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[综合交流] SBKJC的赝势及标配基组定义(源于GAMESS)与镧系UFF半径

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发表于 Post on 2021-4-14 21:44:24 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-17 14:16 编辑

由于BSE上的SBKJC在镧系的定义仅有La、Ce,但GAMESS中有Li-Rn的赝势及标配基组定义。然而当需要用GAMESS对镧系进行综合分析讨论时,其难收敛性又成了很大的问题(高角动量有基本无法收敛或报错等问题,见http://bbs.keinsci.com/thread-22491-1-1.html三楼)。目前可以用mokit实现在高斯中进行SCF计算,并把波函数传递给GAMESS中,以实现优势互补。因此给出由La-Lu共15种元素的SBKJC的赝势及基组定义方便大家在高斯中进行计算任务,大家可以直接从txt中复制对应的镧系元素的基组及赝势到高斯,其格式已经按照高斯输入文件与mokit读取的要求设计好格式。若有任何错漏望大家指正。

SBKJC赝势及标配基组.txt

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-16 22:54:53 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-17 14:15 编辑

今天在邹老师的提醒下(手动艾特jxzou老师/doge)发现上面传的文件中在某些情况下GAMESS赝势并不够精确足以实现自定义赝势下能量能对应的情况,见讨论https://github.com/gms-bbg/gamess-issues/issues/47,而获取足够精确的赝势方法是按自己的需求修改源码(不知讨论中源码意思的Google “Fortran格式化输出”(手动艾特wsr老师/doge*2))。
并且,检查了一下之后发现之前上传的Dy、Ce的一个ZETA值多了一个1,Pm的L=3的ZETA与COEFFIENT反了,因此为防止此种情况再发生影响大家的使用,这里提供修改了GAMESS源码之后(将F15.5改为F19.9)的较高精度输出文件,供大家对应,若大家发现有问题请及时提醒我更新,以免误导其他工作者,提前感谢大家,上面的文件也已经更新。另,来自邹老师的温馨提醒:如果仅修改上述讨论那一行的情况下,不需要从头重新编译。只需要在gamess/下执行
  1. ./comp basecp
  2. ./comp ecp
  3. ./comp ecpder
  4. ./comp ecplib
  5. ./comp ecppot
  6. ./lked gamess 00
复制代码
即可

gamess_镧系.7z

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-15 17:00:02 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-15 17:09 编辑

由于GAMESS中PCM用的是Bondi半径,而其对镧系及之后的一些元素是没有定义的,因此会报错(如果用SMD虽然不会报错,但镧系原子的半径十分之大,猜测这是难收敛的原因之一),此处给出镧系的UFF半径,在写输入文件时需要写$PCM RIN(N)=A $END,其中N为定义的原子在整个体系中的编号,A为对应的UFF半径。
注:文件中半径均为+3价离子的半径,单位为埃

镧系UFF半径.txt

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发表于 Post on 2021-4-16 17:14:33 | 显示全部楼层 Show all
赞一个,感谢无私分享!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-21 19:07:34 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-21 19:13 编辑

由于之前帖子里的分享有疏漏,在4#已经给出初始数据用以对应,如有错漏会及时修改更新,建议若之前有下载使用的朋友收藏本帖,计算前一定要确定是下载了最新更新的赝势及基组!
真·探

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