公社群聊Q&A整理：2015.11.17 22 ~ 2015.11.19 23

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-24 04:00:06

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.11.17 22:19:36
Q:
请教sobereva老师，您的multiwfn里边可以计算激发态的电子-空穴重叠程度，但是如果我想看基态前线轨道的重叠程度可以吗？@Sobereva
A:
可以。multiwfn主功能100选项11用来计算两个轨道模的重叠积分
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2015.11.17 22:19:36
Q:
请问各位，含C,H,N,O的有机晶体计算晶格能采用哪个力场好？
A:
COMPASS估计可以
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2015.11.17 22:19:36
Q:
问下各位，如果gmx计算中途发现错误“XTC error - maybe you are out of disk space”，但是实际查看发现硬盘还剩20T左右空间，一般会是因为什么原因导致的呢？
UID定义之后试试呢
A:
你换个目录跑试试，也许是你现在目录本身空间分配不够了，而不是硬盘总空间不够
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2015.11.17 22:19:36
Q:
second-order saddle point如何查找两个过渡态之间的二级鞍点啊
A:
opt(Saddle=2)
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2015.11.17 22:19:36
Q:
Total unit 1 22.00000 (100.0000%)
Charge unit 1 0.00000
Sorting of NBOs: 7 8 6 10 11 9 4 2 3 1
Sorting of NBOs: 5 12 13 53 58 60 102 55 82 100
Sorting of NBOs: 99 101 80 86 78 41 23 32 98 50
Sorting of NBOs: 17 54 59 61 52 57 75 73 45 88
Sorting of NBOs: 92 77 85 96 65 84 27 36 71 14
Sorting of NBOs: 81 67 64 34 25 51 18 69 72 63
Sorting of NBOs: 76 44 26 35 74 70 15 66 33 24
Sorting of NBOs: 42 43 16 62 68 91 97 89 93 95
Sorting of NBOs: 46 19 28 37 20 49 22 39 30 31
Sorting of NBOs: 40 29 38 47 48 21 56 90 83 79
sob说这里的轨道是按能量排序的，这里的能量是MOs轨道的能量还是NBO的能量，如果不用POP=SAVENBOS，这里的轨道顺序和分子轨道的顺序是一致的还是有可能不一致呢？？
A:
显然是NBO的能量。
NBO和MO的形状除了内核轨道外完全不一样，根本没法谈论“一致”
Q:
sob老师，看样子还是有很多同学对nbo和mo区分不开，建议老师能专门开一个帖子，针对此类问题解说一下
A:
不需要什么帖子啊，MO是离域的，NBO是1~3中心定域的，光这点就完全不同
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2015.11.17 22:23:29
A:
仔细讲NBO搜索算法，初学者也听不懂
多看看研究例子自然就明白了
这里一大把NBO资料http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
Q:
[图片]这种系数很大的是不是只能是rydberg 轨道
A:
跟系数没关系。
看图形判断
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2015.11.17 22:25:20
Q:
主要是我也不怎么明白
[表情]
这个里面的我看过了，看完后还是只会分析e2和轨道能量差
A:
显然没仔细看、仔细领悟
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2015.11.17 22:27:13
Q:
Sob老师好，基态和第一激发态是否分别对应HOMO和LUMO？
A:
完全不是一码事
Q:
[表情]
能否简单地说说？sob老师
A:
电子激发是两个电子态之间的跃迁，电子态是N电子波函数，而HOMO/LUMO是单电子波函数，首先从这就完全不一样
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2015.11.17 22:40:02
Q:
请问下大家，退火和动力学模拟有什么区别啊。。。
A:
退火这件事通过在动力学模拟过程中变化温度来实现
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2015.11.17 23:00:52
Q:
请问sob老师， 3dxy 3dxz 3dyz 3dz2 3dx2-y2的磁量子数分别是多少啊？
还有就是 px的磁量子数是-1还是1？
现在看到的资料把0，+-1一起说pz和px,py，没有具体的磁量子数。
