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楼主 Author: 退休老干部
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[GROMACS] 关于跑MD步骤的问题

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发表于 Post on 2025-3-14 03:42:34 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2025-3-13 20:38
sob老师,您好!想请教一下NPT预平衡,温度的波动是比较稳定的,但是压力发生非常大波动,而且没有平衡是 ...

预平衡不适合PR压浴,这是基本常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2025-3-14 15:49:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是都可以不用设置了呀?

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发表于 Post on 2025-3-15 00:17:45 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-14 15:49
sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-15 12:43:20 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

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