求助：gromacs进行高温周期性退火后分子发生严重变形怎么办？

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-3-31 21:23:01

我用gromacs进行高温周期性退火想找出环糊精和一个金属离子包合物的能量最低构型，用的温度是500K。可是我跑完动力学之后发现环糊精发生了严重变形，请问是什么原因造成的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-1 00:22:33

没什么不合理的
本身环糊精就有高度柔性，温度高的时候变形厉害是很正常的事

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-4-1 13:50:08

sobereva 发表于 2021-4-1 00:22
没什么不合理的
本身环糊精就有高度柔性，温度高的时候变形厉害是很正常的事

可是我用这个温度去跑环糊精和其他小分子的包结物，环糊精却没怎么变形，看着还挺顺眼，这是为什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-1 14:25:02

邱美佳发表于 2021-4-1 13:50
可是我用这个温度去跑环糊精和其他小分子的包结物，环糊精却没怎么变形，看着还挺顺眼，这是为什么呢？

可能其它小分子和环糊精结构比较相配，正好撑住了环糊精的结构

你可以不考虑小分子，单独跑个环糊精的动力学看看单体是什么情况

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