求助：在MS中导入聚合物的晶体结构如何利用Forcite模块进行几何优化和分子动力学模...

1148751499 · 发表于 Post on 2021-4-22 20:42:42

如图，是从一个数据库导入MS的纤维素Iβ晶体的.cif文件，可以发现这种聚合物晶体结构文件是没有定义1条链有几个重复单元的，因此无法用Forcite模块中的力场进行几何优化和分子动力学模拟的，想问一下我要如何对这个模型进行编辑才能得到有限重复单元的一条链？谢谢！

swordshine · 发表于 Post on 2021-4-23 07:58:34

不太懂楼主的目的，Forcite是可以直接对晶体做动力学的。如果你要有限的单元，建个超胞，删掉端位的键再补上端基就可以了。

1148751499 · 发表于 Post on 2021-4-23 09:02:42

swordshine 发表于 2021-4-23 07:58
不太懂楼主的目的，Forcite是可以直接对晶体做动力学的。如果你要有限的单元，建个超胞，删掉端位的键再补 ...

谢谢解答，大概懂了，就是可以直接对晶体做动力学，也可以删掉端位的键补上端基做动力学，还有一个问题，就是这两者有什么区别吗？

swordshine · 发表于 Post on 2021-4-23 10:46:27

1148751499 发表于 2021-4-23 09:02
谢谢解答，大概懂了，就是可以直接对晶体做动力学，也可以删掉端位的键补上端基做动力学，还有一个问题， ...

一个无限，一个有限，看你的体系和目的了

1148751499 · 发表于 Post on 2021-4-25 10:31:53

swordshine 发表于 2021-4-23 10:46
一个无限，一个有限，看你的体系和目的了

感谢感谢

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[Material Studio] 求助：在MS中导入聚合物的晶体结构如何利用Forcite模块进行几何优化和分子动力学模...