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[Multiwfn使用咨询] 二聚体分别做定量分子表面分析

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楼主
我想用vmd作图,画出洞穿直径,但是怎么画都没找到如何分别做表面分析,整体分析完,用片段输出,输出的还是整体静电势啊,给的那个水的二聚体那个是怎么得到的呢??

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发表于 Post on 2015-12-1 20:56:29 | 只看该作者 Only view this author
先优化个水二聚体,取出第一个水的坐标,计算波函数文件(带着nosymm关键词免得自动平移旋转),然后用Multiwfn+VMD绘制出分子表面静电势图。然后再取出第二个水的坐标,也计算波函数文件并用Multiwfn+VMD绘图就完了。
两个水在VMD的display界面里各有一个representation,互不影响,在图形窗口显示的内容是叠加到一起的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-1 21:17:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-1 20:56
先优化个水二聚体,取出第一个水的坐标,计算波函数文件(带着nosymm关键词免得自动平移旋转),然后用Mult ...

直接关键词里添加nonsymm就可以吧??不用guess=nonsymm吧?、老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-1 21:38:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lsy597839199 于 2015-12-1 21:40 编辑
sobereva 发表于 2015-12-1 20:56
先优化个水二聚体,取出第一个水的坐标,计算波函数文件(带着nosymm关键词免得自动平移旋转),然后用Mult ...
我在群里问下

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发表于 Post on 2015-12-1 22:01:53 | 只看该作者 Only view this author
lsy597839199 发表于 2015-12-1 21:17
直接关键词里添加nonsymm就可以吧??不用guess=nonsymm吧?、老师

直接写nosymm。详见

谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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