A:
不能说它们的磁量子数。其中有一些是求解原子薛定谔方程得到的虚数轨道（有对应的磁量子数）组合出来得到的实型轨道，这些就没有对应的磁量子数了
你看Levine量化书里讲原子那部分就知道了。
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2015.11.17 23:17:36
Q:
按图形判断？一般rydberg轨道图形是不是有明显的弥散？还是其他特征？@Sobereva
A:
是
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2015.11.18 10:44:01
Q:
老师，我在公社帖子里面看分子静电势的哪一个章节，所说分子都一定要求中性吗？对于带电荷的分子分析静电势是不是也是按照帖子上的做法来分析就成
A:
可以整体带净电荷
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2015.11.18 10:44:25
Q:
最近用.sci-hub.org查文献都出现无法打开的情况，怎么破呀？[图片]
A:
三天两头都在说这事
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2015.11.18 10:47:43
Q:
不考虑相位的话，HOMO和HOMO-1岂不是对称性一样了？所以我认为这个问题一定是对空间和相位双重的考虑。
sob老师，我那个问题说的对吗？
A:
相位当然考虑啊
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2015.11.18 11:00:25
Q:
Sobereva老师，请问绘制DOS图，想将O的2p轨道和Ir的d轨道定义成片段1,2应该怎样设置呢？
A:
看具体情况，进入片段设定界面，把所有基函数信息显示出来，把对应的加入片段内
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2015.11.18 12:19:59
Q:
老师，我的高斯文件正常结束后，用GV打不开。是什么原因？我的out文件275M.出现这样的提示：[图片]
A:
bug，或者文件太大
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2015.11.18 21:40:13
Q:
请教大家一个问题: 加入溶剂效应后，计算不同温度的热力学数据，是依旧根据理想气体算吗？比如：把V替换成kb*T/P
A:
原先那些热力学公式什么样加了隐式溶剂模型后还什么样
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2015.11.18 21:40:13
Q:
请教一下multiwfn 有什么办法可以把屏幕显示的变成txt格式的，屏幕上的不好复制粘贴啊
能麻烦截图显示么
因为每次复制粘贴最后都只粘上一点点
A:
什么叫只粘上一点点？按照手册5.4节，选择范围拖大了不就完了
Multiwfn拷贝数据到txt文件极其方便！
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2015.11.18 21:41:51
Q:
PRL的怎么加？
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.100.087203
我不是来求文献，我只是问怎么加sci-hub.org
sci-hub是不是被关掉了
还是想问这个网址要把sci-hub.xyz加在哪里好呢
http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.100.087203
我看到群规说加在com后面
可是这里该加在哪里好呢
A:
怎么搞得这么复杂，很简单嘛！
[图片]
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2015.11.18 21:57:58
Q:
请问PSI4可以做DFT-SAPT吗？在手册里查找没有发现，也试了一下算了几个例子，发现只能做SAPT，没法做DFT-SAPT。另外如果构型是采用DFT方法进行优化及计算单点能算相互作用能的，但是能量分解用SAPT而不是DFT-SAPT分析的结果会不会被质疑呢？谢谢大家。构型为一个系列只含C、H、O、N，稠环体系，体系最大的100多个原子最小十几个。使用ORCA，优化用BLYP/def2-svp def2-svp/J gcp d3 ri grid4，单点计算用b3lyp def2-qzvp d3,能量分解打算用SAPT2 aug-cc-pVDZ 并且使用密度拟合计算SCF过程。这样的设定是否合理，谢谢。
A:
没法做，PSI-4的开发者算DFT-SAPT还用molpro呢
DFT优化做SAPT没问题
本身能量计算就不需要和几何优化在同一级别
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2015.11.18 22:08:01
Q:
[图片] ，没有molpro的版权，只能PSI4了，谢谢sob。那请问我用SAPT2或者2+3（我打算都算一遍比较一下） aug-cc-pVDZ这个选择合适么？我看了PSI-4作者发的Wavefunction methods for noncovalent interactions 这篇综述里提到的SAPT0 2 2+3等配合这个基组的使用情况，然后做了这样选择，sob还有更好的建议么?谢谢sob
A:
这个就可以
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2015.11.18 22:09:28
