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楼主 Author: 芮啦
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[GROMACS] 在能量最小化时提示原子有重叠,请问怎样消除原子重叠

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发表于 Post on 2023-7-27 16:25:03 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2023-7-27 09:17
您好,我是做表面活性剂在油水界面的研究。我用高斯+Multiwfn优化、拟合电荷后,用acpype转化成_GMX.itp, ...

最可靠的办法是写一个小脚本,计算这些原子两两之间的距离,看看有没有特别近的(小于0.5埃,尤其是极其接近0埃的)。或许GROMACS、VMD、Multiwfn等也有现成的这种功能,这个我不太清楚。
如果两个原子的坐标严格一致,肉眼是看不出来的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-7-27 16:32:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-7-27 16:25
最可靠的办法是写一个小脚本,计算这些原子两两之间的距离,看看有没有特别近的(小于0.5埃,尤其是极其 ...

谢谢老师,请问老师找到距离小的俩原子后怎么处理?是要删掉吗,还是怎么办

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发表于 Post on 2023-7-27 17:07:37 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2023-7-27 09:32
谢谢老师,请问老师找到距离小的俩原子后怎么处理?是要删掉吗,还是怎么办

先确定实际体系里面这个原子是该有一个还是两个。如果本来该只有一个,就删掉其中任意一个;如果本来该有两个,就把这两个原子分开,然后把相关的键长键角都调成合理值
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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