水盒子模型在NVE系综下能量严重不守恒求助

小桃UpUp

本人构建了由2340个OPC3水分子的水盒子，前期已经进行了能量最小化，以及303.15K下为期1ns的NPT平衡相，体系应已充分平衡。现欲在此基础上施加电场，进行不控温不控压的NVE模拟，观察施加电场对于体系温度升高的影响。

首先进行了未施加电场的NVE模拟10ns，发现体系温度不断下降（从原本设置的303K左右下降至273K左右），体系总能量也不断下降，能量严重不守恒，不知是否是我设置的mdp文件有问题，具体如下：

define =

integrator = md

dt         = 0.001

nsteps     = 10000000 ;10ns

comm-grps  = system

energygrps =

nstxout = 5000

nstvout = 5000

nstfout = 5000

nstlog  = 5000

nstenergy = 5000

nstxout-compressed = 5000

compressed-x-grps  = system

pbc = xyz

cutoff-scheme = Verlet

coulombtype   = PME

rcoulomb      = 1.4

vdwtype       = cut-off

rvdw          = 1.4

DispCorr      = EnerPres

gen_vel  = no

gen_temp = 303.15

gen_seed = -1

freezegrps  =

freezedim   =

constraints = hbonds

lincs-iter = 2

此外，在grompp生成前处理文件时，曾出现这样的提示 “You are using aVerlet buffer tolerance of 0.005 kJ/mol/ps for an NVE simulation of length10000 ps, which can give a final drift of 977%. For conserving energy to 1%when using constraints, you might need to set verlet-buffer-tolerance to5.1e-06.”，将“verlet-buffer-tolerance = 5.1e-06”补充到mdp文件中进行模拟，发现温度下降更显著，能量更不守恒。

      恳请各位老师帮忙，谢谢大家~

k64_cc

用double precision

小桃UpUp

k64_cc 发表于 2021-4-15 14:51
用double precision

好的我去试一试，谢谢老师~

Eva_Winter

您好，我想请问下用双精度之后这个问题解决了吗？