Q:
那个SAPT0 + Jun-cc-pVDZ可信么？感觉并不是很靠谱啊。
A:
氢的弥散可以省。
心里没底的话拿一个体系对比测一下就知道
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2015.11.18 22:24:45
Q:
帮忙下两篇文献：http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0034-4885/71/12/126601/meta
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp045571i
已经试过了无奈网速太慢根本打不开所以才求助 @果蝇
刷了很多遍都下不下来
A:
[图片]
违规一次，已记录
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2015.11.18 22:28:19
Q:
sci-hub还能下载吗？
A:
看群规
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2015.11.18 22:29:14
Q:
今晚对比了下，GAUSSIAN09和03两个版本的一个输出文件，发现差别挺大的啊，有人详细研究过其中的差异吗
A:
一些默认设定不一样。比如DFT的积分格点精度，g09是fine，g03就比这低。而且g09单点也默认用scf=tight，而03则是scf=sleazy
Q:
今晚没用到这几个关键词，我是用同一个输入文件分别在两个版本上运行的，发现输出的结果存在挺大的差异啊，所以想问问是不是算法上有啥改动
A:
默认设定都不一样啊！
已经说过了
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2015.11.18 23:33:43
Q:
有没人知道新一代E5什么时候出
A:
Broadwell-EP核心的E5 v4很快就有了
Q:
是14nm吧
A:
对
skylake核心的E3 v5上个月都已经出来了
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2015.11.18 23:35:12
Q:
sob,请问有办法算开壳层的SAPT嘛？DFT-SAPT可以吗？
A:
看看molpro手册，我忘了
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2015.11.18 23:39:39
Q:
[图片]lone pair 的rydberg的轨道形状和valence orbital的很相似，怎么区分那个是rydberg 轨道呢？
[图片]这个是不是就可以确定为rydberg轨道？因为形状较d轨道弥散
A:
这个不算，里德堡轨道比这弥散得多，看此贴的图
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
Q:
这个不算？那这个能看做d轨道？
A:
y
Q:
[图片]
设置到0.02变成[图片]
这样看就很弥散了
A:
这样的话算是
Q:
基组只到价层，怎么就能构造出rydberg轨道呢？
A:
用的什么基组？
Q:
6-311++G（2d,2p)
A:
有弥散啊。虽然只是s,p的弥散，但和d混合一下看起来也能让d的一部分延展。另外用的是2d，最外层的d会有轻微弥散特征。
Q:
所以这个还是有可能是d轨道？
一个能量较高的轨道形状更想d轨道[图片]
A:
不是可能，而是显然还是d，因为是四个瓣
有价层的d也有里德堡的d。
Q:
所以那个能量更高的就是rydberg轨道？
A:
是不是里德堡，得把isovalue调小。isovalue大的时候分辨不出来是价层还是里德堡。
如果isovalue很小了还是没有弥散得很广，那就不是里德堡（见我那个博文的例子，里面就有d）
Q:
[图片]调到0.01
所以我觉得这个估计才是d轨道，前面的应该是加的那个极化轨道，sob觉得我这样理解正确吗？
A:
你发的图全都是d
算不算极化看那是什么原子，单个原子下没有d电子则那就是d极化函数，否则就是描述价层d轨道的基函数
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2015.11.19 00:40:25
Q:
請教sob老師如何研究單個電子在5個d軌道中形成的電子密度和能量？
A:
如果是单个原子，直接算单个原子的单点，找对应的轨道能就行。如果是分子，NBO程序里就会输出NAO轨道的能量，看对应d的就行。
密度的话用Multiwfn考察，把除了那个d轨道以外其它的轨道占据数都设为0，然后对电子密度作图分析就成了。
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2015.11.19 00:50:06
Q:
好的多谢sob老师我想看的就是单个原子的体系但是d轨道一共有5个我想分开看可以吗？
A:
可
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2015.11.19 06:24:40
Q:
请教各位，做含二价铁的蛋白质里面的反应，想用QM/MM找到过渡态、中间态和计算free energy barrier，有什么软件比较好？请教各位分享经验，本人不是很懂。谢谢！
A:
高斯做ONIOM就可以
Q:
谢谢！请问哪些方法和basis set可以更好地描述二价铁呢？
A:
BP86、M06、B3LYP等等都没问题
基组还是平时常用的，图便宜lanl2dz，好点用lanl2TZ、SDD
