只有pdb和psf文件怎么得到原子电荷信息啊

namd学者 · 发表于 Post on 2021-4-16 16:01:39

如题，目前动力学软件只有NAMD和VMD，如果只有pdb和psf文件的话，该怎么得到原子电荷信息文件呢？感谢大家。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-4-17 17:03:55

psf里面应该要写入电荷信息，如果你指的是额外计算，可以用量化软件计算波函数后后用multiwfn计算电荷，教程参见http://sobereva.com/476

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-21 17:17:18

机子里装了Gaussian和免费的Multiwfn的话，用下文的傻瓜式脚本直接就能通过一行命令基于pdb文件得到动力学模拟常用的RESP电荷、非常好的RESP2电荷以及很适合OPLS-AA的1.2*CM5电荷
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html）

没有Gaussian也无妨，用免费的ORCA量子化学程序也可以优化分子结构并且产生molden格式的波函数文件，可以作为Multiwfn的输入文件算原子电荷

什么电荷最合适，取决于力场

namd学者 · 发表于 Post on 2021-4-22 15:33:08

tjuptz 发表于 2021-4-17 17:03
psf里面应该要写入电荷信息，如果你指的是额外计算，可以用量化软件计算波函数后后用multiwfn计算电荷，教 ...

谢谢你的回答

namd学者 · 发表于 Post on 2021-4-22 15:33:39

sobereva 发表于 2021-4-21 17:17
机子里装了Gaussian和免费的Multiwfn的话，用下文的傻瓜式脚本直接就能通过一行命令基于pdb文件得到动力学 ...

了解了，谢谢社长

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] 只有pdb和psf文件怎么得到原子电荷信息啊