我利用Multiwfn产生的cp2k输入文件有内容有不一致处，请问应该怎么处理？

心羽1971411 · 发表于 Post on 2021-3-31 21:27:53

老师，您好。我下载了最新版的Multiwfn（2021-3-30版），产生的inp文件中Na还是用N表示的。我的具体操作为用gauss view建立Na,Al,F原子，后使用packmol填充到盒子里产生NAALF_2.2.pdb文件，利用gromacs将.pdb转为.gro文件（gmx editconf -f NAALF_2.2.PDB -o NAALF_2.2.gro -c -d 1.0 -bt cubic）,随后用Multiwfn将.gro转为.inp。输入输出文件我列在下方。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-3-31 23:01:22

本帖最后由 lyj714 于 2021-3-31 23:09 编辑

一般不要用gro这种格式的文件做输入文件，因为没有准确的元素信息(Multiwfn就会根据原子名去猜测，有时候就会猜错，比如NA -> N)。你要用pdb，最后一列是元素名的结构做输入：

gmx editconf -f NAALF_2.2.PDB -o conf.pdb -c -d 1.0 -bt cubic

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-1 00:19:30

“将.pdb转为.gro文件”完全多此一举，直接用pdb当Multiwfn的输入文件不就完了。本身packmol的add_box_sides关键词直接就能给当前模拟体系加盒子，Multiwfn也能从pdb的CRYST1字段读取盒子信息

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-1 14:48:28

PS: 我今天看到似乎你在CP2K官方邮件列表也问了这个问题。我不在那里回复问题，和Multiwfn相关的请在本论坛问

心羽1971411 · 发表于 Post on 2021-4-1 15:20:48

lyj714 发表于 2021-3-31 23:01
一般不要用gro这种格式的文件做输入文件，因为没有准确的元素信息(Multiwfn就会根据原子名去猜测，有时候就 ...

谢谢您的回复，确实如你所说

心羽1971411 · 发表于 Post on 2021-4-1 15:23:22

sobereva 发表于 2021-4-1 00:19
“将.pdb转为.gro文件”完全多此一举，直接用pdb当Multiwfn的输入文件不就完了。本身packmol的add_box_side ...

谢谢老师，我直接把.pdb文件当作Multiwfn的输入文件后，问题确实解决了。

心羽1971411 · 发表于 Post on 2021-4-1 15:26:03

sobereva 发表于 2021-4-1 14:48
PS: 我今天看到似乎你在CP2K官方邮件列表也问了这个问题。我不在那里回复问题，和Multiwfn相关的请在本论坛 ...

老师，那个提问是我发的，我主要是想咨询一下cp2k的那个报错应该如何解决。可能是我英语较渣，引起了歧异，我已经删除了。

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