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2015.11.19 07:14:07
Q:
Sob老师，有个问题一直没考虑清楚，请教一下。如果分子A经过一个自发反应生成分子B(A和B结构相差不是特别大)，分子B的能量一定是低于分子A的，那分子B的HOMO和LUMO轨道能量，也一定低于分子A的HOMO,LUMO轨道能量吗？
A:
原理上没有必然性
LUMO本身就不影响体系能量，而且体系能量也不是所有轨道能的加和，更不仅仅取决于HOMO能量
Q:
也就是说，产物的轨道能量不一定低于反应物，尤其是LUMO轨道？
A:
跟LUMO没关系
和HOMO也没必然关系
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2015.11.19 07:43:00
Q:
各位老师，用高斯优化时正常结束了，但是在输出文件中只有三个yes，那这个结构是不是不对，怎么解决呀
force收敛了一般就认为可以了吧
A:
看位移的数值
势能面很平坦的时候，比如范德华复合物，即便受力收敛了，结构也可能还不很精确（对于高精度研究而言）
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2015.11.19 07:43:06
Q:
请教一下，对于09和03版的GAUSSIAN相同输入文件，输出文件不同，建议参考哪个结果？/微笑
A:
09
当前输出文件的结构基本可以用
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2015.11.19 07:44:48
Q:
就是可以进行下一步td的计算是吗
A:
y
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2015.11.19 07:57:04
Q:
高斯算键能说是用体系能量减去断键后各片段能量，这个体系能量肯定要优化，那么断键后各个片段还需不需要优化呢？
A:
纯粹研究键强度本身不优化
和实验热力学数据比必须优化
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2015.11.19 08:19:22
Q:
均相催化，都是分子体系。
我主要做均相。非均相也用Gaussian处理过，感觉效果也可以。
A:
非均相，你可以从晶体截出一个团簇用高斯来计算表面催化
若按周期性来算的话dmol3很常用
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2015.11.19 08:33:32
Q:
请问，我用mopac2012/PM6-D3H4跑了两个有机分子之间弱相互作用，得到了相互作用能，那么我能否提取最终的结构数据在高斯上跑个单点，然后用multiwfn图形化呢？
A:
可以
Q:
那么这个时候，我用的方法和基组应该选什么呢？
A:
一般来说M062X/6-311G**就够了，算不动可以降到6-31G*，或者用ORCA算
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2015.11.19 08:38:30
Q:
我只能说，这两个软件算多个重金属原子相比高斯算的快
当然也有局限性，就是算的不准确
精度还是高斯高吧
没有高斯高，只是在处理周期性问题上速度相对快一点
A:
高斯里，想快就快，想慢就慢，看你精度要求
比如金属大团簇，高斯用比较烂的赝势基组lanl1MB跑得很快，用较好的SDD就慢得多得多了，用更好的def2TZVP就更慢了
Q:
烂基组容易被质疑吧，跟实验数据能对上吗
A:
过渡金属起码用lanl2DZ
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2015.11.19 08:52:21
Q:
嗯，大家有用NWChem的吗？
A:
又是这种最不好的提问方式
看群规第3条
Q:
谢谢，NWChem可以算机理不？
A:
当然能算
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2015.11.19 08:55:55
Q:
老师记得当初讨论过gaussian要出新版本，大约什么时候来着？
那就是明年喽
就是高斯也可以算晶体了？
A:
没有可能引入数值基组
但很可能提升效率、扩展功能
g03就能算晶体了
Q:
那他这次升级有官方预告吗？主要对哪里进行了提升？
A:
这都是机密，不可能泄露
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2015.11.19 08:59:37
Q:
老师说g03算可以算晶体，可是没有看到文章用高斯算晶体，各位老师哪里有这样的文献吗？我一直苦于这个晶体的问题
A:
也就优化一维、二维结构，算个gap效果还勉勉强强
Q:
不能算反应的过渡态，对吧
A:
过渡态没戏
只能单点、优化、gap
----------------------------------------------------
2015.11.19 09:06:09
Q:
老师，我用win版gaussian转换chk文件，出现这样的显示，该怎么解决？[图片]
A:
chk文件有毛病，或者你用的不是产生chk文件的高斯自带的chk
chk文件有毛病，或者你用的不是产生chk文件的高斯自带的formchk
Q:
我是用服务器算的chk
A:
哪算的哪转
----------------------------------------------------
2015.11.19 09:42:03
Q:
multiwfn下一版本是不是会加入morokuma能量分解方法
