求助，请教不相连的两个芳环的二面角计算方法

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2021-4-9 14:28:17

本人主要做药物化学相关内容。
在课题进行时，发现小分子结构（如下图）中的A环与B环相对位置对其与蛋白亲和力影响较大。
希望通过MD模拟，统计小分子与蛋白结合构象中A环和B环的二面角。

目前我遇到的问题：A环和B环不直接相连，我能用什么方法测试它们的二面角呢？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-4-9 14:39:36

本帖最后由 lyj714 于 2021-4-9 14:48 编辑

这叫两平面夹角，我记得前段时间multiwfn说的支持pi-pi夹角和距离的计算，你用那个功能即可。
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590

实际使用注意gromacs轨迹的pbc情况，提供给multiwfn的轨迹要始终保持该分子完整

虽然gmx gangle等工具也可以计算两个平面的夹角，但是直接用的话每个平面只能是由三原子构成的，因此最好的方法是六原子拟合平面然后计算，比如用上面提到的multiwfn功能。

yuyancheng2001 · 发表于 Post on 2021-4-9 15:08:15

lyj714 发表于 2021-4-9 14:39
这叫两平面夹角，我记得前段时间multiwfn说的支持pi-pi夹角和距离的计算，你用那个功能即可。
计算分子动 ...

好的，感谢，我试一试！

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