/remove bonds,然后点要成键的两个原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-12-28 17:04:48 | 只看该作者 Only view this author
社长的方法,太有用了。

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发表于 Post on 2020-7-29 20:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-23 19:14
可以,用mouse-add/remove bonds,然后点要成键的两个原子

老师 我用Multiwfn+VMD做拓扑分析图时候 本来成键的原子 却断键了 于是用您的方法mouse-add bond 但是命令行显示 ERROR Unable to add bond: one or both atoms already has the maximum number  应该怎么解决呢  麻烦老师了

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发表于 Post on 2020-7-30 03:06:39 | 只看该作者 Only view this author
wwangyt@tju.edu 发表于 2020-7-29 20:47
老师 我用Multiwfn+VMD做拓扑分析图时候 本来成键的原子 却断键了 于是用您的方法mouse-add bond 但是命 ...

没有结构图不好说
注意要确保点到原子上,而非点到临界点或者组成键径的点上(点击原子之前可以先关闭显示临界点和键径)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-7-30 09:22:12 | 只看该作者 Only view this author
老师  我关闭显示临界点和键径后  用mouse-add/remove bonds,然后点要成键的两个原子,就成键了  感谢老师

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