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[GROMACS] gromacs可以模拟液体表面张力吗?

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请问gromacs可以模拟液体表面张力吗?如果可以,怎么模拟呢?

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发表于 Post on 2021-4-7 00:48:28 | 只看该作者 Only view this author
构建界面体系,按北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片做


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-27 10:24:53 | 只看该作者 Only view this author
这里做的是NVT模拟,p_zz略大于0意味着,z方向有膨胀的趋势,但不是很强烈,而p_xx、p_yy<<0,意味着x-y平面有收缩的趋势,我这样理解对吧?这里的压强张量中的三个分量,和一般意义下的标量压强有何区别?

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发表于 Post on 2021-5-31 20:11:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-7 00:48
构建界面体系,按我培训的幻灯片做

请问老师,我的体系是两相,上面为有机相,下面为水相,用的周期性边界条件。不知道这个界面数算是1呢还是3呢(上面和下面的界面不知道算不算)

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发表于 Post on 2021-6-1 04:08:53 | 只看该作者 Only view this author
15810593730 发表于 2021-5-27 10:24
这里做的是NVT模拟,p_zz略大于0意味着,z方向有膨胀的趋势,但不是很强烈,而p_xx、p_yy


一般说的压强是XX、YY、ZZ的平均。对于各向异性体系原理上就应当分开说
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发表于 Post on 2021-6-1 04:09:46 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-5-31 20:11
请问老师,我的体系是两相,上面为有机相,下面为水相,用的周期性边界条件。不知道这个界面数算是1呢还 ...

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发表于 Post on 2021-6-1 08:29:59 | 只看该作者 Only view this author

为什么是两个呢。

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发表于 Post on 2021-6-1 10:42:57 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-6-1 08:29
为什么是两个呢。

一个特定厚度的有机相浸在水里面,可不有两个接触面
搞清楚PBC是怎么回事
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sobereva 发表于 2021-4-7 00:48
构建界面体系,按我培训的幻灯片做

sob老师,你好,关于界面张力的计算我看你之前帖子说
“不是用平均压力,而是把每一帧的压力分量代入式子,然后再对结果取平均”
现在这个是“用平均压力计算”
请问哪儿种计算方法相对更好?

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发表于 Post on 2024-12-5 19:37:24 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-5 09:29
sob老师,你好,关于界面张力的计算我看你之前帖子说
“不是用平均压力,而是把每一帧的压力分量代入式 ...

2L我的幻灯片演示的做法是最佳的
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发表于 Post on 2024-12-5 19:59:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 19:37
2L我的幻灯片演示的做法是最佳的

谢谢sob老师!

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