A:
不会加入，实现那个必须程序自身能做从头算计算才行
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2015.11.19 09:43:53
Q:
请教从晶体截出一个团簇用高斯来计算，周边的键需要处理吗？直接把键连的原子断开，还是要加上一些H原子，饱和一下？
A:
看具体是什么晶体。比如离子晶体往往把周围的一定范围的原子当成背景电荷。像是石墨烯就在周围加氢。
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2015.11.19 09:50:06
Q:
求教
极化力场的模型能不能去掉极化其中的极化部分当成非极化的直接使用？
A:
虽然程序上可以那么做，但诸如有的可极化力场弄参数的时候就是在考虑可极化特征的情况下搞的参数，你不考虑可极化效应，那结果就可能不理想。
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2015.11.19 10:08:21
Q:
sob老师我在计算密度差图的时候，调用自带的原子波函数文件，到输入原子定义绘图平面的时候。回车没有出来图，有这个提示是什么意思：
Now input the path of the file containing function values, e.g. c:\t.txt,
whose format should be identical to plane.txt, but with function value in the fourth column
Note: If the suffix is .cub, then the file will be recognized and loaded as output file of cubegen
老师
A:
肯定命令输错了
Q:
我用fch作为的输入文件有问题么
A:
无
Q:
前边还有一句话： The coordinate of all points needed to be calculated have been outputted to plane.txt in current folder, the unit is in Bohr
cubegenpt.txt is also outputted, which is similar to plane.txt, but the unit is in Angstrom, and there is no first line (the number of points). It can be directly utilize by cubegen
A:
命令没输对，误入歧途了
Q:
严格按照例子执行的。。。
A:
仔细看屏幕提示，理解每一步的含义，不要盲目输入
----------------------------------------------------
2015.11.19 10:09:48
Q:
现在的sci-hub.org 是不是不能用了
A:
[图片]
比不收敛还日经
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2015.11.19 10:25:18
Q:
各位老师，这红框里的一排系数是NAO系数么？
[图片]
A:
是
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2015.11.19 10:30:39
Q:
请教一个问题如果我有两个结构的xyz坐标，有什么软件可以把两个结构在同一窗口显示，以便明显看出结构变化。谢谢
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
----------------------------------------------------
2015.11.19 10:35:14
Q:
请问FC-CCSD（T）在高斯输入文件里面，怎么写？直接写关键词FC-CCSD（T）还是？
A:
CCSD(T)
默认就是FC
----------------------------------------------------
2015.11.19 10:25:03
Q:
sob老师您好。想用molekel看分子的尺寸，molekel给出了这样的长方体结构和尺寸：[图片]问您一下，molekel是怎么确定分子大小边界的，比如默认是范德华0.001等值面吗？？还有就是分子三维尺寸是用+X（y z）值减去 -X（y z）值吗？?谢谢老师。
A:
看手册。手册里如果没写就试，比如算一个Cl和Cl-，看结果差异，如果没差异，显然就不是基于密度定义的。如果有差异，8成是基于电子密度等值面定义的，具体是多少你跟Multiwfn的结果一对比就知道了。比如算个Ar原子，Multiwfn的定量分子表面分析功能后处理菜单直接可以看到原子核与分子表面（默认是rho=0.001）的距离，和molekel的结果对照。
更新了一下博文和Multiwfn，现在用官网上的3.3.8(dev)版可以很方便地得到对应于电子密度等值面的分子长宽高，见此文第3节
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
[图片]
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2015.11.19 10:36:03
Q:
请问Sobereva老师，绘制DOS图时将轨道定义成片段应该输入什么呢？[图片]
A:
先选1定义片段1
仔细follow一遍手册4.10节的例子，理解每一步操作的含义
之后怎么弄看实际情况
