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楼主 Author: sobereva

[动力学与GMX班] 第九届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-6 01:07:26 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-9-6 00:35
讲义里面讲的给Gromos54A7力场添加虚拟点描述卤键的部分引文应为J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5383, ...

笔误已改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-15 03:15:19 | 显示全部楼层 Show all

CFF的第一篇引文PNAS是88年的,不是98年,原文的力场形式是CVFF的,是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式应该是从那个94年的JACS和JCC开始的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 03:23:33 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:15
CFF的第一篇引文PNAS是88年的,不是98年,原文的力场形式是CVFF的,是不是放错了。。。正儿八经CFF91形式 ...

年份已改

PNAS这篇已经给出了CFF的力场函数形式了,从历史的角度也可以作为CFF的原文,一些地方比如http://www.sklogwiki.org/SklogWiki/index.php/CFF91_force_field里也是引的PNAS这篇。

J. Am. Chem. SOC. 1994,116, 2918-2981那个一般视为是CFF93的原文。

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喵星人

发表于 Post on 2021-9-15 03:38:03 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-9-15 03:23
年份已改
PNAS这篇给出了CFF名义上的第一篇Derivation of class II force fields. I. Methodology and q ...

这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的,也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相关内容,但是就生物分子模拟来说对接其实是产生初始结构的主要方法之一,不管是蛋白-小分子还是蛋白-蛋白(核酸)的复合物(这块应该也是MD的最主要应用),是不是可以考虑添加部分相关内容呢
虽说这玩意其实比较简单,比MD简单得多,但其实细节也有不少,再就是Autodock Vina的新版本发布了,看文章似乎还不错,感觉可以补充一点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-15 04:33:11 | 显示全部楼层 Show all
喵星大佬 发表于 2021-9-15 03:38
这么说来CFF系列力场跟CVFF还是很有关系的,也都是一伙人搞的。
另外就是这个培训不涉及分子对接/MC的相 ...

分子对接是单独的课程,由于内容不够一个workshop的,所以预计以付费视频方式提供。去年这部分的幻灯片做了一半,后来忙别的事就搁置了,等有空时候再弄完。autodock vina新版本我最近也看JCIM上的文章注意到了。
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