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2015.11.19 10:37:59
Q:
vmd 网站上下载时没有64bit的win7版本，如果我用32bit的版本在64bit的机器上能用吗？谢谢sob老师
A:
能
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2015.11.19 10:55:51
Q:
请问，gaussian里面没有的溶剂要做溶剂矫正怎么处理？怎样选择比较合适？
比如乙二醇选择个什么代替效果比较接近？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=897
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2015.11.19 11:00:29
Q:
请教一个问题，这段话什么意思呀？
[图片]
为什么systems withinternal rotations，配分函数就被低估了呀？
A:
[图片]
Q:
如何判断“internal rotations with barriers
smaller than about 3.0 kcal/mol”？
A:
手册里也都有
[图片]
Q:
多谢！
我现在大致会判断那些振动模式属于hindered internal rotations，但是有两个问题不明白，
1.为什么说“systems with internal rotations，配分函数就被低估了”呀？
2.如何判断“internal rotations with barriers
smaller than about 3.0 kcal/mol”？
A:
势能面扫描
Q:
还是不明白，[表情]
A:
指的是谐振子模型会高估本应当做受阻转子考虑的内转动的配分函数
一扫二面角不就知道势垒了
写错了，是低估
Q:
我怎么理解的是“谐振子模型会低估本应当做受阻转子考虑的内转动的配分函数”
哦，字面意思是低估，可是不知道为什么低估了？
A:
谐振子模型下根本基团就转动不了，显然会低估。尚且不提受阻转子，光是和非谐振模型比较都知道会低估，因为各个振动能级差相等，而非谐振模型振动能级越高能级差越小，可及的态数多
Q:
为什么把hindered internal rotations当做谐振子处理，就低估了配分函数了？
哦，就是当做谐振子处理的话，就没有考虑了基团的转动，所以低估了
A:
恩
Q:
“internal rotations with barriers
smaller than about 3.0 kcal/mol”？这个问题，怎么扫势能面了，只是扫描基团转动那部分吗？
有没有其他的办法，比如从那个基团转动对应的转动频率，能不能求出能垒？
A:
还有一种处理是谐振子+multi-structure方法。虽然用谐振子，但是是在旋转曲线上每个极小点都用谐振子，然后将结果组合，这样在一定程度上也能等效体现可以发生转动而可及多个构象，比起单个结构用谐振子好得多
Q:
这个能垒是不是指的hindered internal rotations对用的转动能垒？
A:
对旋转的基团做柔性扫描，这是获得最准确的势垒的方法
也可以根据谐振子的频率估出来旋转势垒，但显然没有扫描出来的精确。实际上高斯里受阻转子计算就是这么根据频率估出来的势垒，来决定哪些旋转当成受阻转子。你在输出文件里就能看到
Q:
那有没有更直接的计算转动能垒的办法，比如说“internal rotations with barrierssmaller than about 3.0 kcal/mol”，一般对应的转动频率小于多少？
A:
扫这个就是得柔性
Q:
输出文件那部分可以看到？
A:
[图片]
就是freq=hinderedrotor
Q:
不想扫描了，结合振动模式和频率大小，大概看看就可以了，在做动力学计算时，需要指定“hindered internal rotations”
只有个数，没有频率对应的能垒？
A:
细节自行看原文
J. Chem. Phys., Vol. 108, No. 6, 2314
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2015.11.19 11:01:54
Q:
[图片]请问Sobereva老师图中的D 0，D+1，D-1，D+2，D-2分别代表什么轨道类型？
A:
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
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2015.11.19 11:25:53
Q:
请教个弱弱的问题，氢键建长范围
/害羞
氢键分为强氢键2.5--3.0，中等3.0--3.5，更弱的就是弱氢键了这个说法正确吗？
只看键长不合理，结合其他特性参数最佳
什么特征参数呢
A:
键角
Q:
强氢键键角比较大？？
A:
越直越强
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2015.11.19 11:30:28
Q:
[图片]Sobereva 老师请问图中的[图片]可以在Multiwfn中修改吗？
A:
可以
Q:
请问Sobereva老师怎么修改呀？
A:
看后处理菜单
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2015.11.19 11:59:18
Q:
sob老师我用ORCA计算的相互作用能还需要矫正之类的么？
A:
没前提没法说
根本不在于程序
Q:
我计算的是褐煤分子跟水的吸附
orca的机组!RI-PWPB95 D3 def2-TZVP def2-TZVP/JK def2-TZVP/C RIJK grid4 tightscf nopop
A:
用gcp啊，要么就用QZVP就不用考虑BSSE了
Q:
现在计算出来的吸附能是正的，可能是因为哪的问题呢
A:
结构
要么数读错了
Q:
这是结构
这是orca的能量计算结果
sob老师，我是用同一机组下，算的吸附后结构的能量，和吸附前褐煤分子的能量还有水的能量，然后做的减法。
A:
什么级别优化的？
Q:
! BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/j Opt nopop
优化的机组
A:
你先在这个级别下算算相互作用能
结构都用复合物状态的
Q:
! BLYP D3 def2-TZVP def2-TZVP/JK def2-TZVP/C RIJK grid4 tightscf nopop这个算相互作用能？
A:
就是刚才的，把opt关键词去了而已
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2015.11.19 12:13:33
Q:
问下TD跃迁贡献百分比怎么算
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
老师得到的跃迁贡献大于100%怎么处理？
A:
不可能大于100%
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2015.11.19 12:24:34
Q:
有没有算过开壳层singlet的O2，请教个问题
没有人回答一下吗
老师帮帮忙，我怎么算开壳层的singlet的O2，怎么也弄不对。怎么计算
我之前用的闭壳层的singlet O2和开壳层tripletO2能量差有点大，审稿人说闭壳层的singlet不是最稳定的，让我算开壳层的singlet，说由于broken symmtry的问题，我应该用开壳层的singlet算
审稿人说开壳层的singlet自旋污染很大，我看了看他给我的文献，审稿人说按照文献的公式算出来的开壳层的singlet和开壳层的triplet能量差减小，但是我没有算出来减小，大家帮帮忙，很着急
A:
都没看明白是问什么。
UDFT能算所谓的O2开壳层单重态，但是算得不准，单-三重态能量差和实验相差较大，应当用CASSCF算。
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2015.11.19 12:28:38
Q:
sob老师你的意思是我算褐煤的能量的时候把水分子的坐标去掉，
算水的时候我把褐煤分子的结构坐标去掉，这样算么
A:
是
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2015.11.19 12:33:07
Q:
那老师算化学吸附的话，是不是也是那么做啊？将吸附好的结构，去掉吸附后的小分子，然后计算这个体系的能量，然后再去掉吸附剂计算小分子的能量啊？
A:
取决于你是否把变形能纳入到相互作用能当中，这是自己决定的
Q:
如果考虑变形能的话，是不是就按照那个方法算了啊？
A:
考虑变形能就优化单体
[emoji]
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2015.11.19 22:53:26
Q:
就是算一个中性分子，做TD分析的时候，是做单重态还是三重态，这有什么区别吗
A:
基态自旋多重度该怎么设还怎么设，基态是单重态就0 1，此时激发态算什么态是TD里选择的
选择什么看你研究什么
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2015.11.19 22:53:26
Q:
packmol加两种分子，水分子是大量的，有机分子只加一个，想要把有机分子加到水的正中心，该怎么办？大神求助啊
A:
有机分子出现什么位置你直接在packmol输入文件设清楚位置就行了
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2015.11.19 22:53:26
Q:
[图片]你好请问为什么这个1H氟代己烷的H上不是正电荷集中的地方啊
作为溶剂用来溶解氟代胺
因为氟电负性很强嘛我以为整个分子的正电荷部分会偏向唯一的H，但是计算结果并不是这样的。。
[图片]原子电荷是这样的
因为F的吸电子性太强了吧所以碳上的都大于一了
[图片]同样的 2H全氟己烷的静电势分布正负两端也和H没什么关系
如果静电势正负两部分都集中在氟原子上了，实际进行反应，比如发生氢键作用的时候，作用位点是不是就是在F上而不是H上了呢？
现在想改性让它能有一丢丢的亲水。。。
A:
Woo F能形成卤键，有sigma-hole，是局部正电区域
拿Mulliken电荷判断没意义，拿Multiwfn算ADCH电荷，或者CHELPG电荷
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2015.11.19 23:00:27
Q:
NICS用PBE0/6-31g**算应该可以吧？加弥散会比较好是吧？
A:
B3LYP/6-31+G*比较合适
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2015.11.19 23:02:11
Q:
对于含CuCNHBr的体系？也可以用B3LYP/6-31+G*？吗？其它性质都用PBE0，这里改成B3LYP会不会有点怪？
A:
PBE0也成，半斤八两
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